{"id":22155903,"url":"https://github.com/citiususc/zftool-web","last_synced_at":"2025-03-24T14:29:15.218Z","repository":{"id":34063768,"uuid":"168123158","full_name":"citiususc/zftool-web","owner":"citiususc","description":"Web tool for quantification of cellular proliferation in vivo of the zebrafish through image processing methods.","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2023-02-22T08:13:32.000Z","size":71202,"stargazers_count":0,"open_issues_count":5,"forks_count":0,"subscribers_count":4,"default_branch":"master","last_synced_at":"2025-01-29T19:23:53.255Z","etag":null,"topics":[],"latest_commit_sha":null,"homepage":null,"language":"JavaScript","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":"mit","status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/citiususc.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":"LICENSE.md","code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null,"governance":null,"roadmap":null,"authors":null,"dei":null,"publiccode":null,"codemeta":null}},"created_at":"2019-01-29T08:59:56.000Z","updated_at":"2021-04-27T08:13:19.000Z","dependencies_parsed_at":"2024-12-02T02:49:43.093Z","dependency_job_id":null,"html_url":"https://github.com/citiususc/zftool-web","commit_stats":null,"previous_names":[],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/citiususc%2Fzftool-web","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/citiususc%2Fzftool-web/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/citiususc%2Fzftool-web/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/citiususc%2Fzftool-web/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/citiususc","download_url":"https://codeload.github.com/citiususc/zftool-web/tar.gz/refs/heads/master","host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":245288751,"owners_count":20590955,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2022-07-04T15:15:14.044Z","host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":[],"created_at":"2024-12-02T02:32:55.839Z","updated_at":"2025-03-24T14:29:15.185Z","avatar_url":"https://github.com/citiususc.png","language":"JavaScript","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"# ZFTool-web\n## Descripción\nHerramienta web para la cuantificación de la proliferación celular en vivo del pez cebra a través de métodos de procesamiento de imágenes.\nEsta aplicación tiene como objetivo el análisis de la efectividad de fármacos anti-cáncer a partir de imágenes de peces zebra. El software permite al usuario subir fotografías de peces zebra a los que se les han inoculado células cancerígenas teñidas con un componente de fluorescencia y fármacos experimentales. Con estas imágenes, y mediante técnicas de visón artifical, el programa realizará un análisis y elaborará un breve informe de efectividad del fármaco. Este estará compuesto por el umbral óptimo de fluorescencia, el índice de proliferación celular, gráficas de la evolución del área y de la intensidad de la zona fluorescente y de una imagen animada que mostrará esta evolución para las 0h y las 24-48-72h post inyección de la masa tumoral. A mayores para la sección 3D se generará el volumen de la masa tumoral a partir del conjunto de cortes 2D que el usuario ha cargado.\n\n\n## Instalación\nLos pasos para la instalación y el despliegue de la aplicación en un entorno Ubuntu serían los siguientes:\n\n 1. Instalación de Python2 y de los paquetes necesarios mediante el terminal:\n\t```\n\t\t$ sudo apt update\n\t\t$ sudo apt upgrade\n\t\t$ sudo apt install python2.7 python−pip\n\t\t$ sudo pip2 install scikit−image\n\t\t$ sudo pip2 install numpy scipy\n\t\t$ sudo pip2 install mayavi\n\t```\n 2. Instalación de Java8 (versión mínima a instalar):\n\t``` \n\t\t $ sudo add−apt−repository ppa:webupd8team/java\n\t\t $ sudo apt-get update\n\t\t $sudo apt-get install oracle-java8-installer\n\t```\n\t \n 3. Mover la librería nativa (/lib/libopencv_java249.so) a un directorio concreto. Podemos crear un directorio en la ruta /usr/share/tomcat7/lib.\n 4. Instalar Apache Tomcat7 con el comando `$sudo apt-get install tomcat7`. Editamos el archivo /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy y añadimos los permisos que se pueden ver a continuación:\n\t \n\t ```\n\t\t\tgrant codeBase \"file:/var/lib/tomcat7/webapps/zebrafish/-\"{\n\t\t\t\tpermission java.security.AllPermission;                 \n\t\t\t}\n\t\t\t\n\t\t\tgrant codeBase \"file:/var/lib/tomcat7/webapps/zebrafish.war/-\"{\n\t\t\t\tpermission java.security.AllPermission;\n\t\t\t}\n     ```\n\t\n \n 5. Creamos el script `setenv.sh` en el directorio /usr/share/tomcat7/bin para definir el tamaño mínimo y máximo del heap para la máquina virtual de Java y el directorio en el que se encuentran las librerías nativas de la aplicación.\n\t ```\n\t\t\texport CATALINA_OPTS=\"$CATALINA_OPTS -Xms512m\"\n\t\t\texport CATALINA_OPTS=\"$CATALINA_OPTS -Xmx512m\"\n\t\t\texport CATALINA_OPTS=\"$CATALINA_OPTS -Djava.library.path=/usr/share/tomcat7/lib\"\n     ```\n\n\tLuego le damos permisos de ejecución al script con el comando `$ sudo chmod +x setenv.sh`\n\n 6.  Nos aseguramos que Tomcat se ejecute con Java8, editando en el archivo /etc/default/tomcat8 modificando la línea:\n\t\t```\n\t\t\tJAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle\n\t\t```\n\t\t\n 7. Creamos el directorio para almacenar las imágenes enviadas al servidor por ejemplo /opt/ZebraFish y le damos permisos de escritura con los siguientes comandos desde el directorio /opt:\n    ```\t\n\t\t$ sudo mkdir ZebraFish\n\t\t$ sudo chown tomcat7 ZebraFish\n\t\t$ sudo chgrp tomcat7 ZebraFish\n\t\t$ sudo chmod 755 ZebraFish/\n    ```\n    \n 8. En este directorio /opt/ZebraFish copiamos los archivos de Python (*0h_3D.py*,\n*0h_reprocesar3D.py*, *48h_3D.py* y *48h_reprocesar3D.py*) que son necesarios para generar el volumen 3D de la masa tumoral y que se encuentran en el proyecto dentro de la carpeta ProcessFiles.\n 9. Configuramos el perfil de producción en el archivo del proyecto *pom.xml* para definir el directorio donde se almacenan las imágenes enviadas al servidor. Es necesario detener tomcat con el comando `$ sudo service tomcat7 stop`.\n\t ```\n\t\t\t\u003cprofile\u003e\n\t\t\t\t\u003cid\u003eprod\u003c/id\u003e\n\t\t\t\t\u003cproperties\u003e\n\t\t\t\t\t\u003cdeployment.url\u003ehttp://localhost:8080\u003c/deployment.url\u003e\n\t\t\t\t\t\u003cfiles.path\u003e/opt/ZebraFish\u003c/files.path\u003e\n\t\t\t\t\u003c/properties\u003e\n\t\t\t\u003c/profile\u003e\t\n\t```\n \n 10. Copiamos el fichero zebrafish.war en la carpeta webapps del servidor de aplicaciones Java Apache Tomcat (/var/lib/tomcat7/webapps). Reiniciamos tomcat con el comando `$ sudo service tomcat7 start`.\n 11.  Una vez arrancado el servidor tenemos acceso a la aplicación **ZFTool** a través del nombre **/zebrafish** en la url del servidor. Si el servidor está corriendo con los parámetros por defecto el aceso a la aplicación sería a través de la url localhost:8080/zebrafish. \n\n## Autores\nMaría José Carreira Nouche, Nicolás Vila Blanco y Marcos Rodríguez López\n\n## Citación\nSi usas **ZFTool**, por favor, cita este artículo:\n\u003e P Cabezas-Sainz, J Guerra-Varela, MJ Carreira, J Mariscal, M Roel, JA Rubiolo, A Sciara, M Abal, L Botana, R Lopez e L Sanchez, “Improving zebrafish embryo xenotransplantation conditions by increasing incubation temperature and establishing a proliferation index with ZFTool”, *BMC Cancer*, *Biomed Central*, vol. 3, no. 8, 2018. [https://doi.org/10.1186/s12885-017-3919-8](https://doi.org/10.1186/s12885-017-3919-8)\n\n## Licencia\nEste proyecto está licenciado bajo los términos de la [licencia MIT](https://github.com/citiususc/zftool-web/blob/master/LICENSE.md).\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fcitiususc%2Fzftool-web","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fcitiususc%2Fzftool-web","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fcitiususc%2Fzftool-web/lists"}