{"id":42503812,"url":"https://github.com/dataforgoodfr/batch_5_transplant","last_synced_at":"2026-01-28T13:37:36.792Z","repository":{"id":33677301,"uuid":"153916786","full_name":"dataforgoodfr/batch_5_transplant","owner":"dataforgoodfr","description":"Projet de prédiction de transplantation pulmonaire en partenariat avec l'hôpital Foch","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2022-12-08T01:20:09.000Z","size":101941,"stargazers_count":20,"open_issues_count":31,"forks_count":9,"subscribers_count":14,"default_branch":"master","last_synced_at":"2024-04-24T10:06:57.548Z","etag":null,"topics":[],"latest_commit_sha":null,"homepage":"","language":"Jupyter Notebook","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":null,"status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/dataforgoodfr.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":null,"code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null}},"created_at":"2018-10-20T14:56:57.000Z","updated_at":"2022-12-15T11:25:02.000Z","dependencies_parsed_at":"2023-01-15T02:15:17.967Z","dependency_job_id":null,"html_url":"https://github.com/dataforgoodfr/batch_5_transplant","commit_stats":null,"previous_names":[],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"purl":"pkg:github/dataforgoodfr/batch_5_transplant","repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/dataforgoodfr","download_url":"https://codeload.github.com/dataforgoodfr/batch_5_transplant/tar.gz/refs/heads/master","sbom_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant/sbom","scorecard":null,"host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":286080680,"owners_count":28846053,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2026-01-28T13:02:32.985Z","status":"ssl_error","status_checked_at":"2026-01-28T13:02:04.945Z","response_time":57,"last_error":"SSL_connect returned=1 errno=0 peeraddr=140.82.121.6:443 state=error: unexpected eof while reading","robots_txt_status":"success","robots_txt_updated_at":"2025-07-24T06:49:26.215Z","robots_txt_url":"https://github.com/robots.txt","online":false,"can_crawl_api":true,"host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":[],"created_at":"2026-01-28T13:37:36.252Z","updated_at":"2026-01-28T13:37:36.783Z","avatar_url":"https://github.com/dataforgoodfr.png","language":"Jupyter Notebook","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"# batch_5_transplant\n\n## Présentation\n\nLa transplantation pulmonaire donne une seconde chance à des patients, souvent jeunes, condamnés par une insuffisance respiratoire chronique.\n\nL'objectif du projet, en collaboration avec des médecins spécialistes de l’hôpital Foch (1° centre de transplantation pulmonaire français) est d'aider à la décision de retirer l'assistance respiratoire en fin d’opération.\n\nLe sevrage de l’assistance respiratoire en fin d’opération, marqueur du bon déroulement de l’opération permet de diminuer le risque nosocomial et de mettre le patient dans une situation active le plus rapidement possible.\n\nUne opération de transplantation se fait en plusieurs phases:\n\n- Anesthésie générale avec mise en condition du patient (sédation,support hémodynamique, ventilation assistée voire ECMO (extra corporeal Membran oxygenation)\n- Explantation du premier poumon et implantation du premier nouveau poumon\n- Explantation du second poumon et implantation du second nouveau poumon\n- Réveil et si possible sevrage\n\nLe succès de la chirurgie dépend de facteurs liés au receveur, au greffon et à différents évènements per opératoires. C’est l’analyse de ces différents paramètres qui pourrait permettre d’optimiser la prise en charge et la décision du sevrage ventilatoire en fin d’intervention\n\n\n## Organisation du Repository\n```\n├── data\n│   ├── clean          \u003c- The final, canonical data sets for modeling. (in .gitignore)\n│   └── raw            \u003c- The original, immutable data dump.\n│\n├── docs               \u003c- Documentation\n│\n├── models             \u003c- Trained and serialized models, model predictions,\n│                         or model summaries. (in .gitignore)\n├── notebooks          \u003c- Jupyter notebooks.\n│\n├── reports            \u003c- Generated analysis as HTML, PDF, LaTeX, etc.\n│   └── figures        \u003c- Generated graphics and figures to be used in reporting\n│\n├── transplant         \u003c- Source code for use in this project.\n│   ├── data           \u003c- Scripts to generate and get data (dataset.py class for instance)\n│   │\n│   ├── features       \u003c- Scripts to turn raw data into features for modeling\n│   │\n│   ├── models         \u003c- Scripts to train models and then use trained models to make\n│   │                     predictions\n│   │\n│   ├── tests          \u003c- Unittests for this project\n│   │\n│   └── visualization  \u003c- Scripts to create exploratory/results oriented visualizations\n│\n├── README.md          \u003c- The top-level README for developers using this project.\n├── requirements.txt   \u003c- The requirements file for reproducing the analysis environment\n└── setup.py           \u003c- Make this project pip installable with `pip install -e`\n```\n\n\n## Dataset\n\nL'hôpital Foch met à disposition un historique de 412 patients ayant reçu une transplantation pulmonaire depuis Janvier 2012. Le dataset contient:\n\n- Variables caractérisant le receveur avant l’opération\n- Variables caractérisant le greffon avant implantation\n- Séries temporelles extraites des instruments de mesure du bloc opératoire.\n- Marqueurs temporels collectés manuellement lors de la transplantation.\n\n## Setup\nIl faut tout d'abord cloner le repo dans un dossier avec :\n```\ngit clone git@github.com:dataforgoodfr/batch_5_transplant.git\n```\n\nEnsuite, il y a deux methodes possibles pour setup le projet :\n\n#### 1ère methode : avec pip install\nPlacez vous dans le dossier racine du repo (`batch_5_transplant/`), et exécuter la commande suivante pour installer le package transplant :\n```\npip install -e .\n```\n\n#### 2ème méthode : avec le PYTHONPATH\nAjoutez le repo au sein de votre `PYTHONPATH`.\n\n**Pour Mac** :\nVoici un exemple pour Mac, où le repo a été cloné au sein du dossier `~/Documents`:\n```\nopen ~/.bashrc\nexport PYTHONPATH=\"/Users/username/Documents/batch_5_transplant:$PYTHONPATH\"\n```\n\n**Pour Windows** :\n\nRendez-vous dans 'Paramètres système avancés' puis dans “Variables d’environnement…”.\nIl faut créer une nouvelle variable système ici :\n\n\u003cimg src=\"docs/images/pythonpath_windows1.bmp\" alt=\"pythonpath_windows1\" width=\"400\"/\u003e\n\nEt remplir la fenêtre de la manière suivante en remplaçant le texte dans ‘Valeur de variable’ par le chemin vers votre propre dossier ‘batch_5_transplant’ :\n\n\u003cimg src=\"docs/images/pythonpath_windows2.bmp\" alt=\"pythonpath_windows2\" width=\"500\"/\u003e\n\nEt voilà !\nN’oubliez pas de rouvrir votre jupyter. (Pour vérifier si la nouvelle variable est bien active écrivez ‘ ! set ‘ dans une cellule jupyter pour visualiser toutes les variables systèmes actives.\n\n\nPour en savoir plus sur les environnements et les `PYTHONPATH` voir [ce lien pour MAC](https://stackoverflow.com/questions/3387695/add-to-python-path-mac-os-x/3387737) ou ce [lien pour Windows](http://sametmax.com/ajouter-un-chemin-a-la-variable-denvironnement-path-sous-windows/)\n\n#### Vérifier l'installation\nVous pouvez desormais importer depuis un notebook les classes utiles au traitement de données avec la commande:\n\n```\nfrom transplant.data.dataset import Dataset\n```\n\n## FAQ\n\nNous maintenons une foire aux questions au sein de [ce document partagé](https://docs.google.com/document/d/1d_Tbq-IAW-30KVEQZv_IKozlDDtzy6QnfETXtgBTucw/edit).\n\n\n## Arborescence\n\nVous retrouverez plusieurs dossiers dans ce git:\n\n- `data` : vous retrouverez dans ce dossier l'ensembles des datasets.\n- `documentation`: dossier contenant tous les fichiers de documentation.\n- `scripts` : dossier contenant les scripts de cleaning et création des tables de dimensions et faits.\n- `etudes` : pour chaque étude effectuée merci de mettre vos notebooks dans ce dossier.\n- `production` : classes et fonctions permettant de standardiser l'import des données, training set et evaluation des modèles.\n\n## Images\n\nImage 1 - eCMO\n\n![ECMO](docs/images/ecmo.png)\n\nImage 2 - de nombreux traitements sont administrés pendant la chirurgie.\n\n![traitements](docs/images/traitements.png)\n\nImage 3 - outils de monitoring continu pendant la chirurgie.\n\n![monitoring](docs/images/monitoring.png)\n\nImage 4 - patient extubé en salle d’opération écrivant un message\n\n![extubation](docs/images/extubation.png)\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Fbatch_5_transplant/lists"}