{"id":42503737,"url":"https://github.com/dataforgoodfr/lichensgo","last_synced_at":"2026-01-28T13:37:22.781Z","repository":{"id":245936425,"uuid":"817699924","full_name":"dataforgoodfr/lichensgo","owner":"dataforgoodfr","description":null,"archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2025-01-09T10:11:07.000Z","size":31573,"stargazers_count":4,"open_issues_count":0,"forks_count":0,"subscribers_count":7,"default_branch":"main","last_synced_at":"2025-01-09T11:23:56.943Z","etag":null,"topics":[],"latest_commit_sha":null,"homepage":null,"language":"Jupyter Notebook","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":"mit","status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/dataforgoodfr.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":"LICENSE","code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null,"governance":null,"roadmap":null,"authors":null,"dei":null,"publiccode":null,"codemeta":null}},"created_at":"2024-06-20T09:01:47.000Z","updated_at":"2025-01-09T10:11:10.000Z","dependencies_parsed_at":"2024-06-24T23:00:10.958Z","dependency_job_id":"3cfbf4b5-cc76-403f-b967-73be18f59759","html_url":"https://github.com/dataforgoodfr/lichensgo","commit_stats":null,"previous_names":["dataforgoodfr/lichensgo"],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":"dataforgoodfr/d4g-project-template","purl":"pkg:github/dataforgoodfr/lichensgo","repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Flichensgo","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Flichensgo/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Flichensgo/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Flichensgo/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/dataforgoodfr","download_url":"https://codeload.github.com/dataforgoodfr/lichensgo/tar.gz/refs/heads/main","sbom_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/dataforgoodfr%2Flichensgo/sbom","scorecard":null,"host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":286080680,"owners_count":28846053,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2026-01-28T13:02:32.985Z","status":"ssl_error","status_checked_at":"2026-01-28T13:02:04.945Z","response_time":57,"last_error":"SSL_connect returned=1 errno=0 peeraddr=140.82.121.6:443 state=error: unexpected eof while reading","robots_txt_status":"success","robots_txt_updated_at":"2025-07-24T06:49:26.215Z","robots_txt_url":"https://github.com/robots.txt","online":false,"can_crawl_api":true,"host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":[],"created_at":"2026-01-28T13:37:17.519Z","updated_at":"2026-01-28T13:37:22.774Z","avatar_url":"https://github.com/dataforgoodfr.png","language":"Jupyter Notebook","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"# Lichens GO\n\nLichens GO est un projet visant à étudier et comprendre l'écologie des lichens à travers l'analyse et la visualisation de données. En exploitant divers ensembles de données, le projet cherche à fournir des informations sur les facteurs environnementaux affectant les espèces de lichens et leur distribution.\n\nCe repo a pour objectif de créer un tableau de bord interactif permettant de visualiser et d'analyser les données écologiques des lichens. La version déployée est disponible ici : [https://saisie.lichensgo.eu/resultsLG](https://saisie.lichensgo.eu/resultsLG)\n\n## Architecture technique\n\nLe dashboard est organisé autour de plusieurs composants :\n\n- **Interface utilisateur** : Construite avec Dash pour permettre aux utilisateurs de :\n  - Sélectionner des zones géographiques d'intérêt\n  - Filtrer les données par période et type de lichen\n  - Interagir avec les visualisations en temps réel\n\n- **Visualisation des données** : Implémentée avec Plotly pour :\n  - Afficher la distribution spatiale des lichens sur une carte interactive\n  - Générer différents graphiques de distribution des lichens\n\n- **Géolocalisation** : Utilisation de GeoPy pour :\n  - Retrouver l'adresse de l'observation sélectionnée par l'utilisateur\n\n- **Backend** : Intégration avec Django via DjangoDash pour :\n  - Gérer les sessions utilisateurs et les droits d'accès\n  - Stocker les préférences et les filtres des utilisateurs\n  - Assurer la communication avec la base de données\n\n## Guide de contribution\n\n**Important** :\n\n- Le backend Django est géré dans un dépôt privé séparé\n- Les données de production sont hébergées sur un serveur dédié\n- La version actuelle du repository repose sur un dump de la base de données\nContactez `mandresyandri` ou `benoitfrisque` pour obtenir les identifiants de connexion à la base de données (`.env`)\n\n### Prérequis\n\n#### Installation de Poetry\n\nPoetry est notre gestionnaire de dépendances. Voici les deux méthodes d'installation recommandées :\n\n##### 1. Via pipx (méthode recommandée)\n\n```bash\n# Installation de pipx sous Ubuntu 23.04+\nsudo apt update\nsudo apt install pipx\npipx ensurepath\n\n# Installation de Poetry\npipx install poetry\n```\n\n##### 2. Via l'installateur officiel\n\nConsultez la [documentation officielle](https://python-poetry.org/docs/#installing-with-the-official-installer) pour les instructions détaillées.\n\n### Configuration de l'environnement\n\n#### 1. Création de l'environnement virtuel\n\n```bash\npython3 -m venv .venv\nsource .venv/bin/activate\n```\n\n#### 2. Gestion des dépendances avec Poetry\n\n```bash\n# Installation des dépendances\npoetry install\n\n# Ajout d'une dépendance\npoetry add \u003cpackage\u003e\n\n# Mise à jour des dépendances\npoetry update\n```\n\n### Outils de développement\n\n#### Tests et qualité du code\n\n```bash\n# Exécution des pre-commit hooks\npre-commit run --all-files\n\n# Exécution des tests avec Tox\ntox -vv\n```\n\n### Accès aux données\n\n#### Configuration de la base de données\n\nPrérequis :\n\n```bash\npoetry add sqlalchemy psycopg2-binary python-dotenv\n```\n\n#### Utilisation du module de données\n\n```python\nimport my_data.datasets as df\n\n# Exemple d'utilisation\nlichen_ecology = df.get_lichen_ecology()\n```\n\n#### Jeux de données disponibles\n\n- `get_environment_data`\n- `get_lichen_data`\n- `get_lichen_species_data`\n- `get_observation_data`\n- `get_table_data`\n- `get_tree_data`\n- `get_tree_species`\n- `get_lichen_ecology`\n\n#### Exemple de sortie\n\n```python\n# Aperçu des données d'écologie des lichens\nlichen_ecology.head()\n```\n\n### Exécution du Dashboard\n\nPour lancer le dashboard en local, suivez les étapes ci-dessous :\n\n1. Activez votre environnement virtuel :\n\n    ```bash\n    source .venv/bin/activate\n    ```\n\n2. Exécutez le script principal :\n\n    ```bash\n    # Pour le dashboard\n    python -m dashboard.plotly_app\n\n    # Pour le tableau de téléchargement des données\n    python -m dashboard_plotly_app_download\n    ```\n\n3. Ouvrez votre navigateur et accédez à `http://localhost:8050` pour consulter le dashboard.\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Flichensgo","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Flichensgo","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fdataforgoodfr%2Flichensgo/lists"}