{"id":23221526,"url":"https://github.com/g2bc/kingfungi","last_synced_at":"2025-04-05T15:42:38.256Z","repository":{"id":246292228,"uuid":"777207832","full_name":"G2BC/kingfungi","owner":"G2BC","description":"Aplicação web para identificação de proteinas transmembrana que interagem com micronutrientes","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2024-10-10T18:33:22.000Z","size":18938,"stargazers_count":0,"open_issues_count":0,"forks_count":0,"subscribers_count":1,"default_branch":"master","last_synced_at":"2025-02-11T12:34:12.765Z","etag":null,"topics":[],"latest_commit_sha":null,"homepage":null,"language":"Python","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":null,"status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/G2BC.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":null,"code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null,"governance":null,"roadmap":null,"authors":null,"dei":null,"publiccode":null,"codemeta":null}},"created_at":"2024-03-25T12:19:16.000Z","updated_at":"2024-10-10T18:33:27.000Z","dependencies_parsed_at":"2024-06-27T03:03:13.530Z","dependency_job_id":"a7c11fe6-46f7-4c6d-9c1a-f36f507458bb","html_url":"https://github.com/G2BC/kingfungi","commit_stats":null,"previous_names":["g2bc/kingfungi"],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/G2BC%2Fkingfungi","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/G2BC%2Fkingfungi/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/G2BC%2Fkingfungi/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/G2BC%2Fkingfungi/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/G2BC","download_url":"https://codeload.github.com/G2BC/kingfungi/tar.gz/refs/heads/master","host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":247361598,"owners_count":20926642,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2022-07-04T15:15:14.044Z","host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":[],"created_at":"2024-12-18T22:17:14.273Z","updated_at":"2025-04-05T15:42:38.238Z","avatar_url":"https://github.com/G2BC.png","language":"Python","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"\u003cp align=\"center\"\u003e\n  \u003ca href=\"\" rel=\"noopener\"\u003e\n \u003cimg width=200px height=200px src=\"static/img/logoW.png\" alt=\"Bot logo\"\u003e\u003c/a\u003e\n\u003c/p\u003e\n\n\u003ch3 align=\"center\"\u003e 🍄 Aplicação WEB: \u003ci\u003eKingFungi \u003c/i\u003e🍄\u003c/h3\u003e\n\n\u003cdiv align=\"center\"\u003e\n\n![Badge](https://img.shields.io/static/v1?label=status\u0026message=ativo\u0026color=green\u0026style=for-the-badge\u0026logo=status)\n![Badge](https://img.shields.io/static/v1?label=Python\u0026message=3.10.12\u0026color=blue\u0026style=for-the-badge\u0026logo=python)\n![Badge](https://img.shields.io/static/v1?label=Celery\u0026message=latest\u0026color=3486\u0026style=for-the-badge\u0026logo=celery)\n![Badge](https://img.shields.io/static/v1?label=Rabbit\u0026message=latest\u0026color=f60\u0026style=for-the-badge\u0026logo=rabbitmq)\n![Badge](https://img.shields.io/static/v1?label=Docker\u0026message=latest\u0026color=0E76BD\u0026style=for-the-badge\u0026logo=docker)\n\u003c/div\u003e\n\n---\n\n\u003cp align=\"center\"\u003e 🤖 Bem vindos, amigos pesquisadores!!\n    \u003cbr\u003e \n\u003c/p\u003e\n\n## 📝 Sumário\n\n- [Sobre ](#about)\n- [Exemplo de fasta](#demo)\n- [Sofwares](#soft)\n- [Configurações](#config)\n- [Execução](#exec)\n- [Autores](#authors)\n- [Monografia](#monografia)\n- [Referências](#acknowledgement)\n\n## 🧐 Sobre \u003ca name = \"about\"\u003e\u003c/a\u003e\nO \u003cstrong\u003e KingFungi\u003c/strong\u003e   é uma Aplicação Web desenvolvida pelo discente e pesquisador Sr. Reinilson Bispo de Assis Souza, como requisito para a conclusão do curso de Bacharelado em Sistemas de Informação pela Universidade do Estado da Bahia. O \u003cstrong\u003e KingFungi\u003c/strong\u003e tem como objetivo analisar proteomas fúngicos a partir de arquivos .fasta e identificar proteínas transmembranares com capacidade de se ligar a íons metálicos.\n\n## Exemplo de arquivo .fasta \u003ca name = \"demo\"\u003e\u003c/a\u003e\n\n \u003cimg width=1000px height=280px src=\"static/img/fasta.png\" alt=\"Bot logo\"\u003e\u003c/a\u003e\n\n\n\n## 👨🏽‍💻 Sofwares  \u003ca name = \"soft\"\u003e\u003c/a\u003e\n\n\n**Software 1 :**\n\nO DeepTMHMM é um algoritmo inovador baseado em aprendizado profundo e modelo de linguagem de proteínas, que oferece uma precisão sem precedentes na detecção e previsão da topologia de proteínas transmembranares.\n\n**Disponível em:** https://dtu.biolib.com/DeepTMHMM\n\n**Imagem Docker:** \n```\ndocker pull rey4ssis/deeptmhmm:1.0\n```\n\n\n\n**Software 2 :** \n\nO MeBiPred (Metal Binding Predictor) também conhecido como Mymetal é uma ferramenta computacional que utiliza aprendizado de máquina para prever o potencial de ligação de metais em proteínas.\n\n**Disponível em:** https://pypi.org/project/mymetal/\n\n**Imagem Docker:** \n```\ndocker pull rey4ssis/mymetal:1.5\n```\n\n\n\nEsses são utilizados para implementar um pipeline que funcionará na aplicação web e foram criado imagens Docker para ambos os software.\n\n## ⚙️ Configurações \u003ca name = \"config\"\u003e\u003c/a\u003e\n\nO \u003cstrong\u003e KingFungi\u003c/strong\u003e foi desenvolvido utilizando Python 3.10.12 em um sistema operacional Ubuntu 22.04 64bits. Para o gerenciamento das requisições, utilizamos o Celery, que permite a execução assíncrona e escalável de tarefas em segundo plano. O RabbitMQ atua como sistema de mensagens, facilitando a comunicação eficiente e confiável entre os serviços e o Celery.\n\nO arquivo \u003cstrong\u003erequirements.txt\u003c/strong\u003e possui todas as bibliotecas necessárias para a execução do \u003cstrong\u003e KingFungi\u003c/strong\u003e, incluindo o Celery. Instale-as utilizando o comando abaixo:\n\n```\npip install -r requirements.txt\n```\n\u003csup\u003e**Atenção: Certitique-se de checkar se realizou o pull do requirements.txt**\u003c/sup\u003e\n\n\nA instalação do Mebipred (Mymetal) foi identificado um problema na instalação do software, de como que a instalação via pip, não será possível, baixamos \nmymetal-1.0.9.tar.gz, disponível no Pypi e solucionamos o problema, dito isso, para instalar o software navegue até pasta **mymetal**\n\n```\ncd mymetal\n```\nExecute o comando:\n\n```\npip install .\n```\n----\n### Docker:\n\nPara utilizar o \u003cstrong\u003eKingFungi\u003c/strong\u003e você terá que ter instaldo o sistema de conteinerização Docker. Para instala-lo execute os comando a baixo:\n\n```\n# Add Docker's official GPG key:\nsudo apt-get update\nsudo apt-get install ca-certificates curl\nsudo install -m 0755 -d /etc/apt/keyrings\nsudo curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg -o /etc/apt/keyrings/docker.asc\nsudo chmod a+r /etc/apt/keyrings/docker.asc\n\n# Add the repository to Apt sources:\necho \\\n  \"deb [arch=$(dpkg --print-architecture) signed-by=/etc/apt/keyrings/docker asc] https://download.docker.com/linux/ubuntu \\\n  $(. /etc/os-release \u0026\u0026 echo \"$VERSION_CODENAME\") stable\" | \\\n  sudo tee /etc/apt/sources.list.d/docker.list \u003e /dev/null\nsudo apt-get update\n```\nInstalar a versão mais recente:\n```\nsudo apt-get install docker-ce docker-ce-cli containerd.io docker-buildx-plugin docker-compose-plugin\n```\nVerificar seu funcionamento:\n```\nsudo docker run hello-world\n```\n----\n### RabbitMQ:\nAlém disso, para utilizar o software você terá que ter instalado o RabbitMQ. Você pode instalar de forma local no seu sistema operacional, seguindo o tutorial disponível em: https://www.rabbitmq.com/docs/install-debian ou utiliza-lo através da imagem Docker disponível no Dockerhub, com o comando abaixo: \n\n```\ndocker pull rabbitmq:latest\n```\n\n\n\n\n## 🏁 Execução \u003ca name = \"exec\"\u003e\u003c/a\u003e\n\nPara executar a aplicação você está que segui exatamente os passos a segui:\n\n- Inclua as configurações necessárias no arquivo exemplo das variavéis de ambiente \u003ca href=\".env example\"\u003e.env example\u003c/a\u003e.\n\n - Apague o \"example\" e deixando apenas \".env\"\n\n- Inicie o RabbitMQ. Se optou por utilizar a imagem Docker, execute o comando abaixo:\n```\ndocker run rabbitmq:latest\n```\n- Agora deve iniciar o Celery:\n```\ncelery -A config.celery_config  worker --loglevel=info\n```\nE finalmente executar a aplicação:\n```\npython3 app.py\n```\n\n## ✍️ Autor \u003ca name = \"authors\"\u003e\u003c/a\u003e\n\n- [@rey4ssis](https://github.com/rey4ssis) - Reinilson Bispo \n- [@G2BC](https://github.com/G2BC/KingFungi) - Grupo de Pesquisa em Bioinformática e Biologia Computacional\n\n## Monografia \u003ca name=\"monografia\"\u003e\u003c/a\u003e\nTema: KINGFUNGI : UM PIPELINE PARA PROSPECÇÃO DE COGUMELOS\nCOM CAPACIDADE DE ACÚMULO DE MICRONUTRIENTES\n\n- **Discente:** Reinilson bispo\n- **Orientador:** Prof. Dr. Alexandre Rafael Lenz\n\n\u003ca href=\"monografia/Monografia__Reinilson_Bispo_final.pdf\"\u003eClique aqui para ler\u003c/a\u003e\n\n## 📖 Referências \n\n- **Artigo:** https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.04.08.487609v1\n- **Artigo:** https://academic.oup.com/bioinformatics/article/38/14/3532/6594112?login=false\n\n\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fg2bc%2Fkingfungi","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fg2bc%2Fkingfungi","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fg2bc%2Fkingfungi/lists"}