{"id":16276067,"url":"https://github.com/gvegayon/phylo-software","last_synced_at":"2026-02-01T09:32:47.480Z","repository":{"id":49443796,"uuid":"386445512","full_name":"gvegayon/phylo-software","owner":"gvegayon","description":"List of phylogenetic software. Original from Prof. Felsenstein's website https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2021-07-15T23:11:48.000Z","size":419,"stargazers_count":6,"open_issues_count":0,"forks_count":3,"subscribers_count":1,"default_branch":"master","last_synced_at":"2025-06-30T12:45:00.371Z","etag":null,"topics":["archive","felsenstein","genetics","phylogenetics","software"],"latest_commit_sha":null,"homepage":"","language":"HTML","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":null,"status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/gvegayon.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":null,"code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null}},"created_at":"2021-07-15T23:00:54.000Z","updated_at":"2025-04-08T07:08:16.000Z","dependencies_parsed_at":"2022-09-15T22:40:36.329Z","dependency_job_id":null,"html_url":"https://github.com/gvegayon/phylo-software","commit_stats":null,"previous_names":[],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"purl":"pkg:github/gvegayon/phylo-software","repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/gvegayon%2Fphylo-software","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/gvegayon%2Fphylo-software/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/gvegayon%2Fphylo-software/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/gvegayon%2Fphylo-software/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/gvegayon","download_url":"https://codeload.github.com/gvegayon/phylo-software/tar.gz/refs/heads/master","sbom_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/gvegayon%2Fphylo-software/sbom","scorecard":null,"host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":286080680,"owners_count":28975258,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2026-02-01T08:16:14.655Z","status":"ssl_error","status_checked_at":"2026-02-01T08:06:51.373Z","response_time":56,"last_error":"SSL_connect returned=1 errno=0 peeraddr=140.82.121.6:443 state=error: unexpected eof while reading","robots_txt_status":"success","robots_txt_updated_at":"2025-07-24T06:49:26.215Z","robots_txt_url":"https://github.com/robots.txt","online":false,"can_crawl_api":true,"host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":["archive","felsenstein","genetics","phylogenetics","software"],"created_at":"2024-10-10T18:46:41.378Z","updated_at":"2026-02-01T09:32:47.465Z","avatar_url":"https://github.com/gvegayon.png","language":"HTML","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"\u003cdiv data-align=\"center\"\u003e\n\n\u003cdiv align=\"center\" style=\"background-color: gray;font-weight:200;\"\u003eThis README.md file was generated using Pandoc applied to the website https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html (\u003ca href=\"https://felsenst.github.io\"\u003eProf. Felsenstein\u003c/a\u003e)\u003c/div\u003e\n  \n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 100%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003eAs people can see from the dates on the most recent updates of these Phylogeny Programs pages, I have not had time to keep them up-to-date since 2012. I have now retired, which gives me more time to do research and to support online resources. So I have hopes of resuming updates, fixing links, and catching up with the field of phylogenetic inference.\n\u003cp\u003eI hope soon to move these software listings webpages to a Github archive, and invite others to help contribute to them and maintain them.\u003c/p\u003e\n\u003cp\u003eIn the meantime, I may not be able to devote time to searching for new programs, so \u003cstrong\u003etheir authors are begged to (please!) use the submission form instead\u003c/strong\u003e. That form will be found at the \"Submitting\" link below. If you are upset that your program is not included, but it's too much trouble for you to fill out the submission form, then I will not listen to you. If anyone else wants to help with this, let me know.\u003c/p\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003c/div\u003e\n\n|                                                                             |                                                                                 |                                                                                   |                                                                                  |                                                                              |                                                                                 |                                                                                |\n| :-------------------------------------------------------------------------: | :-----------------------------------------------------------------------------: | :-------------------------------------------------------------------------------: | :------------------------------------------------------------------------------: | :--------------------------------------------------------------------------: | :-----------------------------------------------------------------------------: | :----------------------------------------------------------------------------: |\n| [Methods](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#methods) | [By computer](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#systems) | [Cross-referenced](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.xref.html) | [Data types](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#datatypes) | [Web servers](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.serv.html) | [New programs](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#recent) | [Submitting](http://evolution.gs.washington.edu/cgi-bin/software-form-new1.pl) |\n\n\u003cdiv align=\"center\"\u003e\u003cimg src=\"logo.png\"\u003e\u003c/div\u003e\n\n|                                                                             |                                                                              |                                                                                    |                                                                              |                                                                            |                                                                       |\n| :-------------------------------------------------------------------------: | :--------------------------------------------------------------------------: | :--------------------------------------------------------------------------------: | :--------------------------------------------------------------------------: | :------------------------------------------------------------------------: | :-------------------------------------------------------------------: |\n| [Changes](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#changes) | [Waiting list](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#new) | [Other lists](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#otherlists) | [Old programs](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.old.html) | [Not listed](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.not.html) | [News](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#news) |\n\nHere are 392 phylogeny packages and 54 [free web\nservers](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.serv.html#servers),\n(almost) all that I know about. It is an attempt to be completely\ncomprehensive. I have not made any attempt to exclude programs that do\nnot meet some standard of quality or importance. Updates to these pages\nare made roughly monthly.\n[Here](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#new) is\na \"waiting list\" of new programs waiting to have their full entries\nconstructed. Many of the programs in these pages are available on the\nweb, and some of the older ones are also available from [ftp server\nmachines](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.serv.html#ftpservers).\n\nThe programs listed below include both free and non-free ones; in some\ncases I do not know whether a program is free. I have listed as free\nthose that I knew were free; for the others you have to ask their\ndistributor. Usually when I say that a program is downloadable from a\nweb site, this means that it is available free.\n\nEmail addresses in these pages have had the `@` symbol replaced by ` \n(at)  ` and also surrounded by invisible confusing tags and blank\ncharacters in hopes of foiling spambots that harvest email addresses.\n\nIf you discover any inaccuracies, or feel that I have left any important\nprograms or facts out, or if links do not work properly, please e-mail\nme at: (`joe (at) gs.washington.edu`). You can also use the submission\nform\n[here](http://evolution.gs.washington.edu/cgi-bin/software-form-new1.pl)\nto submit new entries.\n\n\u003cdiv data-align=\"center\"\u003e\n\n|                                                                                                                                                                                                                                                                                                            |\n| ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |\n| Owing to past NSF support of these pages, I am required to note that any opinions, findings, and conclusions or recommendations expressed in this material are those of the author and do not necessarily reflect the views of the National Science Foundation (NSF supported these pages from 1995-2003). |\n\n\u003c/div\u003e\n\n|                                   |\n| --------------------------------- |\n| **List of packages arranged ...** |\n\n### ... [by methods available](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#methods)\n\n### ... [by computer systems on which they work](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#systems)\n\n### ... [cross-referenced by method and by computer system.](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.xref.html)\n\n### ... [by ones which analyze particular kinds of data.](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#datatypes)\n\n### ... [to show the most recent listings](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#recent)\n\n### ... [to show ones most recently changed](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#changes)\n\n### [Phylogeny programs formerly listed here](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.old.html) but no longer distributed\n\n### [Which kinds of programs are and are not listed](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.not.html)\n\n## [Other lists of phylogeny software](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#otherlists)\n\n## [New programs waiting to be added](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#new)\n\n-----\n\n\u003cspan id=\"methods\"\u003e\u003c/span\u003e\n\n|                                            |\n| ------------------------------------------ |\n| **Table of contents by methods available** |\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#General\"\u003e\u003cstrong\u003eGeneral-purpose packages\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Parsimony\"\u003e\u003cstrong\u003eParsimony programs\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Distance\"\u003e\u003cstrong\u003eDistance matrix methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Distances\"\u003e\u003cstrong\u003eComputation of distances\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Likelihood\"\u003e\u003cstrong\u003eMaximum likelihood methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Bayesian\"\u003e\u003cstrong\u003eBayesian inference methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Quartets\"\u003e\u003cstrong\u003eQuartets methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#AI\"\u003e\u003cstrong\u003eArtificial-intelligence and genetic algorithms methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Invariants\"\u003e\u003cstrong\u003eInvariants (or Evolutionary Parsimony) methods\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Interactive\"\u003e\u003cstrong\u003eInteractive tree manipulation\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Recombinant\"\u003e\u003cstrong\u003eLooking for hybridization or recombination events\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Bootstrapping\"\u003e\u003cstrong\u003eBootstrapping and other measures of support\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Compatibility\"\u003e\u003cstrong\u003eCompatibility analysis\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Consensus\"\u003e\u003cstrong\u003eConsensus trees, subtrees, supertrees, distances between trees\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Alignment\"\u003e\u003cstrong\u003eTree-based alignment\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Genomics\"\u003e\u003cstrong\u003eGene duplication and genomic analysis\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Biogeography\"\u003e\u003cstrong\u003eBiogeographic analysis and host-parasite comparison\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Comparative\"\u003e\u003cstrong\u003eComparative method analysis\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Simulation\"\u003e\u003cstrong\u003eSimulation of trees or data\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Shapes\"\u003e\u003cstrong\u003eExamination of shapes of trees\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Stratigraphy\"\u003e\u003cstrong\u003eClocks, dating and stratigraphy\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Modelselection\"\u003e\u003cstrong\u003eModel Selection\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Description\"\u003e\u003cstrong\u003eDescription or prediction of data from trees\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Plotting\"\u003e\u003cstrong\u003eTree plotting/drawing\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Management\"\u003e\u003cstrong\u003eSequence management/job submission\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Teaching\"\u003e\u003cstrong\u003eTeaching about phylogenies\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.serv.html\"\u003e\u003cstrong\u003eWeb or e-mail servers that can analyze data for you\u003c/strong\u003e\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n-----\n\n\u003cspan id=\"methods\"\u003e\u003c/span\u003e \u003cspan id=\"General\"\u003e**General-purpose\npackages**\u003c/span\u003e\n\n  - [PHYLIP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP)\n  - [PAUP\\*](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP)\n  - [MEGA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA)\n  - [Phylo\\_win](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win)\n  - [ARB](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB)\n  - [DAMBE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE)\n  - [PAL](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL)\n  - [Bionumerics](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics)\n  - [Mesquite](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite)\n  - [PaupUp](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp)\n  - [BIRCH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH)\n  - [Bosque](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque)\n  - [EMBOSS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS)\n  - [phangorn](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#phangorn)\n  - [Bio++](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++)\n  - [ETE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#ETE)\n  - [DendroPy](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DendroPy)\n  - [SeaView](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView)\n  - [Crux](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux)\n\n\u003cspan id=\"Parsimony\"\u003e**Parsimony programs**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Hennig86\"\u003eHennig86\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#RA\"\u003eRA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#NONA\"\u003eNONA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#CAFCA\"\u003eCAFCA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win\"\u003ePhylo_win\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#sog\"\u003esog\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#gmaes\"\u003egmaes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#LVB\"\u003eLVB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#GeneTree\"\u003eGeneTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MALIGN\"\u003eMALIGN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#POY\"\u003ePOY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Gambit\"\u003eGambit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#TNT\"\u003eTNT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GelCompar\"\u003eGelCompar II\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Network\"\u003eNetwork\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#TCS\"\u003eTCS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#GAPars\"\u003eGAPars\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#CRANN\"\u003eCRANN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PAST\"\u003ePAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#FootPrinter\"\u003eFootPrinter\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BPAnalysis\"\u003eBPAnalysis\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Parsimov\"\u003eParsimov\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NimbleTree\"\u003eNimbleTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Notung\"\u003eNotung\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IDEA\"\u003eIDEA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PSODA\"\u003ePSODA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PRAP\"\u003ePRAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#SeqState\"\u003eSeqState\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque\"\u003eBosque\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloNet\"\u003ePhyloNet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#phangorn\"\u003ephangorn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Murka\"\u003eMurka\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Freqpars\"\u003eFreqpars\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUPRat\"\u003ePAUPRat\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Distance\"\u003e**Distance matrix methods**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MacT\"\u003eMacT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ODEN\"\u003eODEN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TREECON\"\u003eTREECON\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DISPAN\"\u003eDISPAN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#RESTSITE\"\u003eRESTSITE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#NTSYSpc\"\u003eNTSYSpc\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#METREE\"\u003eMETREE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GDA\"\u003eGDA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SeqPup\"\u003eSeqPup\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#PHYLTEST\"\u003ePHYLTEST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Lintre\"\u003eLintre\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win\"\u003ePhylo_win\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#poptrfdos\"\u003ePOPTREE2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Gambit\"\u003eGambit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#gmaes\"\u003egmaes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DENDRON\"\u003eDENDRON\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#BIONJ\"\u003eBIONJ\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TFPGA\"\u003eTFPGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#MVSP\"\u003eMVSP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Darwin\"\u003eDarwin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#sendbs\"\u003esendbs\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#nneighbor\"\u003enneighbor\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#weighbor\"\u003eweighbor\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DNASIS\"\u003eDNASIS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#MINSPNET\"\u003eMINSPNET\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Arlequin\"\u003eArlequin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#vCEBL\"\u003ePEBBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#HY-PHY\"\u003eHY-PHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla\"\u003eVanilla\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GelCompar\"\u003eGelCompar II\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#qclust\"\u003eqclust\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#TCS\"\u003eTCS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Populations\"\u003ePopulations\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Winboot\"\u003eWinboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#syntax\"\u003eSYN-TAX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PTP\"\u003ePTP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SplitsTree\"\u003eSplitsTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FastME\"\u003eFastME\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE\"\u003eAPE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#MacVector\"\u003eMacVector\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#QuickTree\"\u003eQuickTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#ProfDist\"\u003eProfDist\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#START\"\u003eSTART2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#STC\"\u003eSTC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NimbleTree\"\u003eNimbleTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CBCAnalyzer\"\u003eCBCAnalyzer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Geneious\"\u003eGeneious\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SEMPHY\"\u003eSEMPHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#FASTML\"\u003eFASTML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Rate4Site\"\u003eRate4Site\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SWORDS\"\u003eSWORDS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IDEA\"\u003eIDEA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FAMD\"\u003eFAMD\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque\"\u003eBosque\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GAME\"\u003eGAME\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bioinformatics_Toolbox\"\u003eBioinformatics_Toolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TreeFit\"\u003eTreeFit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#phangorn\"\u003ephangorn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#PC-ORD\"\u003ePC-ORD\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#UGENE\"\u003eUGENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#NINJA\"\u003eNINJA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#STATIO\"\u003eStatio\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TIMER\"\u003eTIMER\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Ancestor\"\u003eAncestor\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ANC-GENE\"\u003eANC-GENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Bn-Bs\"\u003eBn-Bs\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Distances\"\u003e**Computation of distances**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RAPDistance\"\u003eRAPDistance\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MULTICOMP\"\u003eMULTICOMP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Microsat\"\u003eMicrosat\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DIPLOMO\"\u003eDIPLOMO\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#OSA\"\u003eOSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DISPAN\"\u003eDISPAN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#RESTSITE\"\u003eRESTSITE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#NTSYSpc\"\u003eNTSYSpc\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TREE-PUZZLE\"\u003eTREE-PUZZLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GCUA\"\u003eGCUA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DERANGE2\"\u003eDERANGE2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#popgene\"\u003ePOPGENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TFPGA\"\u003eTFPGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#REAP\"\u003eREAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#MVSP\"\u003eMVSP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#RSTCALC\"\u003eRSTCALC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#genetix\"\u003eGenetix\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DISTANCE\"\u003eDISTANCE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Darwin\"\u003eDarwin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#sendbs\"\u003esendbs\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Arlequin\"\u003eArlequin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DnaSP\"\u003eDnaSP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PAML\"\u003ePAML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#puzzleboot\"\u003epuzzleboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla\"\u003eVanilla\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GelCompar\"\u003eGelCompar II\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#qclust\"\u003eqclust\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Populations\"\u003ePopulations\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Winboot\"\u003eWinboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FSTAT\"\u003eFSTAT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#syntax\"\u003eSYN-TAX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win\"\u003ePhylo_win\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Phyltools\"\u003ePhyltools\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MSA\"\u003eMSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE\"\u003eAPE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#YCDMA\"\u003eYCDMA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#NSA\"\u003eNSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#LDDist\"\u003eLDDist\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DIVAGE\"\u003eDIVAGE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Genepop\"\u003eGenepop\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#START\"\u003eSTART2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Swaap\"\u003eSwaap\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SwaapPH\"\u003eSwaap PH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SPAGeDi\"\u003eSPAGeDi\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CBCAnalyzer\"\u003eCBCAnalyzer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SEMPHY\"\u003eSEMPHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SWORDS\"\u003eSWORDS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#rRNA\"\u003erRNA phylogeny\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FAMD\"\u003eFAMD\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GAME\"\u003eGAME\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bioinformatics_Toolbox\"\u003eBioinformatics_Toolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#GenoDive\"\u003eGenoDive\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#analysis\"\u003eanalysis\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TreeFit\"\u003eTreeFit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Murka\"\u003eMurka\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#UGENE\"\u003eUGENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#poptrfdos\"\u003ePOPTREE2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DISTREE\"\u003eDISTREE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Bn-Bs\"\u003eBn-Bs\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#HON-new\"\u003eHON-new\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Likelihood\"\u003e**Maximum likelihood methods**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 25%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#fastDNAml\"\u003efastDNAml\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MOLPHY\"\u003eMOLPHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PAML\"\u003ePAML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Spectrum\"\u003eSpectrum\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SplitsTree\"\u003eSplitsTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TREE-PUZZLE\"\u003eTREE-PUZZLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SeqPup\"\u003eSeqPup\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win\"\u003ePhylo_win\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PASSML\"\u003ePASSML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Darwin\"\u003eDarwin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modeltest\"\u003eModeltest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#dnarates\"\u003ednarates\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#HY-PHY\"\u003eHY-PHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla\"\u003eVanilla\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DT-ModSel\"\u003eDT-ModSel\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#fastDNAmlRev\"\u003efastDNAmlRev\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RevDNArates\"\u003eRevDNArates\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#rate-evolution\"\u003erate-evolution\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#CONSEL\"\u003eCONSEL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EDIBLE\"\u003eEDIBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PLATO\"\u003ePLATO\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PTP\"\u003ePTP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MetaPIGA\"\u003eMetaPIGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RAXML\"\u003eRAxML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYML\"\u003ePHYML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#r8s-bootstrap\"\u003er8s-bootstrap\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrMTgui\"\u003eMrMTgui\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrModeltest\"\u003eMrModeltest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BootPHYML\"\u003eBootPHYML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PARBOOT\"\u003ePARBOOT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#p4\"\u003ep4\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Porn*\"\u003ePorn*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SIMMAP\"\u003eSIMMAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Spectronet\"\u003eSpectronet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Rhino\"\u003eRhino\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TipDate\"\u003eTipDate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ProtTest\"\u003eProtTest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ModelGenerator\"\u003eModelGenerator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrAIC\"\u003eMrAIC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modelfit\"\u003eModelfit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IQPNNI\"\u003eIQPNNI\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PARAT\"\u003ePARAT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ALIFRITZ\"\u003eALIFRITZ\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyNav\"\u003ePhyNav\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DPRML\"\u003eDPRML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MultiPhyl\"\u003eMultiPhyl\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NimbleTree\"\u003eNimbleTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SSA\"\u003eSSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CoMET\"\u003eCoMET\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Mac5\"\u003eMac5\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Kakusan\"\u003eKakusan4\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GARLI\"\u003eGARLI\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PHYSIG\"\u003ePHYSIG\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SEMPHY\"\u003eSEMPHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#FASTML\"\u003eFASTML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Rate4Site\"\u003eRate4Site\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#aLRT\"\u003eaLRT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#McRate\"\u003eMcRate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EREM\"\u003eEREM\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PROCOV\"\u003ePROCOV\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DART\"\u003eDART\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloCoCo\"\u003ePhyloCoCo\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PRAP\"\u003ePRAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#SeqState\"\u003eSeqState\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Leaphy\"\u003eLeaphy\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NHML\"\u003eNHML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SLR\"\u003eSLR\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#rRNA\"\u003erRNA phylogeny\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque\"\u003eBosque\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Concaterpillar\"\u003eConcaterpillar\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYLLAB\"\u003ePHYLLAB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#NEPAL\"\u003eNEPAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CodeAxe\"\u003eCodeAxe\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#phangorn\"\u003ephangorn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#FastTree\"\u003eFastTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#nhPhyML\"\u003enhPhyML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyML-Multi\"\u003ePhyML-Multi\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Segminator\"\u003eSegminator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#raxmlGUI\"\u003eraxmlGUI\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MixtureTree\"\u003eMixtureTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#GZ-Gamma\"\u003eGZ-Gamma\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUPRat\"\u003ePAUPRat\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Bayesian\"\u003e**Bayesian inference methods**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PAML\"\u003ePAML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BAMBE\"\u003eBAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla\"\u003eVanilla\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrBayes\"\u003eMrBayes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHASE\"\u003ePHASE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BEAST\"\u003eBEAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrBayesTreeScan\"\u003eMrBayes tree scanners\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#p4\"\u003ep4\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SIMMAP\"\u003eSIMMAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IM\"\u003eIMa2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BAli-Phy\"\u003eBAli-Phy\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BayesPhylogenies\"\u003eBayesPhylogenies\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrBayesPlugin\"\u003eMrBayesPlugin\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloBayes\"\u003ePhyloBayes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHASE\"\u003ePHASE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Cadence\"\u003eCadence\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Multidivtime\"\u003eMultidivtime\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BEST\"\u003eBEST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#AMBIORE\"\u003eAMBIORE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYLLAB\"\u003ePHYLLAB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#bms_runner\"\u003ebms_runner\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#tracer\"\u003etracer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#burntrees\"\u003eburntrees\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ANC-GENE\"\u003eANC-GENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Quartets\"\u003e**Quartets methods**\u003c/span\u003e\n\n  - [TREE-PUZZLE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TREE-PUZZLE)\n  - [SplitsTree](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SplitsTree)\n  - [PHYLTEST](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#PHYLTEST)\n  - [GEOMETRY](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#GEOMETRY)\n  - [PICA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PICA)\n  - [Darwin](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Darwin)\n  - [PhyloQuart](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloQuart)\n  - [Willson quartets\n    programs](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Willson)\n  - [Gambit](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Gambit)\n  - [IQPNNI](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IQPNNI)\n  - [STC](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#STC)\n  - [Quartet\n    Suite](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Quartet_Suite)\n  - [LEVEL2](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#LEVEL2)\n  - [Bosque](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque)\n\n\u003cspan id=\"AI\"\u003e**Artificial-intelligence and genetic algorithms\nmethods**\u003c/span\u003e\n\n  - [PTP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PTP)\n  - [GAPars](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#GAPars)\n  - [MetaPIGA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MetaPIGA)\n  - [GARLI](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GARLI)\n\n\u003cspan id=\"Invariants\"\u003e**Invariants (or Evolutionary Parsimony)\nmethods**\u003c/span\u003e\n\n  - [PHYLIP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP)\n  - [PAUP\\*](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP)\n  - [PaupUp](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp)\n  - [BIRCH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH)\n  - [EMBOSS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS)\n\n\u003cspan id=\"Interactive\"\u003e**Interactive tree manipulation**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MacClade\"\u003eMacClade\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PDAP\"\u003ePDAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeTool\"\u003eTreeTool\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#WINCLADA\"\u003eWINCLADA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeEdit\"\u003eTreeEdit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeExplorer\"\u003eTreeExplorer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeThief\"\u003eTreeThief\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RadCon\"\u003eRadCon\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#mavric\"\u003eMavric\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EDIBLE\"\u003eEDIBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeView\"\u003eTreeView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeJuxtaposer\"\u003eTreeJuxtaposer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Treeme\"\u003eTreeMe\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ArboDraw\"\u003eArboDraw\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Notung\"\u003eNotung\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeDyn\"\u003eTreeDyn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeMaker\"\u003eTreeMaker\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MESA\"\u003eMESA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SimpleClade\"\u003eSimpleClade\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Dendroscope\"\u003eDendroscope\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Forest\"\u003eForest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylocom\"\u003ePhylocom\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeToy\"\u003eTreeToy\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bioinformatics_Toolbox\"\u003eBioinformatics_Toolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyutility\"\u003ePhyutility\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhyloWidget\"\u003ePhyloWidget\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phybase\"\u003ePhybase\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#ETE\"\u003eETE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeGraph\"\u003eTreeGraph 2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Recombinant\"\u003e**Looking for hybridization or recombination\nevents**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 100%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RecPars\"\u003eRecPars\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TOPALi\"\u003eTOPALi\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#partimatrix\"\u003epartimatrix\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Network\"\u003eNetwork\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#TCS\"\u003eTCS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PLATO\"\u003ePLATO\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PPH\"\u003ePPH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Spectronet\"\u003eSpectronet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#IM\"\u003eIMa2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#START\"\u003eSTART2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Likewind\"\u003eLikewind\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DualBrothers\"\u003eDualBrothers\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#cBrother\"\u003ecBrother\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EEEP\"\u003eEEEP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#HGT\"\u003eHGT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloNet\"\u003ePhyloNet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#EvolSimulator\"\u003eEvolSimulator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Concaterpillar\"\u003eConcaterpillar\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyML-Multi\"\u003ePhyML-Multi\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RDP3\"\u003eRDP3\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Bootstrapping\"\u003e**Bootstrapping and other measures of\nsupport**\u003c/span\u003e (for Bayesian support methods see the [Bayesian\ninference\nlist](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.html#Bayesian)\nabove).\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Random%20Cladistics\"\u003eRandom Cladistics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#AutoDecay\"\u003eAutoDecay\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#TreeRot\"\u003eTreeRot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DNA%20Stacks\"\u003eDNA Stacks\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#OSA\"\u003eOSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DISPAN\"\u003eDISPAN\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#PHYLTEST\"\u003ePHYLTEST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Lintre\"\u003eLintre\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#sog\"\u003esog\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#poptrfdos\"\u003ePOPTREE2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PARBOOT\"\u003ePARBOOT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PICA\"\u003ePICA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modeltest\"\u003eModelTest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TAXEQ3\"\u003eTAXEQ3\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BAMBE\"\u003eBAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#puzzleboot\"\u003epuzzleboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#CodonBootstrap\"\u003eCodonBootstrap\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Gambit\"\u003eGambit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrBayes\"\u003eMrBayes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#CONSEL\"\u003eCONSEL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Populations\"\u003ePopulations\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#LVB\"\u003eLVB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EDIBLE\"\u003eEDIBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Winboot\"\u003eWinboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Phylo_win\"\u003ePhylo_win\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PAST\"\u003ePAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RAXML\"\u003eRAxML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Phyltools\"\u003ePhyltools\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHASE\"\u003ePHASE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYML\"\u003ePHYML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BEAST\"\u003eBEAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#r8s-bootstrap\"\u003er8s-bootstrap\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrBayesTreeScan\"\u003eMrBayes tree scanners\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrMTgui\"\u003eMrMTgui\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrModeltest\"\u003eMrModeltest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BootPHYML\"\u003eBootPHYML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Porn*\"\u003ePorn*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ProtTest\"\u003eProtTest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ModelGenerator\"\u003eModelGenerator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Permute\"\u003ePermute!\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ELW\"\u003eELW\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MultiPhyl\"\u003eMultiPhyl\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GHOSTS\"\u003eGHOSTS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Geneious\"\u003eGeneious\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BayesPhylogenies\"\u003eBayesPhylogenies\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#scaleboot\"\u003escaleboot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#aLRT\"\u003eaLRT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloBayes\"\u003ePhyloBayes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SWORDS\"\u003eSWORDS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#CTree\"\u003eCTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PRAP\"\u003ePRAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FAMD\"\u003eFAMD\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloNet\"\u003ePhyloNet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYLLAB\"\u003ePHYLLAB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyutility\"\u003ePhyutility\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#FastTree\"\u003eFastTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#tracer\"\u003etracer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#burntrees\"\u003eburntrees\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#raxmlGUI\"\u003eraxmlGUI\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MixtureTree\"\u003eMixtureTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Compatibility\"\u003e**Compatibility analysis**\u003c/span\u003e\n\n  - [COMPROB](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#COMPROB)\n  - [PHYLIP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP)\n  - [PICA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PICA)\n  - [partimatrix](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#partimatrix)\n  - [PPH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PPH)\n  - [Spectronet](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Spectronet)\n  - [BIRCH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH)\n  - [EMBOSS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS)\n  - [Murka](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Murka)\n  - [Phybase](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phybase)\n  - [TIGER](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TIGER)\n\n\u003cspan id=\"Consensus\"\u003e**Consensus trees, subtrees, supertrees, and\ndistances between trees**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#COMPONENT\"\u003eCOMPONENT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TREEMAP\"\u003eTREEMAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#NTSYSpc\"\u003eNTSYSpc\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#REDCON\"\u003eREDCON\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TAXEQ3\"\u003eTAXEQ3\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RadCon\"\u003eRadCon\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PAST\"\u003ePAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RobinsonFoulds\"\u003eRobinson and Foulds distance\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Clann\"\u003eClann\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyNav\"\u003ePhyNav\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SuperTree\"\u003eSuperTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Supertree_scripts\"\u003eSupertree scripts\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Supertree\"\u003eSupertree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#HeuristicMRF2\"\u003eHeuristicMRF2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TopD/fMts\"\u003eTopD/fMts\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Quartet_Suite\"\u003eQuartet Suite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Rainbow\"\u003eRainbow\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhySIC\"\u003ePhySIC_IST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EEEP\"\u003eEEEP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhyloSort\"\u003ePhyloSort\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#FAMD\"\u003eFAMD\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyutility\"\u003ePhyutility\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#phangorn\"\u003ephangorn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Murka\"\u003eMurka\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#RAXML\"\u003eRAxML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phybase\"\u003ePhybase\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#iGTP\"\u003eiGTP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#raxmlGUI\"\u003eraxmlGUI\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Alignment\"\u003e**Tree-based sequence alignment**\u003c/span\u003e\n\n  - [TreeAlign](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TreeAlign)\n  - [ClustalW](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ClustalW)\n  - [MALIGN](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MALIGN)\n  - [GeneDoc](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#GeneDoc)\n  - [DAMBE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE)\n  - [POY](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#POY)\n  - [ALIGN](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ALIGN)\n  - [DNASIS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DNASIS)\n  - [FootPrinter](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#FootPrinter)\n  - [ALIFRITZ](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ALIFRITZ)\n  - [T-Coffee](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#T-Coffee)\n  - [ArboDraw](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ArboDraw)\n  - [BAli-Phy](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BAli-Phy)\n  - [Geneious](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Geneious)\n  - [BIRCH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH)\n  - [MAFFT](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MAFFT)\n  - [LOBSTER](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software%20etc1.html#SATCHMO)\n  - [DART](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DART)\n  - [MUSCLE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MUSCLE)\n  - [Bosque](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque)\n  - [EMBOSS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS)\n  - [SeaView](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView)\n  - [SuiteMSA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SuiteMSA)\n\n\u003cspan id=\"Genomics\"\u003e**Gene duplication and genomic analysis**\u003c/span\u003e\n\n  - [DERANGE2](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#DERANGE2)\n  - [FORESTER](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#FORESTER)\n  - [BPAnalysis](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BPAnalysis)\n  - [Notung](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Notung)\n  - [TopD/fMts](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TopD/fMts)\n  - [DTscore](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DTscore)\n  - [DART](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DART)\n  - [gtp](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#gtp)\n  - [EvolSimulator](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#EvolSimulator)\n  - [DTdraw](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DTdraw)\n  - [Mgenome](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Mgenome)\n  - [Tree\n    Tracker](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Tree%20Tracker)\n  - [bms\\_runner](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#bms_runner)\n  - [MANTiS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MANTiS)\n  - [ETE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#ETE)\n  - [MANTiS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MANTiS)\n  - [iGTP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#iGTP)\n\n\u003cspan id=\"Biogeography\"\u003e**Biogeographic analysis and host-parasite\ncomparison**\u003c/span\u003e\n\n  - [COMPONENT](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#COMPONENT)\n  - [TREEMAP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TREEMAP)\n  - [DIVA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DIVA)\n  - [TreeFitter](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TreeFitter)\n  - [GEODIS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#GEODIS)\n  - [Tarzan](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Tarzan)\n  - [ParaFit](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ParaFit)\n  - [Phylocom](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylocom)\n  - [AxParafit](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#AxParafit)\n  - [GenGIS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GenGIS)\n  - [S-DIVA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#S-DIVA)\n  - [Lagrange](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Lagrange)\n  - [CoRe-PA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#CoRe-PA)\n  - [Jane](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Jane)\n\n\u003cspan id=\"Comparative\"\u003e**Comparative method analysis**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CAIC\"\u003eCAIC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#COMPARE\"\u003eCOMPARE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PDAP\"\u003ePDAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ANCML\"\u003eANCML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RIND\"\u003eRIND\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MacroCAIC\"\u003eMacroCAIC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PI\"\u003ePhylogenetic Independence\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MacClade\"\u003eMacClade\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE\"\u003eAPE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Jevtrace\"\u003eJevtrace\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SIMMAP\"\u003eSIMMAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PHYLOGR\"\u003ePHYLOGR\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeSAAP\"\u003eTreeSAAP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#Permute\"\u003ePermute!\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Parsimov\"\u003eParsimov\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DIVERGE\"\u003eDIVERGE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#IDC\"\u003eIDC\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#OUCH\"\u003eOUCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BayesTraits\"\u003eBayesTraits\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PHYSIG\"\u003ePHYSIG\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Cactus-Pie\"\u003eCactus-Pie\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylocom\"\u003ePhylocom\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#pcca\"\u003epcca\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#bms_runner\"\u003ebms_runner\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SLOUCH\"\u003eSLOUCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phybase\"\u003ePhybase\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Simulation\"\u003e**Simulation of trees or data**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#COMPONENT\"\u003eCOMPONENT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Seq-Gen\"\u003eSeq-Gen\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Treevolve\"\u003eTreevolve and PTreevolve\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PSeq-Gen\"\u003ePSeq-Gen\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#COMPARE\"\u003eCOMPARE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ROSE\"\u003eROSE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PAML\"\u003ePAML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ProSeq\"\u003eProSeq\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla\"\u003eVanilla\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MacClade\"\u003eMacClade\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EDIBLE\"\u003eEDIBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Network\"\u003eNetwork\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyl-O-Gen\"\u003ePhylogen\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MESA\"\u003eMESA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SGRunner\"\u003eSGRunner\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#apTreeshape\"\u003eapTreeshape\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Simprot\"\u003eSimprot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EREM\"\u003eEREM\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#indel-Seq-Gen\"\u003eindel-Seq-Gen\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DAWG\"\u003eDAWG\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#EvolveAGene3\"\u003eEvolveAGene3\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#EvolSimulator\"\u003eEvolSimulator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio::Phylo\"\u003eBio::Phylo\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Recodon\"\u003eRecodon\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NetRecodon\"\u003eNetRecodon\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SuiteMSA\"\u003eSuiteMSA\u003c/a\u003e\u003cbr /\u003e\n\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Crux\"\u003eCrux\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Shapes\"\u003e**Examination of shapes of trees**\u003c/span\u003e\n\n  - [MacroCAIC](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MacroCAIC)\n  - [Genie](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Genie)\n  - [PAL](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL)\n  - [Vanilla](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Vanilla)\n  - [RadCon](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RadCon)\n  - [BRANCHLENGTH](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#branchlength)\n  - [APE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE)\n  - [Tracer](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Tracer)\n  - [SymmeTREE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SymmeTREE)\n  - [TreeScan](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#treescan)\n  - [MESA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MESA)\n  - [apTreeshape](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#apTreeshape)\n  - [TreeStat](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeStat)\n  - [CTree](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#CTree)\n  - [Phyutility](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyutility)\n  - [laser](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#laser)\n  - [PhyRe](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhyRe)\n  - [Bio::Phylo](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio::Phylo)\n\n\u003cspan id=\"Stratigraphy\"\u003e**Clocks, dating and stratigraphy**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#QDate\"\u003eQDate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modeltest\"\u003eModeltest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PAML\"\u003ePAML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RRTree\"\u003eRRTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#vCEBL\"\u003ePEBBLE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeEdit\"\u003eTreeEdit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#HY-PHY\"\u003eHY-PHY\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAL\"\u003ePAL\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#rate-evolution\"\u003erate-evolution\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#branchlength\"\u003eBRANCHLENGTH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#r8s\"\u003er8s\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PAST\"\u003ePAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#treefinder\"\u003eTreefinder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Network\"\u003eNetwork\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE\"\u003eAPE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#BEAST\"\u003eBEAST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrMTgui\"\u003eMrMTgui\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrModeltest\"\u003eMrModeltest\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#SymmeTREE\"\u003eSymmeTREE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Porn*\"\u003ePorn*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TipDate\"\u003eTipDate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Rhino\"\u003eRhino\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GHOSTS\"\u003eGHOSTS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Cadence\"\u003eCadence\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Multidivtime\"\u003eMultidivtime\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CodonRates\"\u003eCodonRates\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Brownie\"\u003eBrownie\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PATHd8\"\u003ePATHd8\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#McRate\"\u003eMcRate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PhyloBayes\"\u003ePhyloBayes\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Cactus-Pie\"\u003eCactus-Pie\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GRate\"\u003eGRate\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NHML\"\u003eNHML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TreeFit\"\u003eTreeFit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#PHYLTEST\"\u003ePHYLTEST\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Murka\"\u003eMurka\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TIMER\"\u003eTIMER\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Modelselection\"\u003e**Model Selection**\u003c/span\u003e\n\n  - [Modeltest](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modeltest)\n  - [MrMTgui](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrMTgui)\n  - [MrModeltest](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrModeltest)\n  - [Porn\\*](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Porn*)\n  - [ModelGenerator](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ModelGenerator)\n  - [ProtTest](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#ProtTest)\n  - [MrAIC](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MrAIC)\n  - [Modelfit](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Modelfit)\n  - [DT-ModSel](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DT-ModSel)\n  - [BayesTraits](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BayesTraits)\n  - [Kakusan4](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Kakusan)\n  - [MAPPS](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MAPPS)\n  - [DART](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DART)\n  - [Concaterpillar](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Concaterpillar)\n  - [Statio](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#STATIO)\n  - [jMODELTEST](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#jMODELTEST)\n\n\u003cspan id=\"Description\"\u003e**Description or prediction of data from\ntrees**\u003c/span\u003e\n\n  - [CONSERVE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#CONSERVE)\n  - [TreeDis](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeDis)\n  - [EDIBLE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#EDIBLE)\n  - [RIND](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#RIND)\n  - [Jevtrace](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Jevtrace)\n  - [SIMMAP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SIMMAP)\n  - [TreeSAAP](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeSAAP)\n  - [DIVERGE](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DIVERGE)\n  - [MESA](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MESA)\n  - [FASTML](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#FASTML)\n\n\u003cspan id=\"Plotting\"\u003e**Tree plotting/drawing**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 33%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PHYLIP\"\u003ePHYLIP\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PAUP\"\u003ePAUP*\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeTool\"\u003eTreeTool\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeView\"\u003eTreeView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NJplot\"\u003eNJplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DendroMaker\"\u003eDendroMaker\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeDrawDeck\"\u003eTree Draw Deck\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylodendron\"\u003ePhylodendron\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#unrooted\"\u003eunrooted\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#TREECON\"\u003eTREECON\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#mavric\"\u003eMavric\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeExplorer\"\u003eTreeExplorer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeThief\"\u003eTreeThief\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#FORESTER\"\u003eFORESTER\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MacClade\"\u003eMacClade\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#MEGA\"\u003eMEGA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#mesquite\"\u003eMesquite\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhyloTreeDraw\"\u003ePhylogenetic Tree Drawing\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#APE\"\u003eAPE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#T-REX\"\u003eT-REX\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeJuxtaposer\"\u003eTreeJuxtaposer\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Spectronet\"\u003eSpectronet\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeSetViz\"\u003eTreeSetViz\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeGraph\"\u003eTreeGraph 2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ArboDraw\"\u003eArboDraw\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PaupUp\"\u003ePaupUp\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#Notung\"\u003eNotung\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeDyn\"\u003eTreeDyn\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DigTree\"\u003eDigTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Geneious\"\u003eGeneious\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Paloverde\"\u003ePaloverde\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MrEnt\"\u003eMrEnt\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#FigTree\"\u003eFigTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#HyperTree\"\u003eHyperTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GeoPhyloBuilder\"\u003eGeoPhyloBuilder\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Dendroscope\"\u003eDendroscope\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#CTree\"\u003eCTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeToy\"\u003eTreeToy\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#TreeSnatcher\"\u003eTreeSnatcher Plus\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#DTdraw\"\u003eDTdraw\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PHYLLAB\"\u003ePHYLLAB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bioinformatics_Toolbox\"\u003eBioinformatics_Toolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PhyloWidget\"\u003ePhyloWidget\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GenGIS\"\u003eGenGIS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio++\"\u003eBio++\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bio::Phylo\"\u003eBio::Phylo\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#S-DIVA\"\u003eS-DIVA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#UGENE\"\u003eUGENE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#ETE\"\u003eETE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#poptrfdos\"\u003ePOPTREE2\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Segminator\"\u003eSegminator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#MixtureTree\"\u003eMixtureTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Archaeopteryx\"\u003eArchaeopteryx\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SuiteMSA\"\u003eSuiteMSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Management\"\u003e**Sequence management/job submission**\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003ccol style=\"width: 50%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Random%20Cladistics\"\u003eRandom Cladistics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GDE\"\u003eGDE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MUST\"\u003eMUST 2000\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DNA%20Stacks\"\u003eDNA Stacks\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SeqPup\"\u003eSeqPup\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#PARBOOT\"\u003ePARBOOT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#ARB\"\u003eARB\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#DAMBE\"\u003eDAMBE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BioEdit\"\u003eBioEdit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#WebPHYLIP\"\u003eSingapore PHYLIP web interface\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#Bionumerics\"\u003eBionumerics\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#W2H\"\u003eW2H\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phyledit\"\u003ePhyledit\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#GeneStudioPro\"\u003eGeneStudio Pro\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#simplot\"\u003eSimplot\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#DPRML\"\u003eDPRML\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#NimbleTree\"\u003eNimbleTree\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Geneious\"\u003eGeneious\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#BIRCH\"\u003eBIRCH\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#TOPALi\"\u003eTOPALi\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#MBEToolbox\"\u003eMBEToolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PISE\"\u003ePISE\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bosque\"\u003eBosque\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Bioinformatics_Toolbox\"\u003eBioinformatics_Toolbox\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cul\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.dist.html#EMBOSS\"\u003eEMBOSS\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.pars.html#PyCogent\"\u003ePyCogent\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#PHYDIT\"\u003ePHYDIT\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Segminator\"\u003eSegminator\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc1.html#SeaView\"\u003eSeaView\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003cli\u003e\u003ca href=\"https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SuiteMSA\"\u003eSuiteMSA\u003c/a\u003e\u003c/li\u003e\n\u003c/ul\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n\u003cspan id=\"Teaching\"\u003e**Teaching about phylogenies**\u003c/span\u003e\n\n  - [Phylogenetic\n    Investigator](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylogenetic%20Investigator)\n  - [Phylap](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Phylap)\n  - [Dnatree](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#Dnatree)\n  - [SimpleClade](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/software.etc2.html#SimpleClade)\n\n-----\n\n\u003cspan id=\"systems\"\u003e\u003c/span\u003e\n\n\u003ctable\u003e\n\u003ccolgroup\u003e\n\u003ccol style=\"width: 100%\" /\u003e\n\u003c/colgroup\u003e\n\u003ctbody\u003e\n\u003ctr class=\"odd\"\u003e\n\u003ctd\u003e\u003cstrong\u003eTable of contents by computer systems\u003cbr /\u003e\non which they work\u003c/strong\u003e\u003c/td\u003e\n\u003c/tr\u003e\n\u003c/tbody\u003e\n\u003c/table\u003e\n\n### [Unix (source code in C or executables)](https://evolution.gs.washington.edu/phylip/so","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fgvegayon%2Fphylo-software","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fgvegayon%2Fphylo-software","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fgvegayon%2Fphylo-software/lists"}