{"id":49563327,"url":"https://github.com/madsondeluna/nextflow-case","last_synced_at":"2026-05-03T10:47:33.581Z","repository":{"id":326889562,"uuid":"1106831573","full_name":"madsondeluna/nextflow-case","owner":"madsondeluna","description":"AMPscan é um pipeline de bioinformática desenvolvido com Nextflow para screening e análise de peptídeos antimicrobianos (AMPs) em sequências nucleotídicas. 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Inspirado no nf-core/funcscan, este pipeline oferece uma abordagem modular e reprodutível para identificação de AMPs.\n\n## Características Principais\n\n-  **Múltiplas ferramentas de predição**: Macrel, AMPcombi, HMMER\n-  **Análise de sequências**: Suporte para contigs montados (FASTA)\n-  **Anotação funcional**: Predição de estrutura e propriedades\n-  **Containerização**: Docker/Singularity para reprodutibilidade\n-  **Modular**: Baseado em Nextflow DSL2\n\n## Pipeline Overview\n\nO pipeline executa as seguintes etapas principais:\n\n1. **Input Validation**: Validação do samplesheet e arquivos FASTA\n2. **AMP Screening**: \n   - Macrel: Predição baseada em machine learning\n   - AMPcombi: Combinação de múltiplos preditores\n   - HMMER: Busca por domínios conservados\n3. **Annotation**: Anotação de propriedades físico-químicas\n4. **Results Aggregation**: Consolidação e sumarização dos resultados\n\n## Início Rápido\n\n### Pré-requisitos\n\n- Nextflow \u003e= 23.04.0\n- Docker ou Singularity (recomendado para HPC)\n- Java \u003e= 11\n\n### Instalação\n\n```bash\n# Clone o repositório\ngit clone https://github.com/madsondeluna/nextflow-case.git\ncd nextflow-case\n\n# Teste a instalação\nnextflow run main.nf --help\n```\n\n### Uso Básico\n\n```bash\n# Executar com dados de exemplo\nnextflow run main.nf \\\n  --input samplesheet.csv \\\n  --outdir results \\\n  -profile docker\n\n# Executar apenas Macrel\nnextflow run main.nf \\\n  --input samplesheet.csv \\\n  --outdir results \\\n  --amp_skip_ampcombi \\\n  --amp_skip_hmmer \\\n  -profile docker\n```\n\n### Formato do Samplesheet\n\nO arquivo `samplesheet.csv` deve conter:\n\n```csv\nsample,fasta\nsample1,/path/to/sample1.fasta\nsample2,/path/to/sample2.fasta\n```\n\n## Parâmetros Principais\n\n### Obrigatórios\n\n- `--input`: Caminho para o samplesheet CSV\n- `--outdir`: Diretório de saída para os resultados\n\n### Opcionais - AMP Screening\n\n- `--run_amp_screening`: Executar screening de AMPs (default: true)\n- `--amp_skip_macrel`: Pular Macrel (default: false)\n- `--amp_skip_ampcombi`: Pular AMPcombi (default: false)\n- `--amp_skip_hmmer`: Pular HMMER (default: false)\n- `--amp_hmmer_models`: Modelos HMM customizados para HMMER\n- `--amp_macrel_min_length`: Tamanho mínimo de peptídeo para Macrel (default: 10)\n\n### Recursos Computacionais\n\n- `--max_cpus`: Número máximo de CPUs (default: 16)\n- `--max_memory`: Memória máxima (default: '128.GB')\n- `--max_time`: Tempo máximo por job (default: '240.h')\n\n## Estrutura de Saída\n\n```\nresults/\n├── amp/\n│   ├── macrel/\n│   │   ├── sample1_predictions.tsv\n│   │   └── sample2_predictions.tsv\n│   ├── ampcombi/\n│   │   └── combined_results.tsv\n│   └── hmmer/\n│       ├── sample1_domains.txt\n│       └── sample2_domains.txt\n├── annotation/\n│   └── amp_properties.tsv\n├── multiqc/\n│   └── multiqc_report.html\n└── pipeline_info/\n    ├── execution_report.html\n    └── execution_timeline.html\n```\n\n## Perfis de Configuração\n\n- `docker`: Usa containers Docker\n- `singularity`: Usa containers Singularity\n- `conda`: Usa ambientes Conda (não recomendado)\n- `test`: Executa com dados de teste mínimos\n\n## Ferramentas Incluídas\n\n| Ferramenta | Versão | Descrição |\n|------------|--------|-----------|\n| Macrel | 1.2.0 | Predição de AMPs por machine learning |\n| AMPcombi | 0.1.7 | Agregação de múltiplos preditores |\n| HMMER | 3.3.2 | Busca de domínios por HMM |\n| Prodigal | 2.6.3 | Predição de genes |\n\n## Citações\n\nSe você usar este pipeline, por favor cite:\n\n- **Nextflow**: Di Tommaso, P., et al. (2017). Nextflow enables reproducible computational workflows. Nature Biotechnology, 35(4), 316-319.\n- **Macrel**: Santos-Júnior, C.D., et al. (2020). Macrel: antimicrobial peptide screening in genomes and metagenomes. PeerJ, 8, e10555.\n\n## Contribuindo\n\nContribuições são bem-vindas! Por favor, abra uma issue ou pull request.\n\n## Licença\n\nMIT License\n\n## Contato\n\nPara questões e suporte, abra uma issue no GitHub.\n\n---\n\nDesenvolvido com ❤️ usando Nextflow\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fmadsondeluna%2Fnextflow-case","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fmadsondeluna%2Fnextflow-case","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fmadsondeluna%2Fnextflow-case/lists"}