{"id":15710897,"url":"https://github.com/pro-oc/pro-oc-mutation-finder","last_synced_at":"2026-05-19T02:06:15.445Z","repository":{"id":89192317,"uuid":"451636278","full_name":"PRO-OC/pro-oc-mutation-finder","owner":"PRO-OC","description":"Rozšíření do prohlížeče obsahující automatický skript vypisující všechny odhalené mutace.","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2023-04-21T14:24:49.000Z","size":701,"stargazers_count":0,"open_issues_count":0,"forks_count":0,"subscribers_count":1,"default_branch":"master","last_synced_at":"2025-03-30T17:12:58.845Z","etag":null,"topics":["automation-tool","browser-extension","covid-19","google-chrome-extension","microsoft-edge-extension","mozilla-firefox-extension","sars-cov-2","sars-cov-2-variants"],"latest_commit_sha":null,"homepage":"","language":"JavaScript","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":null,"status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/PRO-OC.png","metadata":{"files":{"readme":"Readme.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":null,"code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null,"governance":null,"roadmap":null,"authors":null,"dei":null,"publiccode":null,"codemeta":null}},"created_at":"2022-01-24T21:18:20.000Z","updated_at":"2022-01-24T21:47:46.000Z","dependencies_parsed_at":"2023-06-14T09:15:28.427Z","dependency_job_id":null,"html_url":"https://github.com/PRO-OC/pro-oc-mutation-finder","commit_stats":null,"previous_names":[],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/PRO-OC%2Fpro-oc-mutation-finder","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/PRO-OC%2Fpro-oc-mutation-finder/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/PRO-OC%2Fpro-oc-mutation-finder/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/PRO-OC%2Fpro-oc-mutation-finder/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/PRO-OC","download_url":"https://codeload.github.com/PRO-OC/pro-oc-mutation-finder/tar.gz/refs/heads/master","host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":246351019,"owners_count":20763232,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2022-07-04T15:15:14.044Z","host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":["automation-tool","browser-extension","covid-19","google-chrome-extension","microsoft-edge-extension","mozilla-firefox-extension","sars-cov-2","sars-cov-2-variants"],"created_at":"2024-10-03T21:10:41.391Z","updated_at":"2026-05-19T02:06:15.415Z","avatar_url":"https://github.com/PRO-OC.png","language":"JavaScript","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"# PRO OC Mutation finder\n\n![Preview](preview/nahled.png)\n![Preview](preview/nahled2.png)\n![Preview](preview/nahled2.png)\n\nRozšíření do prohlížeče obsahující automatický skript, který prochází přiložené Covid-19 žádanky a k nim asociované profily pacientů s cílem vypsat všechny pacientovi zjištěné mutace diskriminačními RT-PCR testy.\n\n## Zásady ochrany osobních údajů\n\nOsobní informace pacientů podmíněné přihlášením do modulu [Pacienti COVID-19](https://ereg.ksrzis.cz/Registr/CUDZadanky/VyhledaniPacienta) jsou použity pouze pro zavolání již stávajících funkcí modulu. **Data nejsou jakkoliv zpracovávána ani přeposílána mimo tyto systémy.**\n\n## Účel\n\nVypsat všechny mutace zjištěné (pozitivní i negativní) diskriminačními PCR testy.\n\n## Použití\n\n\n1. Vyexportovat žádanky na stránce [Moje žádanky](https://ereg.ksrzis.cz/Registr/CUDZadanky/MojeZadanky) s výsledkem pozitivní do souboru.\n\n![Preview](preview/export.png)\n\na soubor přesunout do složky **Assets/Žádanky.xlsx** (je ve formátu):\n- **1. řádek** obsahující sloupce v tomto pořadí: Datum, Číslo žádanky, Jméno, Příjmení, Číslo pojištěnce, Číslo pacienta, Stav žádanky, Pojišťovna (řádek je nepovinný, může zůstat prázdný, data se ale vždy začínají načítat až od 2. řádku)\n- **2. až n. řádek** konkrétních dat (nepovinné sloupce jsou Datum, Stav žádanky a Pojišťovna) \n\n2. Přihlásit se do webové aplikace [Žádanky Covid-19](https://eregpublicsecure.ksrzis.cz/Registr/CUD/Overeni/Prihlaseni) a modulu [Pacienti Covid-19](https://eregotp.ksrzis.cz/), kde je potřeba zakliknout roli Vakcinace\n3. Rozšíření nahrát do prohlížeče, kliknout na ikonu rozšíření (v případě potřeby zobrazení logování kliknout prozkoumat popup okno a otevřít záložku console),  kliknout na tlačítko pod ikonou rozšíření\n\n![Preview](preview/tlacitko_spusteni.png)\n\n4. Zobrazené logy uložené z console lze zpřehlednit např. takto:\n\n```\n# jednotlivé sloupce oddělené mezerami\ncat report_file.log | grep '^popup.js:*' | cut -b 21- | sort -n -t\".\" -k3 -k2 -k1 | uniq | awk NF \u003e report_file_formatted.log\n\n# převedení na .csv s oddělovačem středníkem a hlavičkou\ncat report_file_formatted.log | sed '-es/ /;/'{6..1} \u003e report_file.csv\necho -e \"Datum;Cislo_zadanky;Datum_narozeni;Pohlavi;Nazev_mutace;Vysledek_mutace;Laborator1;Laborator2;Laborator3\" | cat - report_file.csv \u003e report_file.cs\n# otevřít a zavřít například v Libre Office Calc, aby se doplnili chybějící separátor pro Laboratoř č. 2 a 3\n```\n\n## Logování\n\n- Každý záznam uvádí číslo žádanky ke které se vztahuje\n\n```\n...\n 19.07.2021 6907778154 23.12.1992 žena E484K Negativní PHA-325\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze\u002664165\n 15.08.2021 3032525969 10.10.1991 žena L452R Pozitivní PHA-433\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze, ULBLD, Sérologická laboratoř\u002664165\n 15.08.2021 3032525969 10.10.1991 žena P681R Pozitivní PHA-433\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze, ULBLD, Sérologická laboratoř\u002664165\n 02.01.2022 2990218714 05.06.2001 žena Del69-70 Pozitivní PHA-325\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze\u002664165\n 02.01.2022 2990218714 05.06.2001 žena K417N Pozitivní PHA-325\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze\u002664165\n 05.01.2022 3030669682 01.12.1990 žena Del69-70 Pozitivní PHA-325\u0026Všeobecná fakultní nemocnice v Praze\u002664165\n...\n```\n\n## Problémy\n\n- Stává se relativně často, že zadané mutace u konkrétního konfirmačního RT-PCR testu jsou duplikované\n\n![Preview](preview/duplikovane_uvedene_mutace.png)\n\n\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fpro-oc%2Fpro-oc-mutation-finder","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fpro-oc%2Fpro-oc-mutation-finder","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fpro-oc%2Fpro-oc-mutation-finder/lists"}