{"id":16819618,"url":"https://github.com/slowli/sequence-recognition","last_synced_at":"2025-03-17T14:48:53.163Z","repository":{"id":25092666,"uuid":"28513612","full_name":"slowli/sequence-recognition","owner":"slowli","description":"Java-based hidden sequence recognition framework","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2015-05-30T07:47:38.000Z","size":6168,"stargazers_count":0,"open_issues_count":0,"forks_count":0,"subscribers_count":3,"default_branch":"master","last_synced_at":"2025-01-31T01:46:30.060Z","etag":null,"topics":[],"latest_commit_sha":null,"homepage":null,"language":"Java","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":"apache-2.0","status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/slowli.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":"LICENSE","code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null}},"created_at":"2014-12-26T15:06:39.000Z","updated_at":"2015-02-26T10:45:56.000Z","dependencies_parsed_at":"2022-08-06T03:01:11.138Z","dependency_job_id":null,"html_url":"https://github.com/slowli/sequence-recognition","commit_stats":null,"previous_names":[],"tags_count":2,"template":false,"template_full_name":null,"repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/slowli%2Fsequence-recognition","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/slowli%2Fsequence-recognition/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/slowli%2Fsequence-recognition/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/slowli%2Fsequence-recognition/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/slowli","download_url":"https://codeload.github.com/slowli/sequence-recognition/tar.gz/refs/heads/master","host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":244055249,"owners_count":20390712,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2022-07-04T15:15:14.044Z","host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":[],"created_at":"2024-10-13T10:54:03.640Z","updated_at":"2025-03-17T14:48:53.126Z","avatar_url":"https://github.com/slowli.png","language":"Java","readme":"sequence-recognition\n====================\n\nБиблиотека sequence-recognition предназначена для работы с алгоритмами распознавания\nскрытых последовательностей в области биоинформатики (определение фрагментов \nгенов - экзонов и интронов; определение вторичной структуры белка). \nФормулировки задач распознавания и другие сведения можно получить из \nдокументации (директория **docs/**), а также на сайте проекта\n\n    http://softandware.org.ua/bio-recognition/\n\nСодержимое\n--------------------\n\nДистрибутив библиотеки включает в себя следующие директории и файлы:\n\n * **bin/** --- построенная версия библиотеки.\n * **docs/** --- документация к библиотеке.\n * **lib/** --- используемые зависимости (библиотека BioJava 1.8).\n * **bio.seq/** --- исходные файлы библиотеки.\n\nВ дистрибутив (директория **bin/**) включены следующие JAR-архивы:\n\n * **bio.seq-\u003cверсия\u003e-full.jar**  \n     Архив с библиотекой, дополнением для обработки данных и включенными \n     зависимостями (BioJava Legacy). Может использоваться самостоятельно.\n * **bio.seq-\u003cверсия\u003e.jar**  \n     Библиотека БЕЗ дополнения для обработки данных. Может использоваться \n     самостоятельно.\n * **bio.seq-\u003cверсия\u003e-javadoc.jar**  \n     Архив с документацией.\n\nЗависимости\n--------------------\n\nТребуется Java Runtime Environment версии не ниже 1.6; желательно иметь \n64-битную версию операционной системы и виртуальной машины Java и не менее \n4 Гб оперативной памяти. Для построения из исходников необходима библиотека \n[BioJava Legacy](http://biojava.org/) версии 1.8+.\n\nПостроение\n--------------------\n\nДля построения библиотеки из исходников можно использовать программу Apache Ant.\nКонфигурация режимов построения находится в файле **build.xml**. Результаты\nпостроения размещаются в папках **bin/** и **docs/**. \n\nОсновные режимы построения:\n\n * **compile** --- компилирует java-файлы библиотеки.\n * **test** --- выполняет модульные тесты.\n * **jar** --- создает jar-файлы библиотеки.\n * **javadoc** --- создает документацию к библиотеке.\n * **build-aux** --- создает вспомогательные файлы (напр., образец файла конфигурации).\n * **build-all** --- вызывает все перечисленные выше режимы построения.\n * **build-notest** --- вызывает все перечисленные выше режимы построения, \n   кроме тестирования.\n * **clean-all** --- очищает выходную папку построения.\n\nДля построения документации необходим набор инструментов Java Development Kit.\nДля тестирования нужна библиотека JUnit 4.x.\n\n","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fslowli%2Fsequence-recognition","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Fslowli%2Fsequence-recognition","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Fslowli%2Fsequence-recognition/lists"}