{"id":15132655,"url":"https://github.com/tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","last_synced_at":"2026-02-01T01:32:12.198Z","repository":{"id":257766045,"uuid":"857843903","full_name":"tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","owner":"tsar123","description":"analysis of data on neutral single nucleotide polymorphisms","archived":false,"fork":false,"pushed_at":"2024-09-18T10:17:04.000Z","size":2576,"stargazers_count":0,"open_issues_count":0,"forks_count":0,"subscribers_count":1,"default_branch":"main","last_synced_at":"2025-06-13T18:48:24.333Z","etag":null,"topics":["dna-polymorphism","matplotlib","numpy","pandas","seaborn","snv"],"latest_commit_sha":null,"homepage":"","language":"Jupyter Notebook","has_issues":true,"has_wiki":null,"has_pages":null,"mirror_url":null,"source_name":null,"license":null,"status":null,"scm":"git","pull_requests_enabled":true,"icon_url":"https://github.com/tsar123.png","metadata":{"files":{"readme":"README.md","changelog":null,"contributing":null,"funding":null,"license":null,"code_of_conduct":null,"threat_model":null,"audit":null,"citation":null,"codeowners":null,"security":null,"support":null,"governance":null,"roadmap":null,"authors":null,"dei":null,"publiccode":null,"codemeta":null}},"created_at":"2024-09-15T18:46:21.000Z","updated_at":"2024-09-18T10:17:55.000Z","dependencies_parsed_at":"2024-09-18T15:44:22.179Z","dependency_job_id":"a5a0965d-3367-4b85-b547-fedc9f8734c4","html_url":"https://github.com/tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","commit_stats":null,"previous_names":["tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis"],"tags_count":0,"template":false,"template_full_name":null,"purl":"pkg:github/tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","repository_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/tsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","tags_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/tsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/tags","releases_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/tsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/releases","manifests_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/tsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/manifests","owner_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners/tsar123","download_url":"https://codeload.github.com/tsar123/neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/tar.gz/refs/heads/main","sbom_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories/tsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/sbom","scorecard":null,"host":{"name":"GitHub","url":"https://github.com","kind":"github","repositories_count":286080680,"owners_count":28963913,"icon_url":"https://github.com/github.png","version":null,"created_at":"2022-05-30T11:31:42.601Z","updated_at":"2026-02-01T01:25:30.373Z","status":"ssl_error","status_checked_at":"2026-02-01T01:25:29.809Z","response_time":128,"last_error":"SSL_connect returned=1 errno=0 peeraddr=140.82.121.6:443 state=error: unexpected eof while reading","robots_txt_status":"success","robots_txt_updated_at":"2025-07-24T06:49:26.215Z","robots_txt_url":"https://github.com/robots.txt","online":false,"can_crawl_api":true,"host_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub","repositories_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repositories","repository_names_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/repository_names","owners_url":"https://repos.ecosyste.ms/api/v1/hosts/GitHub/owners"}},"keywords":["dna-polymorphism","matplotlib","numpy","pandas","seaborn","snv"],"created_at":"2024-09-26T04:22:08.203Z","updated_at":"2026-02-01T01:32:12.180Z","avatar_url":"https://github.com/tsar123.png","language":"Jupyter Notebook","funding_links":[],"categories":[],"sub_categories":[],"readme":"# neutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis\n\n# О наборе данных\n\n0. Rs_id (идентификатор SNP)\n- Уникальный номер, присвоенный конкретному варианту нуклеотидной последовательности в базе данных, например, dbSNP.\n\n1. ContigPositionStart_0_based (начальная позиция континга)\n- Позиция начала варианта в континге, где 0 означает, что первая нуклеотидная позиция имеет индекс 0.\n\n2. ContigPositionEnd_0_based (конечная позиция континга)\n- Позиция конца варианта в континге, также с нумерацией с нуля.\n\n3. GenomeBuild (версия сборки генома)\n- Указывает на конкретную версию геномной сборки, используемую для аннотации данных.\n\n4. mRNA_acc_version (доступный номер версии mRNA)\n- Уникальный идентификатор для транскрипта мРНК, который может включать информацию о версии.\n\n5. mRNA_start_position_0_based (начальная позиция мРНК)\n- Позиция начала мРНК, где начинается кодирующая последовательность.\n\n6. mRNA_end_position_0_based (конечная позиция мРНК)\n- Позиция конца мРНК, где заканчивается кодирующая последовательность.\n\n7. ReadingFrame_base_position_in_codon (позиция в кодоне в рамках рамки считывания)\n- Указывает на положение нуклеотида в кодоне (0, 1 или 2).\n\n8. MissenseAllele (аллель с изменением)\n- Аллель, содержащий мутацию, которая меняет одну аминокислоту на другую в белке.\n\n9. MissenseCodon (кодон, кодирующий изменённую аминокислоту)\n- Кодон, который после мутации кодирует аминокислоту, отличающуюся от исходной.\n\n10. ReferenceAllele (эталонный аллель)\n- Аллель, который считается стандартным для данной позиции в геноме; используется для сравнения с другими аллелями.\n\n11. ReferenceCodon (эталонный кодон)\n- Кодон, который соответствует эталонному аллелю и кодирует аминокислоту до мутации.\n\n12. AminoAcidPosition_0_based (позиция аминокислоты)\n- Позиция аминокислоты в белке, где 0 обозначает первую аминокислоту.\n\n# Предварительный анализ данных\nРезультаты:\n- ContigPositionStart_0_based\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/027e8852-b331-46ec-854c-53b393f1aba4)\n\n- ContigPositionEnd_0_based\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/e6d95259-599e-4572-b7c8-96016955bcc4)\n\n- mRNA_start_position_0_based\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/9aea01da-b857-4c69-81fb-a8d4dedf1954)\n\n- mRNA_end_position_0_based\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/e1aeeadc-ff18-4d38-be68-98673a6dbb5f)\n\n- ReadingFrame_base_position_in_codon\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/f772fc10-0e71-4dc1-b0f6-66a48f3c7bbb)\n\n- AminoAcidPosition_0_based\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/b8e9689b-c3d8-4c47-b6f1-a43defacf51b)\n\n\n\n# Корреляционный анализ данных\nСтолбчатая диаграмма корреляций:\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/799ab96f-edf0-42c7-82e9-98249ee90c98)\n\n\nТепловая карта корреляции:\n![image](https://github.com/user-attachments/assets/0088377c-5df3-4480-ac01-269b773cf2c2)\n","project_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Ftsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","html_url":"https://awesome.ecosyste.ms/projects/github.com%2Ftsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis","lists_url":"https://awesome.ecosyste.ms/api/v1/projects/github.com%2Ftsar123%2Fneutral-single-nucleotide-polymorphisms-analysis/lists"}