{"id":21401271,"url":"https://github.com/uibcdf/academia","last_synced_at":"2025-10-04T07:50:22.477Z","repository":{"id":45646251,"uuid":"154749093","full_name":"uibcdf/Academia","owner":"uibcdf","description":"Este repositorio debe ser el punto de partida y encuentro para cualquier investigador o estudiante que quiera comenzar a trabajar con/en la UIBCDF. 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En ningún caso se puede entender este \nrepositorio como una guía completa de cada uno de los temas que se presentan. **Este repositorio es solamente un punto de partida**.\n\nSi eres una persona ajena a la UIBCDF y estás aquí por algún otro motivo, eres bienvenido a hacer uso de esta documentación y contribuir en su desarrollo. Esperamos que, si lo necesitas, interactues en [el panel de problemas o questiones -*Issues Board*- del repositorio en GitHub][issues_board] sin ninguna reticencia.\n\nInicialmente el material se desarrollará en español para hacerlo más accesible dado el contexto de la UIBCDF y los potenciales usuarios. De esta manera facilitamos que cualquier estudiante, independientemente de sus conocimientos de inglés, se atreva a participar y contribuir de una manera activa.\n\nEl formato debe estar en la medida de lo posible basado en [ficheros Markdown][unidad:markdown] y [Jupyter notebooks][menu:jupyter]. Se requiere entonces, para la contribución al desarrollo de este repositorio, la instalación de ciertas herramientas en tu computadora, además de unos conocimientos mínimos para su uso:\n\n- Mínimo conocimiento del sistema operativo de tu computadora (preferentemente [Linux][menu:linux]).\n- Mínimo conocimiento de lo que es [Git y GitHub][menu:control_versiones].\n- Mínimo conocimiento de [Python][menu:python].\n- Instalación de un gestor de entornos de Python como [Conda][menu:conda].\n- Instalación de [Jupyter lab o Jupyter notebook][menu:jupyter].\n- Instalación de un mínimo de [librerías científicas de Python][menu:python].\n\nEs por esto que, para que UIBCDF-Academia sea autoconsistente, [el primer][menu:academia] y [segundo][menu:laboratorio_computacional] bloque de contenidos están dedicados al [uso de UIBCDF-Academia][menu:academia] y a [la introducción del laboratorio computacional de investigación y sus herramientas][menu:laboratorio_computacional] -algunas de las mismas son necesarias para sacarle todo el provecho posible a este repositorio-. Una vez cubierta la exposición de los elementos generales que debemos conocer para \ntrabajar, seguiremos con el material más específico de [introducción a los conceptos físicos, químicos y biológicos para el trabajo de investigación en biología computacional y el diseño\nracional de moléculas con potencial farmacológico][menu:principal]. Si perteneces a la UIBCDF o vas a colaborar con nosotros, como penúltimo bloque encontrarás la\ndescripción de [nuestro flujo de trabajo][menu:flujo_trabajo] guíado por criterios de la Ciencia Abierta -*OpenScience*-.\nEl último bloque es un [glosario de las librerías científicas de utilidad en nuestros proyectos][menu:glosario]. En este caso, la función de estos notebooks no es pedagógica, sino documental. Allí puedes encontrar las referencias útiles para su instalación y uso, así como el enlace correspondiente al foro -en forma de cuestión abierta en el [*Issues Board* del repositorio en GitHub][issues_board]- para preguntas y comentarios técnicos.\n\nFinalmente, es pertinente añadir que para hacer que el desarrollo de este material sea más flexible, su estructura no será indexada de manera numerada.\n\n## Instrucciones de uso\n\n[El primer bloque de contenido de UIBCDF-Academia][menu:academia] está dedicado a explicar [qué es UICDF-Academia][unidad:que_es], [cómo se usa][unidad:como_se_usa] y [cómo puedes contribuir a su desarrollo][unidad:como_contribuir]. Pero no es necesario que lleguemos allí para encontrar unas primeras pautas sobre como comenzar a usarlo. Brevemente, puedes hacer uso de este repositorio de tres maneras distintas descritas a continuación.\n\n### Únicamente quiero leer el contenido de UIBCDF-Academia\n\nSi únicamente quieres leer el contenido de las unidades de UIBCDF-Academia, no debes hacer nada más\nque navegar de manera guiada por los ficheros de este repositorio mediante [su web\nen GitHub][github_academia]. No necesitas conocimientos específicos sobre ningún aspecto técnico. Tu puerta de entrada a dichas\nunidades será el enlace que puedes encontrar en la sección [Tabla de\ncontenidos](#Tabla-de-contenidos) de este documento.\n\n### Quiero interactuar con las unidades de UIBCDF-Academia con la ayuda de Binder\n\nExisten unidades de UIBCDF-Academia en dos formatos: en formato [Markdown][unidad:markdown] -como es el caso de este\ndocumento- o en formato [Jupyter notebook][menu:jupyter] -un formato interactivo-. Si quieres ir más allá de\nsimplemente acceder a la visualización de las unidades para su lectura, puedes, sin necesidad de\ninstalar ni configurar nada, interaccionar con este repositorio mediante a un servidor remoto de [Jupyter lab][menu:jupyter] ofrecido por [Binder][binder]. Debes saber que cualquier cambio que realices allí, no tendrá ningún impacto sobre este repositorio principal. Así que esta puede ser la manera perfecta para comenzar a jugar con las unidades de UIBCDF-Academia. Échale un ojo a [la sección correspondiente de la unidad \"Cómo se usa UIBCDF-Academia\"][unidad:como_se_usa] o sigue al menos los tres siguientes pasos:\n\n- Abre [este enlace que nos lleva al servidor de *mybinder* de este repositorio][binder_academia] o hacer\n  click en la insignia [![Binder][binder_badge]][binder_academia]\nen la parte superior de este documento. Y deja\n  que se cargue.\n- Haz click con el botón derecho sobre el archivo \"README.md\" -barra\nde archivos a la izquierda de la pantalla- y selecciona en el menú desplegado \"Open With \u003e Markdown Preview\".\n- Verás la copia de este documento en tu recien estrenado servidor remoto de [Jupyter\n  lab][menu:jupyter] en [Binder][binder]. Continua por allí su lectura, esa versión será a partir de ahora tu página\nprincipal de UIBCDF-Academia.\n\n### Quiero trabajar con mi propia copia local de UIBCDF-Academia\n\nEres atrevida o atrevido y quieres comenzar configurando tu propio entorno en el que interaccionar\ncon tu copia local de UIBCDF-Academia. Enhorabuena por ese ímpetu. Te sugerimos entonces que saltes al\ncontenido apropiado para ti en la [sección extendida titulada \"Cómo se usa UIBCDF-Academia\"][unidad:como_se_usa] del [primer bloque del contenido\nde este repositorioi][menu:academia]. Allí encontrarás todo lo necesario para configurar tu entorno virtual, clonar\nUIBCDF-Academia e interaccionar con tu propia copia local.\n\n#### Además quiero contribuir a desarrollar UIBCDF-Academia\n\nEres bienvenida o bienvenido a contribuir al desarrollo de este repositorio. Puede que quieras\nhacer correcciones, implementar nuevo contenido, o simplemente contribuir con sugerencias. [Existe\nuna sección en el primer bloque del contenido de UIBCDF-Academia donde puedes encontrar las\nindicaciones para hacerlo][unidad:como_contribuir]. Por favor, te invitamos a tener una participación activa. Desde el\nprimer [\"Pull Request\"][unidad:como_contribuir] que realices, aparecerá tu nombre en [la lista de colaboradores a este\nproyecto][colaboradores].\n\n## Una recomendación final\n\nLa mejor actitud que debes tener para comenzar a ser un científico capaz de usar herramientas computacionales se resume perfectamente en la siguiente ilustración de [xkcd (Randall Munroe)][xkcd]:\n\n\u003cbr\u003e\n\u003ccenter\u003e\n\u003cimg src=\"https://imgs.xkcd.com/comics/tech_support_cheat_sheet.png\" width=\"500\"\u003e\n\u003c/center\u003e\n\u003cbr\u003e\n\nAl margen de la broma, perder el miedo, tener curiosidad y saber que gracias a internet es muy facil ser autodidacta, son los mejores consejos que te pueden dar. Te invitamos a jugar con los notebooks: ejecútalos, modifícalos, reprograma el código de sus celdas, añade más celdas para probar cosas nuevas. Comparte este material con quien tu quieras y siéntete en confianza para contribuir con dudas, problemas, sugerencias o soluciones en [el panel de este repositorio en GitHub][issues_board]. Una vez alcanzado un nivel básico, es momento de estudiar los detalles con dedicación y profesionalidad. Pero eso ya es tarea tuya.\n\n¡Ánimo!\n\n## Tabla de contenidos\n\nIndependientemente de [cómo vayas a usar UIBCDF-Academia][unidad:como_se_usa], puedes acceder desde ahora mismo a la primera\ntabla de contenidos de este repositorio. Recuerda, si lo estás haciendo desde [la web principal del\nrepositorio en GitHub][github_academia] únicamente podrás visualizar su contenido. Si lo estás haciendo desde [Binder][binder_academia] o desde [tu propia copia local][unidad:como_se_usa], podrás interaccionar con él.\n\n[Ir a la tabla de contenidos][menu:principal]\n\n# Agradecimientos\n\nGracias a todos aquellos que de alguna manera ayudan a que este material crezca y sea útil. En\nespecial a [aquellos que por su colaboración activa pueden ser considerados autores o colaboradores][colaboradores].\n\nGracias también a los autores de la documentación y tutoriales citados en este repositorio. Gracias a los colegas que desarrollan las librerías de código abierto y software libre que aquí se usan. Y gracias también a [xkcd (Randall Munroe)][xkcd] por hacer geniales ilustraciones sobre programación y ciencia, entre otras cosas, y permitir compartirlas libremente.\n\n# Licencia\n\n\u003cp xmlns:cc=\"http://creativecommons.org/ns#\" xmlns:dct=\"http://purl.org/dc/terms/\"\u003e\u003ca property=\"dct:title\" rel=\"cc:attributionURL\" href=\"https://github.com/uibcdf/Academia\"\u003eUIBCDF-Academia\u003c/a\u003e, cuya autoría corresonde a \u003ca rel=\"cc:attributionURL dct:creator\" property=\"cc:attributionName\" href=\"https://github.com/uibcdf/Academia/graphs/contributors\"\u003ea los desarrolladores del repositorio uibcdf/Academia en GitHub,\u003c/a\u003e está registrado bajo licencia \u003ca href=\"http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/?ref=chooser-v1\" target=\"_blank\" rel=\"license noopener noreferrer\" style=\"display:inline-block;\"\u003eCC BY-NC-SA 4.0\u003cimg style=\"height:22px!important;margin-left:3px;vertical-align:text-bottom;\" 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