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https://github.com/Hare80/orca-oniom-accelerator
解决orca5调用xtb进行QM/XTB计算的时候,重复计算浪费资源的问题。 通过控制xtb文件加速orca QM/XTB 计算。
https://github.com/Hare80/orca-oniom-accelerator
Last synced: 3 months ago
JSON representation
解决orca5调用xtb进行QM/XTB计算的时候,重复计算浪费资源的问题。 通过控制xtb文件加速orca QM/XTB 计算。
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/Hare80/orca-oniom-accelerator
- Owner: Hare80
- Created: 2021-12-28T16:25:49.000Z (almost 3 years ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2022-01-08T04:51:48.000Z (almost 3 years ago)
- Last Synced: 2024-06-29T13:33:07.793Z (5 months ago)
- Language: Shell
- Size: 5.86 KB
- Stars: 4
- Watchers: 2
- Forks: 1
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
Awesome Lists containing this project
README
# orca-oniom-accelerator
计算化学程序ORCA从5.0.0开始支持QM/XTB ONIOM计算,但是直到目前版本(5.0.2)为止,仍然有很多BUG,通过使用该脚本可以优化这个计算过程。
#### 部分代码参考ORCA论坛
@arrowyz https://orcaforum.kofo.mpg.de/viewtopic.php?f=8&t=6857&p=29519
# 功能
* 通过备份xtbrestart文件加速ORCA的ONIOM计算过程
* 给xtb联用提供更多参数
* 备份xtb输出文件,方便出错时查找问题
# 作者的话
在使用本脚本之前能给嘉然点个关注吗
### [嘉然今天吃什么](https://space.bilibili.com/672328094?from=search&seid=1096288322192370152)
![嘉然](https://i2.hdslb.com/bfs/face/d399d6f5cf7943a996ae96999ba3e6ae2a2988de.jpg@240w_240h_1c_1s.webp)# 警告
**[1]该程序可能会对原来文件进行修改,请注意备份**
**[2]本程序目前支持GFN2-xTB(即含有下列关键词),其他方法可能会有bug**
```
! QM/XTB%qmmm
AutoFF_QM2_Method XTB # XTB (default)
end
```**[3]计算中减少时间大约为两次全体系采用GFN2-xTB方法计算单点时间,对于小体系加速效果并不明显(甚至可能降低效率)**
**[4]最好不要用ORCA算 QM / XTB**# 安装方法
* 下载并解压源代码
* 用文本编辑器打开otool_xtb,将第10行```PATH_TO_XTB="/path/to/xtb"```中的/path/to/xtb 修改成xtb可执行程序路径
* 将otool_xtb文件复制到orca目录下面
* 给otool_xtb添加可执行权限```chmod +x otool_xtb ```# 如何给xtb调用时添加额外参数
* 在orca工作目录下新建xtb_parameter.txt文件,将需要增加的参数加入到文件当中,如
``` --iterations 1000 ```
* 更多参数写法请参考[xtb文档](https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/contents.html)