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https://github.com/chennes/med

Mirror of MED File source
https://github.com/chennes/med

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Mirror of MED File source

Awesome Lists containing this project

README 

          

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TABLE DES MATIERES

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1. 	Obtenir la derniere version



2.   	Installer la bibliotheque MED

2.1 	Plates-formes supportees

2.2 	Logiciels necessaires a l'installation

2.3	Lancement de l'installation sous UNIX



3.      Utilisation des tests et des makefiles associes



4.      Utilitaires



5.	Documentation



6.	Joindre les correspondants MED



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1. 	Obtenir la derniere version



La version la plus recente de la bibliotheque MED se trouve

sur le serveur  : https://www.salome-platform.org/downloads/current-version



2. 	Installer la bibliotheque MED 5



Pour compiler et installer la librairie MED ainsi que sa

batterie de programmes tests et ses utilitaires, 

verifiez tout d'abord que vous disposez 

d'un environnement adéquat puis appliquez les instructions suivantes.



2.1	Plates-formes supportees et testées



PCs LINUX 32/64

WINDOWS10



2.2	Logiciels necessaires a l'installation de MED 5



a. hdf5-1.12.z (http://www.hdfgroup.org/HDF5).

   a1. Variable d'environement HDF5HOME positionnée à l'emplacement d'HDF5

       ou utilisation de l'option --with-hdf5= à l'étape de configuration.

       Si aucune option n'est utilisée, MED cherche hdf dans /usr.



b. libz

   b1. Si vous compilez en dynamique la bibliothèque hdf5 doit pouvoir être trouvée soit

       dans le système (/usr/lib) soit par la variable LD_LIBRARY_PATH.



c. compilateur C, C++ et eventuellement F77 et/ou F90



d. eventuellement SWIG-4.1.1 si vous configurez med-fichier avec hdf5// ou with-med_int=long.



2.3	Lancement de l'installation sous UNIX



Dans le repertoire des sources :

./configure --prefix= 

make

make check 

make installcheck

make install ou make install-strip



Remarques :



- Une interface python est disponible depuis la version 3.0.7.

  Elle peut être desactivée par l'option --disable-python.

  Elle ne peut être activée en mode static --disable-shared.

  La bibliothèque medfichier embarque les interfaces .cc et .py générées par swig 

  pour les options med_int=int et med_int=long.

  L'outil swig n'est donc pas requis à moins de compiler med avec une version // d'hdf.

  Il faut alors regénérer les interfaces swig en précisant l'option --with-swig. 

  Une fois construite en version //, si vous utiliser la même arborescence pour construire une version 

  de medfichier avec une version séquentielle d'HDF il faut de nouveau activer l'option --with-swig pour

  regénérer les interfaces swig sans MPI (à l'identique des versions initialement embarquées).

  La version de swig utilisé par med-3.3 est actuellement 2.0.9.

  Si vous utilisez un compilateur tel que gcc-6.4 il faut utiliser une version 3 de swig.

  

- la bibliothèque MED utilise le C++ depuis sa version 2.3.2.



- Il est possible de compiler uniquement la bibliotheque MED en

  version statique ou dynamique en utilisant respectivement les options 

  du configure --disable-shared  ou --disable-static.



  Dans le cas d'une compilation statique, il est necessaire de préciser

  le(s) nom(s) et le(s) chemin(s) d'accès à la bibliothèque C++ pour l'édition des liens 

  des tests fortran (soit au moment du configure soit à la commande make ) :



  	ex : make FTLDFLAGS="-L/usr/lib/gcc-lib/i486-linux/3.3.5/" FTLIBS="-lstdc++"



  Pourquoi cette exception à la génération des tests fortran en mode statique ? :



  L'utilisation du linker C++ automatiserait l'apport de la bibliothèque C++

  dont le nom n'est pas standardisé. Malheureusement, certains conpilateurs fortran

  ne proposent pas une bibliothèque comme libfrtbegin.a du g77 (contenant le main)

  mais ajoutent le main à l'édition des liens par un fichier spécifique main.o.

  La conséquence est que les autotools ne peuvent détecter cette situation et à 

  l'édition des liens C++ aucun main n'est défini. A cause de ces spécificités,

  nous avons choisi de laisser une édition des liens via le fortran. 

  Lors d'une utilisation de bibliothèques dynamiques sur des plateformes qui 

  supportent les dépendances entre bibliothèques il n'est pas necessaire

  de définir le FTLDFLAGS car une dépendance à la bibliothèque C++ est inscrite

  dans la bibliothèque med.



- Pour compiler les tests en Fortran90 vous devez utiliser l'option 



  --with-f90=  ou 

  positionner la variable d'environement F90 et indiquer --with-f90  : 



  Configurez par la commande : ./configure --prefix= F77=pgf90 --with-f90=pgf90



  Il est necessaire d'utiliser le compilateur F90 également pour compiler l'interface fortran

  de la biliothèque (variable F77).



- Pour compiler la bibliotheque en mode debug utilisez : 



	./configure --prefix= CFLAGS=-g FFLAGS=-g [FCFLAGS=-g]



- Pour enlever les symboles de debugging dans le repertoire d'installation faire 



  make install-strip au lieu de make install



- Vous pouvez indiquez vos propres options de compilation : 

  ./configure MAKE= CC= CFLAGS= \

              F77= FFLAGS=  \

              FCFLAGS=  \

              CXX= CXXFLAGS= \

              --prefix=



- Pour spécifier où se trouve HDF5 sans utiliser la variable 

  d'environnement HDF5HOME utilisez : --with-hdf5= 



- Pour désactiver l'affichage de messages d'erreur sur la sortie erreur utilisez l'option

  --enable-msgerr=false ou --disable-msgerr.



  Si elle est bien utilisée, la bibliothèque ne devrait pas afficher d'erreur.



- MED se base sur la taille des entiers F77 pour définir la taille du med_int. Les

  options de compilation concernant la taille des entiers fortran sont testées à l'étape

  de configuration par l'execution d'un test. 

  Si la détection ne fonctionne pas, ou si vous utilisez un cross-compiler vous pouvez

  spécifier le type C du med_int par l'option --with-med_int=.

  La taille de l'entier Fortran doit correspondre au type "C".

  



3.      Utilisation des tests et des makefiles associes : 



- Sous Linux avec compilateur Fortran PGI et GNU C/C++.



	./configure F77="pgf90" --with-f90="pgf90" --with-med_int=int



 Dans cette configuration :



  - Le test de la taille du med_int échoue car des symboles définis dans des bibliothèques F77 PGI

    ne sont pas fournis à l'édition des liens du test. 

    Ce test possède un programe principal en C et une routine F77.

    Le problème est que si l'on ajoute le contenu de $(FTLIBS) à l'édition des liens, le test fontionne

    avec PGI mais plus sous G77/GCC pour cause d'une définition multiple du main ( par le test c et par la

    bilbiothèque libfrtbegin ).



- Sous Linux avec compilateur gfortran avec entiers fortran 64bits



	./configure --prefix=/local/med-3.0.0_64.bin --with-f90=gfortran F77=gfortran FFLAGS="-fdefault-integer-8" FCFLAGS="-fdefault-integer-8"



  Ne pas oublier de positionner FCFLAGS pour que les bonnes options soient utilisées pour le Fortran 90.



- En version Parallèle



A l'étape du configure MED repère si l'hdf utilisé à été configuré avec une version parallèle d'HDF5 (statique ou dynamique). 

Si une version parallèle d'HDF5 est utilisée, les compilateurs CC, CXX, F77 seront positionnés par défaut à mpicc (ou commande équivalente), mpiCC (ou commande équivalente) et mpif77 (ou commande équivalente).

Il est possible de surcharger ces variables.



- En version dynamique (exemple avec lam MPI) :



export LAMMPIF77=gfortran

../Dev_V3.0b_fayolle/configure --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin  FC=mpif77 --with-f90=mpif77 FTLIBS=-llammpi++ --prefix=/local/med-3.0.0.bin



Dans cette exemple les compilateurs CC, CXX, F77 seront positionnés par défaut à mpicc, mpiCC et mpif77.

Puisque l'on active les tests fortran 90, il est necessaire de positionner également FC à mpif77 si vous ne possédez pas de wrapper mpif90.

Le positionnement FTLIBS=--lampi++ est necessaire pour l'édition des liens des tests fortran qui seront fait en F77 ou FC (cf explication précédente sur la compilation statique).



Ex:

../Dev_V3.0b_fayolle/configure --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin FC=mpif77 FCFLAGS="-fdefault-integer-8" --with-f90=mpif77 FFLAGS="-fdefault-integer-8" FTLIBS="-llammpi++" --prefix=/local/med-3.0.0a2.bin



- En version statique (sans les tests f90) : 



export LAMMPIF77=gfortran

../Dev_V3.0b_fayolle/configure --prefix=/local/med-3.0.0.bin --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.4p1_par.bin/  --disable-shared FTLDFLAGS=-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.1.2/  FTLIBS="-lstdc++ -llammpi++"



- En version statique (autres commandes utiles) :



./configure --disable-shared --prefix=/local/med-3.0.0.bin --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.2_par.bin/ CC=mpicc LDFLAGS="-lm -lz" CXX=mpiCC \

FTLDFLAGS="-L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.1.2/ -L/usr/lib/lam/lib" FTLIBS="-lstdc++ -llammpio -llammpi++ -llamf77mpi -lmpi -llam -lutil -ldl"

pas de wrapper 	mpif90



- Dans des répertoires distincts 



L'exemple suivant permet d'installer les executables, bibilothèques, modules python, tests et documentation dans des répertoires spécifés par l'utilisateur :



../Dev_V3.0b_fayolle/configure --prefix=/tmp/MED1_unused_here --exec-prefix=/tmp/MED1_exec_prefix_for_python --with-f90  --with-hdf5=/local/hdf5-1.8.14.bin  --with-swig=/local/swig-2.0.9 --bindir=/tmp/MED1/bin --libdir=/tmp/MED1/lib --includedir=/tmp/MED1/include  --docdir=/tmp/MED1/doc --disable-static --enable-installtest



Notez l'option --enable-installtest qui demande explicitement d'installer les tests.



- Sous Solaris :



	/* Pour utiliser Workshop 6.0*/

	export LD_LIBRARY_PATH=/logiciels/public/zlib-1.1.4/lib:\

/home/med/hdf5-1.6.4.SUN4SOL2/lib:/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/lib

	export PATH=/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/bin/:$PATH

	export F90=f90



	./configure CC="cc" CFLAGS="-O" F77="f90 -silent" FFLAGS="-O2"  \

CXX="CC" --prefix=/tmp/med-3.0.0.sun --with-hdf5=/home/med/hdf5-1.6.4.SUN4SOL2/  \

--with-f90 --disable-shared  LDFLAGS="-L/logiciels/public/zlib-1.1.4/lib/" \

FTLDFLAGS="-L/logiciels/workshop-6.0/SUNWspro/WS6/lib/" \

FTLIBS="-lcx -lCrun -lCstd"

	

  Notez l'apparition du -silent qui permet au configure de detecter correctement

  la capacité de ce compilateur à générer une bibliothèque dynamique.

  Sans ce flag f77 écrit sur la stderr le nom de la routine en cours de compilation

  ce qui est détecté comme une erreur au configure.



- Sous OSF/1 :



	Par défaut le configure utilisé positionne la taille des entiers à 64bits,

	pour désactiver cette fonctionnalité utiliser --disable-int64. Prendre garde à 

	positionner les FFLAGS fortran de façon adéquate (-integer_size 64).



F77=f90 

FFLAGS="-fast -r8 -integer_size 64 -arch host -tune host"

CC=cc

CFLAGS="-g0 -verbose -std  -O4  -arch host -tune host -ansi_args -fp_reorder -readonly_strings -inline speed"

HDF5HOME=/home05/med/hdf5-1.6.4

F90=f90



./configure --prefix=/home05/med/med-3.0.0 --with-f90



- sous BULL Novascale 4040 Linux 64 :



./configure --prefix=/home02/salome/ERIC/med-3.0.0_64.bin --with-f90=ifort FFLAGS="-i8" FCFLAGS="-i8"



- Sous BlueGene Q



export ZLIB_PREFIX=/home/projets-bgq/systel/LIBRARY/zlib-1.2.7/arch/zumbrota

export HDF5_PREFIX=/home/projets-bgq/systel/LIBRARY/hdf5-1.8.8/arch/zumbrota

export PATH=$PATH:$HDF5_PREFIX/bin/tools/

export MED_SRC=$HOME/med-3.0.7



$MED_SRC/./configure --prefix=$MED_PREFIX --disable-shared --disable-python \

CC=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpicc \

F77=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpif77 \

FC=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpif90 \

CXX=/bgsys/drivers/ppcfloor/comm/xl/bin/mpic++ \

CXXFLAGS="-qlanglvl=redefmac" \

--with-hdf5=$HDF5_PREFIX --with-med-int=int \

LDFLAGS="-L$ZLIB_PREFIX/lib" FTLIBS="-L/bgsys/linux/RHEL6.3_V1R2M0-36/opt/ibmcmp/vacpp/bg/12.1/lib64/ -libmc++ -L/bgsys/linux/RHEL6.3_V1R2M0-36/usr/lib/gcc/ppc64-redhat-linux/4.4.4/lib64 " \

--build=ppc64 --host=powerpc



Remarque importante : Il peut être necessaire de modifier la variable prefer_static_libs à yes dans la fonction func_mode_link du fichier libtool généré au ./configure. 



- Sous BlueGene P 



MED_SRC=$HOME/med-3.0.5

MED_PREFIX=/gpfs/home/med/med-3.0.5.bin/arch/bgp

HDF5_PREFIX=/gpfs/home/saturne/opt/hdf5-1.8.6/arch/bgp

ZLIB_PREFIX=/gpfs/home/saturne/opt/zlib-1.2/arch/bgp



$MED_SRC/./configure --prefix=$MED_PREFIX --disable-shared CC=mpixlc F77=mpixlf77  FC=mpixlf90 CXX=mpixlcxx CXXFLAGS="-DMPICH_SKIP_MPICXX -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK" --with-hdf5=$HDF5_PREFIX --with-med-int=int --disable-shared LDFLAGS="-L$ZLIB_PREFIX/lib" FTLIBS="/opt/ibmcmp/vacpp/bg/9.0/bglib/libibmc++.a /bgsys/drivers/V1R4M2_200_2010-100508P/ppc/gnu-linux/powerpc-bgp-linux/lib/libstdc++.a" --build=ppc64 --host=ppc



4.	Utilitaires



Trois utilitaires sont compilés et installés dans /bin.

Ce sont :

- mdump* (xmdump*) : outil de dump d'un fichier MED qlq soit le format à partir DE V2.2.

- mdump4           : outil de dump d'un fichier MED à partir du format 4.1

                     (plus performant pour les champs avec deux nombreuses étapes de calcul).

- medimport        : traducteur de fichier à partir des versions V2.x vers la version courante.

- mdeconforme      : vérificateur de conformité de fichier avec la bibliothèque utilisée.



5.	Documentation



Toute la documentation est presente dans le répertoire d'installation

/share/doc/. Il s'agit d'une documentation au format HTML.



6. 	Joindre les correspondants MED



Par e-mail :

eric.fayolle@edf.fr