https://github.com/clemsciences/alignement_sequence
Code associé à un article dans Linux Magazine n°212 février 2018
https://github.com/clemsciences/alignement_sequence
alignement alignment comparative-genomics comparative-linguistics
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Code associé à un article dans Linux Magazine n°212 février 2018
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/clemsciences/alignement_sequence
- Owner: clemsciences
- License: mit
- Created: 2017-12-12T13:09:40.000Z (over 8 years ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2020-05-13T09:32:38.000Z (about 6 years ago)
- Last Synced: 2025-05-15T08:12:29.686Z (about 1 year ago)
- Topics: alignement, alignment, comparative-genomics, comparative-linguistics
- Language: Python
- Homepage: https://connect.ed-diamond.com/GNU-Linux-Magazine/GLMF-212/Programmation-dynamique-et-alignement-de-sequences
- Size: 14.6 KB
- Stars: 3
- Watchers: 1
- Forks: 1
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE
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README
# Alignement de séquences
**[English version here](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/tree/english)**
[alignement_deterministe.py](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/blob/master/alignement_deterministe.py)
- algorithme de Needleman-Wunsch : alignement global
- algorithme de Smith-Waterman : alignement local
- distance de Levenshtein : nombre d'opérations (ajout, suppression, modification) minimal pour passer d'une séquence à une autre
[blast.py](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/blob/master/blast.py) : heuristique pour trouver des alignements locaux dans de très longues chaînes
[main.py](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/blob/master/main.py) : exemples d'usages des algorithmes présentés
[recuperation_donnees.py](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/blob/master/recuperation_donnees.py) : récupérations de mots grâce à nltk
1. On installe nltk avec # apt-get install nltk
2. On télécharge le corpus Swadesh avec
```python
>>> import nltk
>>> nltk.download()
```
[utils.py](https://github.com/clemsciences/alignement_sequence/blob/master/utils.py) : quelques fonctions bien utiles mais inclassables