https://github.com/csbiology/bio-mbp-06-u-2

Notebooks for the practical course
https://github.com/csbiology/bio-mbp-06-u-2

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Notebooks for the practical course

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/csbiology/bio-mbp-06-u-2
• Owner: CSBiology
• License: mit
• Created: 2022-08-11T10:16:44.000Z (over 2 years ago)
• Default Branch: main
• Last Pushed: 2022-09-02T06:48:47.000Z (over 2 years ago)
• Last Synced: 2024-03-19T06:01:16.420Z (10 months ago)
• Language: Jupyter Notebook
• Size: 2.91 MB
• Stars: 2
• Watchers: 4
• Forks: 1
• Open Issues: 0
• Metadata Files:
  • Readme: README.md
  • License: LICENSE

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README

        
# Syllabus [BIO-MBP-06-U-2]

Kursziel ist es mit Hilfe von Simulationen am Computer das quantitative Verständnis von biologischen Systemen zu verstärken. Dabei werden Änderungsbeziehungen am Beispiel von Wachstum und Genexpression als fundamentale Grundlagen in der Biologie detailliert analysiert.

### Wachstumsmodel als Änderungsgleichung

   - Einführung in interaktive Notebooks 

   - Visualisierung

   - Simulationsmethoden (Euler, Runge–Kutta)

   - Praktische Notation und Simulation von Änderungsgleichungen (Differenzialgleichungen)

   - (Automatische) Parameterschätzung durch cleveres Ausprobieren (Fitting Methoden)

### Modellierung von Wachstum

  - Von Textbeschreibung zum mathematischen Model

  - Modelsimulation und Analyse

  - Parametermanipulation

  - Modelinterpretation

  - Parameterbestimmung und Nutzung von Wachstumsmodeln

### Genregulation als zentrales Dogma der Molekularbiologie

  - Genregulation (Positiver und negativer Feedback)

  - Einfaches Lac-Operon Model

  - Stochastische Simulation von Transkription und Translation

  - Analyse von mRNA und Proteinmengenverteilungen in Zellen

### Gleichgewichtszustände in der Genregulation

  - Komplexe Autoregulation (Hill Funktion)

  - Bifurcation 

  - Oscillation

## BIO-MBP-06-U-2

Das Repro enthält die Notebooks für das Praktikum