https://github.com/duartebred/fba-flux-balance-analysis

Repositório para apresentação de código e posterior análise, desenvolvido pelo grupo 1 para a UC Biologia de Sistemas, do Mestraddo em Bioinformática, ano lectivo 23-24.
https://github.com/duartebred/fba-flux-balance-analysis

cobrapy cplex fba flux-balance-analysis mewpy ray

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Repositório para apresentação de código e posterior análise, desenvolvido pelo grupo 1 para a UC Biologia de Sistemas, do Mestraddo em Bioinformática, ano lectivo 23-24.

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/duartebred/fba-flux-balance-analysis
• Owner: duartebred
• Created: 2024-02-28T18:49:37.000Z (10 months ago)
• Default Branch: main
• Last Pushed: 2024-04-05T18:29:40.000Z (9 months ago)
• Last Synced: 2024-11-05T11:11:07.583Z (about 2 months ago)
• Topics: cobrapy, cplex, fba, flux-balance-analysis, mewpy, ray
• Language: Jupyter Notebook
• Homepage: https://github.com/duartebred/fba-Flux-Balance-Analysis
• Size: 353 KB
• Stars: 0
• Watchers: 1
• Forks: 0
• Open Issues: 0
• Metadata Files:
  • Readme: README.md

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README

        
# Implementation of FBA problem

## Sobre o Projeto

Este repositório contém os materiais e resultados de FBA, focado na microalga eucariótica *Chlamydomonas reinhardtii*, um organismo modelo para o estudo de processos celulares como a fotossíntese, motilidade celular e fototaxia. O projeto visa explorar o metabolismo de *C. reinhardtii* sob diferentes condições ambientais e genéticas, com o objetivo de prever e otimizar a produção de compostos desejáveis, utilizando técnicas computacionais avançadas e dados de expressão gênica.

## Para executar os scripts e análises contidos neste repositório, são necessários os seguintes pacotes e softwares:

- Python com as bibliotecas COBRApy e MEWpy

- CPLEX (para o Exercício 2)

- Ray (para o Exercício 3)

## O que é o FBA (Flux Balance Analysis)?

Flux Balance Analysis (FBA) é uma técnica computacional utilizada para prever o fluxo de metabolitos através de uma rede metabólica. O modelo FBA baseia-se na premissa de que, num estado estacionário, a taxa de produção e consumo de cada metabolito na rede deve ser balanceada. Utilizando um modelo matemático da rede metabólica de um organismo, juntamente com certas restrições como as taxas de consumo ou produção de certos metabolitos, o modelo FBA pode prever os possíveis padrões de fluxo metabólico. Este método tem sido amplamente utilizado para entender o metabolismo celular, otimizar a produção de biocombustíveis e outros produtos bioquímicos, e desvendar potenciais alvos terapêuticos em pesquisa biomédica.

## Contribuições

- [Duarte Velho](https://github.com/duartebred) (pg53841)

- [Joana Lopes](https://github.com/joanalopes0711) (pg53498)

- [João Ferreira](https://github.com/B-Neil) (pg52182)

- [Ricardo Oliveira](https://github.com/ricardofoliveira61) (pg53501)