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https://github.com/gabrielfmcoelho/ira-hu-ufpi

Development of a ML model for Acute Renal Failure inference in patients admitted by the Cardiology department of HU-UFPI. Addressing acquisition, development, evaluation and deployment as Web App.
https://github.com/gabrielfmcoelho/ira-hu-ufpi

healthcare-application hospitalization machine-learning webapp

Last synced: 13 days ago
JSON representation

Development of a ML model for Acute Renal Failure inference in patients admitted by the Cardiology department of HU-UFPI. Addressing acquisition, development, evaluation and deployment as Web App.

Host: GitHub
URL: https://github.com/gabrielfmcoelho/ira-hu-ufpi
Owner: gabrielfmcoelho
Created: 2023-12-15T17:04:29.000Z (11 months ago)
Default Branch: master
Last Pushed: 2024-03-14T04:50:28.000Z (8 months ago)
Last Synced: 2024-03-14T05:28:49.705Z (8 months ago)
Topics: healthcare-application, hospitalization, machine-learning, webapp
Language: Jupyter Notebook
Homepage:
Size: 32.4 MB
Stars: 0
Watchers: 2
Forks: 0
Open Issues: 0
Metadata Files:
- Readme: README.md

Awesome Lists containing this project

README

        ![Banner Insuficiência Renal Aguda HU UFPI](images/banner.png)  

- [PT-BR](#pt-br-insuficiência-real-aguda-ira-em-pacientes-internados-pelo-setor-de-cardiologia-do-hu-ufpi)

- [EN](#en-acute-real-insufficiency-arf-in-patients-admitted-to-the-cardiology-department-of-hu-ufpi)

# PT-BR: Insuficiência Real Aguda (IRA) em pacientes internados pelo setor de Cardiologia do HU-UFPI

## Descrição do Projeto

Este projeto tem como objetivo o desenvolvimento de um modelo de Aprendizado de Máquina Supervisionado para inferência de Insuficiência Renal Aguda (IRA) de pacientes internados no Hospital Universitário da Universidade Federal do Piauí (HU-UFPI) no setor de cardiologia entre os anos de 2018 e 2022. Abordando aquisição, tratamento, análise, desenvolvimento, avaliação e implementação como WebApp.

## Versionamento

| Objeto | Versão | Data de Atualização |

|--------|--------|---------------------|

| Notebook | 2.5 | 27/02/2024 |

| WebApp | 1.5 | 27/02/2024 |

## Estrutura do Projeto

IRA-Analysis-HU-UFPI/  

|-- notebooks/  

|   |-- ira_analysis.ipynb  

|-- data/  

|   |-- raw/  

|   |   |-- creatinina_pacientes.csv  

|   |   |-- controle_pacientes.csv  

|   |-- processed/  

|   |   |-- ______.csv  

|   |-- final/  

|   |   |-- ______.csv  

|-- models/  

|   |-- modelo-1.pkl  

|-- reports/  

|   |-- _________.pdf  

|   |-- ...  

|-- src/  

|   |-- utils.py  

|-- app/  

|   |-- webapp.py  

|-- requirements.txt  

|-- Makefile

|-- README.md  

- **notebooks:** Contém o Jupyter Notebook principal para a análise dos dados e desenvolvimento dos modelos.

  

- **data:**

  - **raw:** Armazena os dados brutos extraídos do banco AGHU.

  - **processed:** Local para salvar dados processados durante a análise.

  - **final:** Destinado aos dados finais após a conclusão da análise.

- **models:** Contém os modelos de machine learning treinados, salvos em formato pickle (`.pkl`).

- **reports:** Armazena os relatórios e documentos gerados durante a análise, como o relatório final em PDF.

- **src:** Código-fonte e utilitários para a análise, como o arquivo `utils.py`.

- **app:** Possui arquivos relacionados a aplicação web para uso de validação do modelo, com o arquivo `webapp.py`.

- **requirements.txt:** Lista as dependências do projeto para replicação.

- **README.md:** Documentação principal do projeto, incluindo informações sobre a estrutura, configuração e execução do código.

## Preparação do Ambiente Virtual

Para a replicação do projeto, é necessário a criação de um ambiente virtual com as dependências necessárias.

- **dependencias basicas:**  

  - python >= 3.11

  - pip 20.0.2

  - git 2.25.1

Após assegurar que as dependências básicas estão instaladas, acesse o terminal e navegue até a pasta raiz do projeto. Em seguida, execute os seguintes comandos:

```bash

make prepare-env

```

## Execução do Web App

Para executar o web app, basta executar o seguinte comando no terminal dentro da pasta raiz do projeto:

```bash

make iniciar-webapp

```

O Web App estará disponível no endereço `http://localhost:8080/`.

## Autores

| Nome              | Lattes                   | Email                      |

|-------------------|--------------------------|----------------------------|

| Gabriel Feitosa Melo Coelho | [Link](http://lattes.cnpq.br/4697851599945993) | [email protected] |

| Francisco Luciani de Miranda Vieira | [Link](http://lattes.cnpq.br/4627829411266800) | [email protected] |

## Consentimento de Uso de Dados

Esta projeto foi desenvolvido como parte do projeto __________, encabeçada pela residente _______, sob orientação do prof. Dr. ______. Os dados utilizados são de propriedade do Hospital Universitário da UFPI e foram cedidos para o desenvolvimento desta análise.

# EN: Acute Real Insufficiency (ARF) in patients admitted to the Cardiology department of HU-UFPI