https://github.com/gaohaoyang/statistical-tools-for-vmd

VMD statistical tools
https://github.com/gaohaoyang/statistical-tools-for-vmd

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VMD statistical tools

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/gaohaoyang/statistical-tools-for-vmd
• Owner: Gaohaoyang
• Created: 2015-03-09T11:47:39.000Z (over 9 years ago)
• Default Branch: master
• Last Pushed: 2015-03-22T13:40:24.000Z (over 9 years ago)
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• Language: HTML
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README

        
# VMD统计工具

## 什么是VMD？

> * Visual Molecular Dynamics(VMD) is a molecular modelling and visualization computer program. 来自[维基百科](http://en.wikipedia.org/wiki/Visual_Molecular_Dynamics)。

> * VMD的官方网站：[http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/](http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/)

这里我们对VMD不深入讨论。只讲本工具处理数据的过程。

## 统计怎样的数据？

* 我们所统计的数据结构如下：  

	可以看到从**第10行**开始，数据结构非常规整。  

	文件名： Helix_X_dssp.txt  

	```txt

	# VMD Timeline data file

	# CREATOR= HAN

	# MOL_NAME= {I:\Gromacs\2OBD\2OBD_CRYSTAL_01\md2.pdb}

	# DATA_TITLE= struct

	# FILE_VERSION= 1.4

	# NUM_FRAMES= 10002 

	# NUM_ITEMS= 12

	# FREE_SELECTION= 0

	#

	465 X emptyval 0 H

	466 X emptyval 0 H

	467 X emptyval 0 H

	468 X emptyval 0 H

	469 X emptyval 0 H

	470 X emptyval 0 H

	471 X emptyval 0 H

	472 X emptyval 0 H

	473 X emptyval 0 H

	474 X emptyval 0 C

	475 X emptyval 0 C

	476 X emptyval 0 C

	...

	...

	...

	```

* **本工具可以统计出两个结果：**  

1. txt 文件的总行数。  

2. **第一列的数字和最后一列的字母组合出现的行数**。（*这正是你所想要的结果！*）  

	例如：`466和H组合出现行数：7633`  

> 注：本工具是离线应用，下载后不用联网即可使用。  

## 使用方法 

### 下载  

当前版本1.2.0  

* 可以直接在github上下载所有源文件使用，通过`git clone [email protected]:Gaohaoyang/statistical-tools-for-VMD.git`方式  

* 或直接[点击这里](https://github.com/Gaohaoyang/statistical-tools-for-VMD/archive/v1.2.0.zip)进行下载  

### 使用  

#### 目录结构

```

.

├── css

├── fonts

|   ├── bootstrap.min.css

|	├── fileinput.min.css

|   └── index.css

├── js

|   ├── jquery-1.11.1.min.js

|   ├── fileinput.min.js

|	├── bootstrap.min.js

|   └── index.js

├── pics

|

├── files

|   ├── a.txt

|   └── Helix_X_dssp.txt

└── index.html

```   

#### 使用方法  

1. 将待统计的txt数据文件放到`files`目录下，如: `a.txt`  

2. 打开`index.html`  

> **注意**：只能用**`FireFox`, `IE9+`**打开，不支持**`Chrome`, `Opera`**

> > 这是因为浏览器的安全性导致不能访问本地文件  

>

> 使用IE可能会提示已限制此网页运行脚本或ActiveX控件，请点击允许阻止的内容，即可  

> ![allow](http://7q5cdt.com1.z0.glb.clouddn.com/statistical-tool-for-VMDallow.png)  

3. 在左侧相关信息中，文件选择（**只能选择`files`目录下的`txt`文件**，这是因为浏览器的安全性导致的），输入数字（如：465），输入字母（**注意大小写**，如：H）  

4. 点击开始统计，即可在右侧看到结果，如果结果有误或软件bug请速速与我联系！  

![UI](http://7q5cdt.com1.z0.glb.clouddn.com/statistical-tool-for-VMDUI.jpg)

## 核心算法  

简单的说就是： 

1. 先使用`Ajax`将文件读取进来，由于是读取客户端文件，所以有很多限制，比如`Chrome`不支持等。   

2. 将`txt`文件以换行符和回车符分割为数组   

3. 在数组的每个元素中查看索引以0开始的位置是否是用户输入的数字，同时再查看索引为`length-1`的位置是否为用户输入的字母   

4. 若3中两个条件均满足，则计数器+1   

## 联系我

> * Email: [email protected]

> * [Weibo](http://weibo.com/3115521wh)

> * [知乎](http://www.zhihu.com/people/gao-hao-yang-7)