Ecosyste.ms: Awesome
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https://github.com/hdescobarh/journey-resolution
Almaceno soluciones a algunas asignaciones de mi ultimo semestre 🥳 2024-01 🎉✨✨✨
https://github.com/hdescobarh/journey-resolution
Last synced: 27 days ago
JSON representation
Almaceno soluciones a algunas asignaciones de mi ultimo semestre 🥳 2024-01 🎉✨✨✨
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/hdescobarh/journey-resolution
- Owner: hdescobarh
- License: mit
- Created: 2024-02-24T17:10:50.000Z (11 months ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2024-10-05T18:09:25.000Z (3 months ago)
- Last Synced: 2024-10-20T15:46:08.243Z (3 months ago)
- Language: Jupyter Notebook
- Size: 8.01 MB
- Stars: 0
- Watchers: 1
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE
Awesome Lists containing this project
README
# Monorepo BiologÃa semestre 10
Almaceno soluciones a algunas asignaciones de mi ultimo semestre 🥳 2024-01 🎉✨✨✨
## Enviromenment configuration
### Python
- Creación del entorno virtual a partir de requirements.txt
```bash
python3 -m venv .venv
source .venv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip
python -m pip install -r requirements.txt
```
### R
- Es posible que toque instalar algunos paquetes necesarios para compilar código. Para debian based:
```bash
sudo apt-get install build-essential libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev
```
- Este paquete es necesario para usar las funcionalidades para R de VS Code
```R
update.packages(ask=FALSE) # puede requerir sudo para actualizar algunos paquetes
install.packages("languageserver", dependencies=TRUE)
```
- Kernel de R para Jupyter. Recordar tener instalado Jupyter en el entorno de Python
```R
install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()
```
### Perl
- Configurando cpan (para instalar en el home sà no se tiene privilegios)
Sà es la primera vez que se corre, entra en modo configuración
```Bash
cpan
```
También se puede invocar desde la prompt the cpan:
```cpan
cpan[1]> o conf init
```
- Instalar cpanm
```bash
sudo cpan App::cpanminus
```
- Instalando servidor de lenguaje (para usar richterger.perl)
Dependencias en Debian based
```bash
sudo apt install libanyevent-perl libclass-refresh-perl libcompiler-lexer-perl libdata-dump-perl libio-aio-perl libjson-perl libmoose-perl libpadwalker-perl libscalar-list-utils-perlx libcoro-perl
```
```bash
sudo cpanm Perl::LanguageServer
```
- En caso de tener problemas con Perl::ServerLanguage, una opción es usar bscan.perlnavigator
Para algunas funcionalidades requiere Perl::Critic
```
sudo cpanm Perl::Critic
```
## Como usar Jupyter para Python y R
- Activar el entorno virtual sà no esta activo
- Iniciar servidor
```bash
jupyter notebook
```
En caso de querer revisar los servidores activos y sus token:
```bash
jupyter server list
```
- Seleccionar Kernel
Se puede trabajar con el notebook desde VSCode. Para seleccionar el kernel, es necesario indicar que se conecte a un servidor de Jupyter, colocar URL y password (Token), y seleccionar entre los kernel disponibles.
- __Opción sin servidor__ (solo Python): la extensión de Jupyter también permite seleccionar como "kernel" un entorno virtual de Python. Pero para trabajar con R o MATLAB se debe hacer creando un servidor.
## Estructura de archivos
Las primeras 2 o 3 letras de las carpetas indican la asignatura asociada.
- GRC: Genética de Rasgos Complejos (2029263), 2024-01, Johana Carolina Soto Sedano
- PAB: Programación y algoritmos para Bioinformática (2025439), 2024-01, Clara Isabel Bermudez Santana
- FV: FisiologÃa vegetal (2017538), 2024-01, Hernán Mauricio Romero
- FEC: Fundamentos de ecologÃa de comunidades (2026821), Jose Ernesto Mancera Pineda
## Conexión a través de un proxy
[SSH to remote hosts through a proxy or bastion with ProxyJump](https://www.redhat.com/sysadmin/ssh-proxy-bastion-proxyjump)
- Con ProxyJump
```bash
ssh -J @
```
- Con ProxyCommand
```bash
ssh -o ProxyCommand="ssh -W %h:%p @"
```
- Configurando OpenSSH
```
### Jump server
Host
HostName
User
IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
### Remote host
Host
HostName c
ProxyJump
```