https://github.com/hlf20010508/kge_nfm

基于知识图谱和推荐系统的药物靶标相互作用预测框架
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基于知识图谱和推荐系统的药物靶标相互作用预测框架

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/hlf20010508/kge_nfm
• Owner: hlf20010508
• License: mit
• Created: 2022-06-15T06:23:10.000Z (over 2 years ago)
• Default Branch: master
• Last Pushed: 2022-11-26T06:48:06.000Z (almost 2 years ago)
• Last Synced: 2023-03-04T23:24:18.292Z (over 1 year ago)
• Language: Python
• Homepage:
• Size: 157 MB
• Stars: 7
• Watchers: 1
• Forks: 2
• Open Issues: 0
• Metadata Files:
  • Readme: README.md
  • License: LICENSE

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README

        
本代码使用yamanishi_08数据集，其他数据集请自行处理

进入data文件夹运行对应数据集的.py文件来下载数据集

进入eg_model文件夹运行eg_model.py来下载kge模型




运行环境

kge_nfm.py kge_rf.py:

python 3.7

Tensorflow 1.15.0

cuda 10.0




deepdti.py:

Pytorch 1.11.0

cuda 11.3




可以使用pyenv管理python版本，使用pipenv创建虚拟环境




创建虚拟环境

在当前项目根目录下运行命令

```

pipenv --python 3.7

```

安装requirements.txt中的依赖

```

pipenv run pip install -r requirements.txt

```

安装rdkit拓展

```

pipenv run pip install git+https://github.com/bp-kelley/descriptastorus

```




使用train_all.py一键运行

```

pipenv run python train_all.py

```




程序运行日志保存在logs文件夹

输出结果保存在output文件夹，包含曲线上的点、auc以及模型