https://github.com/jerkwin/gmxtools
tools for GROMACS
https://github.com/jerkwin/gmxtools
gromacs md simulaton
Last synced: about 1 year ago
JSON representation
tools for GROMACS
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/jerkwin/gmxtools
- Owner: Jerkwin
- Created: 2019-08-25T16:24:58.000Z (almost 7 years ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2025-03-26T07:35:38.000Z (about 1 year ago)
- Last Synced: 2025-04-05T13:04:00.096Z (about 1 year ago)
- Topics: gromacs, md, simulaton
- Language: HTML
- Homepage: https://jerkwin.github.io/gmxtools/
- Size: 50.5 MB
- Stars: 107
- Watchers: 2
- Forks: 52
- Open Issues: 3
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
Awesome Lists containing this project
README
gmxtools
scripts/programs/utilities/tools for GROMACS
Introduction
This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well.
If you use one/some of the tools for your publication(s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI 10.5281/zenodo.6408973
Tools
名称
NAME说明
INSTRUCTION 代码
CODE 示例
EXAMPLE
calc
在线计算兼单位换算器
calc
gnuECharts
wvmd
自动调整VMD窗口的位置和大小
wvmd.zip
graphene
石墨烯：建模, 几何性质及力场模拟
石墨烯在线创建工具
创建周期性体系的拓扑文件：以石墨烯为例
氧化石墨烯的结构与建模
石墨烯平面的卷曲与扭曲
pipistack
Pi-Pi堆积距离和堆积角度的计算
pipistack.tcl
pipistack_linalg.tcl
ph2.zip
xpm2all
xpm文件处理脚本
xpm2all: xpm文件转换工具
dssp2gp
使用xpm2all脚本计算蛋白二级结构演化及含量
xpm2all更新：二级结构绘制, 颜色方案
dssp数据绘图脚本dssp2gp
gmx_mmpbsa
gmx_mmpbsa使用说明
gmx_mmpbsa脚本更新：屏蔽效应与熵贡献
gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出
gmx_mmpbsa更新：修正原子半径bug, 改用AMBRR PB4, 丙氨酸扫描CAS
gmx_ir
使用GROMACS计算红外光谱
trr轨迹转换程序trr2all
trr2all
使用GROMACS计算红外光谱
trr轨迹转换程序trr2all
gmx_hbdat
GROMACS氢键分析工具hbond的使用及扩展
使用gnuplot绘制氢键数据的平行轴图
remd_tgenerator
副本交换动力学T-REMD模拟的温度分布计算器
remd_tgenerator
xff
力场拟合工具xff开发杂记
xff
c6h6.fchk
sf6.FChk
cagen
水溶液体系成笼分析程序cagen
fitmol
README
FitMol.f90
ch4.xyz
ch4_ch3oh.xyz
matchmol
分子结构匹配程序matchmol
Questions?
If you have any quesiotns about these tools, please let me know.