Ecosyste.ms: Awesome
An open API service indexing awesome lists of open source software.
https://github.com/koldim2001/vector_ecg
Получение ВЭКГ на основе ЭКГ (CLI интерфейс приложения)
https://github.com/koldim2001/vector_ecg
3d-graph cli click dwt ecg-analyzer ecg-signal feature-extraction filtering point-cloud signal-processing vecg vector-ecg
Last synced: about 1 month ago
JSON representation
Получение ВЭКГ на основе ЭКГ (CLI интерфейс приложения)
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/koldim2001/vector_ecg
- Owner: Koldim2001
- Created: 2023-07-28T17:28:18.000Z (over 1 year ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2023-09-26T06:01:43.000Z (about 1 year ago)
- Last Synced: 2024-01-27T20:03:02.775Z (11 months ago)
- Topics: 3d-graph, cli, click, dwt, ecg-analyzer, ecg-signal, feature-extraction, filtering, point-cloud, signal-processing, vecg, vector-ecg
- Language: Python
- Homepage:
- Size: 60.9 MB
- Stars: 1
- Watchers: 1
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
Awesome Lists containing this project
README
# Проект по векторной электрокардиографии
Векторная электрокардиография (вЭКГ) - это метод, позволяющий измерять и представлять электрический вектор сердца во время сердечного цикла. Этот вектор представляет собой направление дипольного момента сердца, что дает информацию о сокращении сердечной мышцы. Врачи используют ВЭКГ для анализа движения вектора в трех основных плоскостях и его 3D отображения для диагностики и мониторинга состояния сердца. Такая информация может быть полезной для обнаружения аномалий, нарушений проводимости и оценки эффективности лечения. Векторная электрокардиография является важным инструментом в кардиологии и помогает улучшить диагностику и лечение сердечно-сосудистых заболеваний.
В данном проекте представлена программа, позволяющая производить построение вЭКГ в трех плоскостях, а также дающая возможность интерактивно взаимодействовать с 3D отображением. Для более гибкой настройки имеется возможность включать/выключать фильтрацию артефактов дыхания, менять частоту дискретизации исходного сигнала, выбирать интересующие периоды кардиоцикла и находить основные точки PQRST на сигналах всех отведений. Так же добавлена возможность производить сохранение полученных проекций вЭКГ на главные плоскости в виде масштабированных grayscale изображений для создания датасета для дальнейших исследований и ML разработок. Данная программа позволяет проводить вычисление площадей проекций петель QRS и ST-T, а также вычислять пространственный и фронтальный угол QRS-T.
Подробный pdf отчет доступен по ссылке - [__ОТЧЕТ__](https://github.com/Koldim2001/vector_ECG/blob/main/utils/Отчет%20по%20проекту%20get_VECG.pdf)
Видео туториал доступен по ссылке - [__get_VECG туториал__](https://youtu.be/t_-8pExz1gs)
Презентация новых возможностей проекта - [__get_VECG_2.0__](https://youtu.be/8WBRQ-31ZdI)
## Installation:
```
git clone https://github.com/Koldim2001/vector_ECG.git
```
```
cd vector_ECG
```
```
pip install -e .
```
## Как запускать код:
__Классический подход c предустановленными параметрами:__
```
get_VECG --data_edf="Data_VECG\ECG_1.edf"
```
__Более тонкая настройка параметров:__
Задание диапазона периодов ЭКГ для обработки:
```
get_VECG --data_edf="Data_VECG\ECG_1.edf" --n_term_start=2 --n_term_finish=6 --filt=True --f_sreza=0.5 --f_sampling=2000 --show_detected_pqrst=True --show_ecg=True --plot_3d=True --mean_filter=True
```
Задание одного периода ЭКГ для обработки и сохранения результатов ВЭКГ в виде png файлов масштабированных проекций:
```
get_VECG --data_edf="Data_VECG\ECG_1.edf" --n_term_start=3 --filt=True --f_sreza=0.5 --f_sampling=2500 --show_detected_pqrst=False --show_ecg=False --plot_3d=False --qrs_loop_area=False --t_loop_area=False --show_log_loop_area=False --count_qrst_angle=False --show_log_qrst_angle=False --save_images=True --show_log_scaling=True --mean_filter=False --predict=False
```
Задание одного периода ЭКГ для обработки c выводом всех логов и найденных углов с площадями:
```
get_VECG --data_edf="Data_VECG\ECG_1.edf" --n_term_start=3 --filt=True --f_sreza=0.5 --f_sampling=2500 --show_detected_pqrst=True --show_ecg=True --plot_3d=True --qrs_loop_area=True --t_loop_area=True --show_log_loop_area=True --save_images=False --show_log_scaling=True --count_qrst_angle=True --show_log_qrst_angle=True --mean_filter=False --predict=True
```
Список параметров с пояснениями, которые можно передать на вход программы перед ее запуском в cli:
```bash
--data_edf TEXT Путь к файлу ЭКГ формата .edf
--n_term_start INTEGER Номер интересующего для анализа периода кардиоцикла. Если необходимо
построить результат за диапазон периодов, то данный параметр задает
стартовое значение номера периода для записи в ЭКГ
--n_term_finish INTEGER Параметр задается исключительно при необходимости построить диапазон
периодов. Значение является номером периода, до которого будет
вестись запись в ЭКГ (включительно)
--filt BOOL Включение/выключение цифровой фильтрации исходных сигналов с помощью
фильтра Баттерворта 1 порядка (ФВЧ). По умолчанию фильтрация отключена
--f_sreza FLOAT Задание частоты среза ФВЧ фильтра. Используется исключительно при
выборе режима --filt=True. По умолчанию = 0.7 Гц
--f_sampling FLOAT Задание частоты дискретизации. Будет проведено ресемплирование исходного
сигнала с использованием линейной интерполяции. По умолчанию Fs=1500 Гц
--show_detected_pqrst BOOL Включение/выключение режима для построения ключевых точек PQRST для
сигнала ЭКГ, полученных с помощью дискретных вейвлет преобразований.
По умолчанию режим отключен
--show_ecg BOOL Включение/выключение режима для построения графиков всех отведений и
обнаруженных QRS пиков, относительно которых ведется подсчет номеров
n_term_start и n_term_finish. По умолчанию режим отключен
--plot_3d BOOL Включение/выключение режима для интерактивного отображения 3D графика
в ЭКГ. По умолчанию режим включен
--qrs_loop_area BOOL Включение/выключение режима для расчета площади QRS петли по
всем проекциям. Работает при отображении лишь одного периода ЭКГ.
По умолчанию режим включен
--t_loop_area BOOL Включение/выключение режима для расчета площади ST-T петли по всем
проекциям. Работает при отображении лишь одного периода ЭКГ.
(PS: Рассчет является менее точным, чем QRS петли из-за
множественных самопересечений) По умолчанию режим отключен
--show_log_loop_area BOOL Включение/выключение режима для отображения отдельных петель.
Доступен при включенной опции расчета площади какой-либо петли
QRS_loop_area или T_loop_area. По умолчанию режим отключен
--count_qrst_angle BOOL Включение/выключение режима для вычисления пространственного угла
QRST, а также проекции угла на фронтальную плоскость. Работает при
отображении лишь одного периода ЭКГ. По умолчанию режим включен
--show_log_qrst_angle BOOL Включение/выключение режима для трехмерного отображения угла QRST на
ВЭКГ. Работает при count_qrst_angle=True. По умолчанию режим отключен
--save_images BOOL Включение/выключение режима для сохранения графиков в ЭКГ трех плоскостей
в качестве png изображений. Сохранение производится в папку saved_vECG,
создающуюся в корне репозитория. Работает при отображении лишь одного
периода ЭКГ. По умолчанию режим отключен
--show_log_scaling BOOL Включение/выключение режима для демонстрации логов масштабирования
ВЭКГ для сохранения их как изображений с исходными пропорциями. Работает
при отображении лишь одного периода ЭКГ. По умолчанию режим отключен
--cancel_showing BOOL Включение/выключение режима для вывода любых графиков. Позволяет
выключить отображение графических результатов для возможности
использовать get_VECG в цикле по файлам ЭКГ. По умолчанию режим
отключен (то есть отображение графиков включено)
--mean_filter BOOL Включение/выключение фильтра среднего для ST-T петли
чтобы сгладить По умолчанию режим включен.
--predict BOOL Включение/выключение СППР на основе PointNet и ResNet
--help Покажет существующие варианты парсинга аргументов в CLI
```