Ecosyste.ms: Awesome

An open API service indexing awesome lists of open source software.

Awesome Lists | Featured Topics | Projects

https://github.com/ledsouza/hoffman_templates

Create masks to use as templates in Hoffman Phantom analysis
https://github.com/ledsouza/hoffman_templates

computer-vision cv2 image-processing plotly skimage vitrinedev

Last synced: about 1 month ago
JSON representation

Create masks to use as templates in Hoffman Phantom analysis

Awesome Lists containing this project

README 

        
# Hoffman Templates



Esse projeto tem como objetivo criar máscaras que serão utilizadas como template para a análise de contraste das substâncias cinzenta e branca no simulador Hoffman 3D.



| :books: Vitrine.Dev |     |

| -------------  | --- |

| :sparkles: Nome        | **Hoffman Templates**

| :label: Tecnologias | python, cv2, skimage, pydicom, plotly



![](https://vitrinedev.s3.amazonaws.com/ROI_Template.png#vitrinedev)



## Detalhes do projeto



Para o desenvolvimento das máscaras, foi utilizado os templates presentes no estudo [Ikari et al.](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5052249/). Cada um dos slices foram recortados e processados para criar máscaras tanto da substância cinzenta quanto branca. Para garantir as dimensões corretas das máscaras, aplicou-se um algoritmo de registro de imagens, o qual utilizou o DRO do Hoffman 3D como referência, fornecido pela fabricante Data Spectrum Corporation. Após isso, identificou-se o intervalo de valores referente a região tanto da substância cinzenta quanto substância branca. Quaisquer valores fora desse intervalo foram zerados, sendo garantida a região de interesse a partir de métodos de erosão e dilatação.