https://github.com/luizirber/2019-12-13-pyjamas
Apresentação para o Pyjamas 2019
https://github.com/luizirber/2019-12-13-pyjamas
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Apresentação para o Pyjamas 2019
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/luizirber/2019-12-13-pyjamas
- Owner: luizirber
- Created: 2019-12-13T20:26:16.000Z (almost 6 years ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2019-12-14T02:48:50.000Z (almost 6 years ago)
- Last Synced: 2025-03-15T14:56:43.986Z (8 months ago)
- Language: Jupyter Notebook
- Homepage:
- Size: 9.77 KB
- Stars: 3
- Watchers: 1
- Forks: 1
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
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README
# Organizando sua análise de dados com Snakemake
[][binder]
[Vídeo](https://www.youtube.com/watch?v=fSF2_3fO8mE)
[binder]: https://binder.pangeo.io/v2/gh/luizirber/2019-12-13-pyjamas/master?urlpath=%2Flab
## Descrição
Projetos de análises de dados tendem a começar com uma tarefa pequena:
baixar um arquivo,
limpar dados brutos,
gerar uma figura.
Notebooks são ótimas ferramentas para exploração,
mas o que fazer quando você tem centenas (ou milhares) de arquivos,
e precisa repetir esse processo para cada um deles?
Snakemake é uma ferramenta para gerenciamento de workflows,
com uma sintaxe parecida com Makefiles mas com muitas outras funcionalidades úteis:
- gerenciamento de software (usando conda)
- submissão de tarefas para clusters
- medição de recursos utilizados
E, principalmente: snakemake é Python,
e você pode usar qualquer pacote ou definir suas próprias funções para guiar a sua análise!
## Configurando esse repositório
### Online
Esse repositório pode ser usado diretamente no Binder,
um serviço que inicializa um ambiente pronto para ser usado no seu browser.
Clique no botão para acessar: [][binder]
### Localmente
Vamos usar [conda][0] para gerenciar pacotes nesse exemplo.
Para criar um ambiente com as versões corretas rode
```bash
conda env create --force --file binder/environment.yml
conda activate pyjamas
```
[0]: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html