https://github.com/nathadriele/rna_seq_dac_project
Este projeto teste, analisa perfis de expressão gênica de dados de RNA-Seq para identificar genes diferencialmente expressos em pacientes com Doença Arterial Coronariana (DAC) usando R.
https://github.com/nathadriele/rna_seq_dac_project
analysis-report clusterprofiler coronary-heart-disease deseq2-analysis dplyr eda-visualization r-language r-packages r-script rna-seq rna-seq-analysis script
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Este projeto teste, analisa perfis de expressão gênica de dados de RNA-Seq para identificar genes diferencialmente expressos em pacientes com Doença Arterial Coronariana (DAC) usando R.
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/nathadriele/rna_seq_dac_project
- Owner: nathadriele
- License: mit
- Created: 2025-08-06T19:23:38.000Z (2 months ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2025-08-06T20:31:59.000Z (2 months ago)
- Last Synced: 2025-08-06T21:35:33.912Z (2 months ago)
- Topics: analysis-report, clusterprofiler, coronary-heart-disease, deseq2-analysis, dplyr, eda-visualization, r-language, r-packages, r-script, rna-seq, rna-seq-analysis, script
- Language: R
- Homepage:
- Size: 16.6 KB
- Stars: 0
- Watchers: 0
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE
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README
# RNA-Seq Differential Expression Analysis in Coronary Artery Disease
Este projeto teste, analisa perfis de expressão gênica de dados de RNA-Seq para identificar genes diferencialmente expressos em pacientes com Doença Arterial Coronariana (DAC) usando R.
## Objetivo
Execute um pipeline completo para análise de RNA-Seq:
- Importação e limpeza de dados
- Análise exploratória de dados
- Expressão diferencial com DESeq2
- Análise de enriquecimento funcional (GO, KEGG)
- Visualização interativa com Shiny
- Relatórios automatizados com RMarkdown
## Estrutura Básica
```
rna_seq_dac_project/
│
├── data/
│ ├── raw/
│ └── processed/
│
├── scripts/
│ ├── 01_load_and_clean.R
│ ├── 02_eda_visualization.R
│ ├── 03_deseq_analysis.R
│ ├── 04_pathway_enrichment.R
│ └── 05_generate_report.R
│
├── shiny_app/
│ └── app.R
│
├── results/
│
├── reports/
│ └── analysis_report.Rmd
│
├── .gitignore
├── README.md
└── renv.lock / renv/
```
## Estrutura do Projeto
```
scripts/ scripts Core R
dados/raw/ matriz de contagem bruta de RNA-Seq e metadados
dados/processados/ dados limpos para modelagem
resultados/ saída da análise
relatórios/ relatórios finais (Rmd e HTML)
shiny_app/ painel interativo
```
## Pacotes necessários
- DESeq2
- BiocManager
- dplyr, tidyr, readr
- ggplot2, pheatmap, plotly
- clusterProfiler, enrichR
- shiny, flexdashboard
- rmarkdown
## Execução
Execute scripts sequencialmente a partir de `scripts/` ou carregue como um pipeline.