Ecosyste.ms: Awesome
An open API service indexing awesome lists of open source software.
https://github.com/noedemange/cage-moleculaire
Génération de guides de cages moléculaires
https://github.com/noedemange/cage-moleculaire
cage-moleculaire cheminformatics generation generation-algorithms in-silico molecular-cage specifique substrat-specifique
Last synced: about 22 hours ago
JSON representation
Génération de guides de cages moléculaires
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/noedemange/cage-moleculaire
- Owner: NoeDemange
- Created: 2023-06-01T08:33:27.000Z (over 1 year ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2024-06-05T06:53:28.000Z (7 months ago)
- Last Synced: 2024-11-11T21:34:48.530Z (2 months ago)
- Topics: cage-moleculaire, cheminformatics, generation, generation-algorithms, in-silico, molecular-cage, specifique, substrat-specifique
- Language: C
- Homepage: https://github.com/NoeDemange/Cage-Moleculaire
- Size: 6.96 MB
- Stars: 0
- Watchers: 1
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
Awesome Lists containing this project
README
💻 Guides pour Cage Moléculaire ⚛️
[](https://lifecycle.r-lib.org/articles/stages.html#experimental)
Génération de guides de construction de cage moléculaire spécifique à un substrat. La génération se fait par ajout de motifs liants intéragissants avec le substrat puis par création de chemins moléculaires reliant les motifs liants.
En cours : Création des chemins entre les motifs liants et amélioration des motifs liants.
>Projet de recherche de l'équipe ALMOST du [laboratoire DAVID](https://www.david.uvsq.fr/accueil/).
## Compilation
Pour compiler le projet utilisez :
```sh
make
```
## Utilisation
### Démo
Pour lancer une démo sur le substrat YILLAG :
```sh
make demo
```
### Exécution
Pour exécuter le programme entrez :
```sh
./bin/cageMol.exe -i [fichier_substrat.xyz]
```
Puis les paramètres alpha et sizemax peuvent être aussi modifiés.
Alpha est utilisé pour la génération d'une enveloppe concave et sizemax correspond au nombre d'atomes maximum que l'on veut dans un chemin qu'on génère.
```sh
alpha (défaut 3) : -a [double]
sizemax (défaut 5) : -s [entier]
```
Pour avoir de l'aide :
```sh
-h
```
### Nettoyage des fichiers
Pour supprimer l'éxécutable et les fichiers objets :
```sh
make clean
```
Pour supprimer en plus les résultats :
```sh
make mrproper
```
### Visualisation
Pour visualiser les résultats vous pouvez utiliser Pymol ou tout autres logiciels de visualisation moléculaire.
## Documentation
Ouvrir avec un navigateur web le fichier index.html, se trouvant dans doc/html. [Documentation](./doc/html/index.html)
## À faire
Pathfinding : implémenter l'algorithme JPS (article : The Jump Point Search Pathfinding System in 3D) pour essayer de remplacer A*
Pour convenir aux chimistes : avoir des chemins qui se ressemble au maximum "symétrie" (améliore la création de la cage), avoir des motifs avec 3 chemins pour tridimensionner la cage
Optimisation de l'ensemble
## publications
### Thèse
**Marie Bricage**. Modélisation et Algorithmique de graphes pour la construction de structures moléculaires.. Géométrie algorithmique [cs.CG]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. Français. [⟨NNT : 2018SACLV031⟩](https://www.theses.fr/2018SACLV031). [⟨tel-01955838⟩](https://theses.hal.science/tel-01955838)
## Auteurs
👤 **Anne FERNET** : Github: [@uvsq21915170](https://github.com/uvsq21915170)
👤 **Noé DEMANGE** : Github: [@NoeDemange](https://github.com/NoeDemange)
👤 **Priscille DAOULAS** : Github: [@priscdls](https://github.com/priscdls)
👤 **Marie BRICAGE** : Github: [@Isima](https://github.com/Isima)
## Encadrants
Sandrine VIAL Yann STROZECKI Dominique BARTH
## Contributeurs
Anne DUVEAU Rafael PREAULT Alexis GUIGAL
### Chimiste
Olivier DAVID
***
