https://github.com/sepmein/shcdc-emr-db-python
Python library for connect, search and export EMR data developed by Shanghai CDC
https://github.com/sepmein/shcdc-emr-db-python
Last synced: 6 months ago
JSON representation
Python library for connect, search and export EMR data developed by Shanghai CDC
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/sepmein/shcdc-emr-db-python
- Owner: sepmein
- License: apache-2.0
- Created: 2025-03-24T13:25:54.000Z (7 months ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2025-03-25T12:28:40.000Z (7 months ago)
- Last Synced: 2025-03-25T13:28:09.114Z (7 months ago)
- Language: Python
- Size: 15.6 KB
- Stars: 0
- Watchers: 1
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE
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README
# EMR数据分析平台
一个精美的数据分析仪表板，用于可视化和分析EMR（电子病历）患者信息、医嘱处方项和检验项目数据。
## 功能特点
- 👤 患者信息质量分析：支持对基本患者信息的数据质量评估和优化
- 🔄 多数据类型：支持医嘱处方项和检验项目数据的统一分析
- 🔍 数据概览：使用统计数据和图表展示数据完整性和分布
- 🧩 标签式界面：使用标签页组织功能，减少界面复杂度
- 📊 可视化图表：使用饼图和柱状图直观展示数据关系
- 🏢 机构分析：按组织机构分析数据质量和缺失的数据项
- 🔎 数据探索：提供灵活的查询界面，支持自定义SQL查询
- 📥 数据下载：支持导出查询结果为CSV文件
## 安装说明
### 前提条件
- Python 3.8或更高版本
- PostgreSQL数据库
### 安装步骤
1. 克隆代码库
```bash
git clone [repository-url]
cd emr-analysis-dashboard
```
2. 创建并激活虚拟环境（可选）
```bash
python -m venv venv
# Windows
venv\Scripts\activate
# Linux/Mac
source venv/bin/activate
```
3. 安装依赖项
```bash
pip install -r requirements.txt
```
4. 配置数据库连接
应用程序使用`config/database.ini`文件进行数据库连接配置。请确保该文件包含正确的数据库连接信息：
```ini
[postgresql]
host=localhost
port=5432
database=emr
user=postgres
password=your_password
```
## 使用说明
运行Streamlit应用：
```bash
streamlit run app_integrated.py
```
应用将在您的浏览器中打开（通常是http://localhost:8501）。
## 应用结构
应用采用了简单的侧边栏导航结构：
1. **数据类型选择**：在侧边栏中选择要分析的数据类型
- 👤 患者信息质量
- 💊 医嘱处方项
- 🧪 检验项目
- 🩺 临床检验项目
2. **功能导航**：选择相应的标签页访问不同的分析功能
### 患者信息质量分析功能
- **总体统计**：显示必填字段和建议字段的整体完整率，提供综合质量评分
- **必填字段分析**：按机构分析必填字段完整情况，提供图表和详细数据视图
- **建议字段分析**：按机构分析建议字段填写情况，重点关注性别、出生日期等关键字段
### 医嘱处方项和检验项目分析功能
1. **数据概览**：显示关键指标和数据分布饼图，使用标签页组织不同视图
2. **数据探索**：提供三种查询模式（孤立数据、缺失数据、自定义查询）
3. **按机构统计**：提供图表分析和详细数据两种视图，展示各机构缺失数据情况
## 数据安全
请注意，此应用直接连接到您的数据库。确保：
- 使用具有适当权限的数据库用户
- 不要在公共网络暴露此应用
- 遵循您组织的数据安全政策
## 许可证
[根据实际情况填写]