https://github.com/skyrich2000/bowtie-algorithm
BWT 를 활용한 Bowtie algorithm 구현
https://github.com/skyrich2000/bowtie-algorithm
cpp
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JSON representation
BWT 를 활용한 Bowtie algorithm 구현
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/skyrich2000/bowtie-algorithm
- Owner: Skyrich2000
- Created: 2021-06-05T19:18:07.000Z (about 5 years ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2021-06-13T13:50:25.000Z (about 5 years ago)
- Last Synced: 2025-10-27T03:35:25.722Z (9 months ago)
- Topics: cpp
- Language: C++
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- Size: 5.11 MB
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README
# DNA assemble
BWT 를 활용한 Bowtie algorithm
## install
reference dna 파일 다운로드
```
wget http://skyrich3.synology.me/~Huni/chr1.fna
```
## how to use
* 폴더에서 bwt_index_table 와 reference_dna 파일을 가져옵니다. (.txt 파일로 변환해서 써야함)
* main.cpp 에서 n, m, l 값 조정
* BWT_outer.cpp 에서 외부정렬시 사용할 파일 개수 설정
* BW matrix 가 완성되면, BWT_outer.cpp 241번째 줄 주석처리 하여 사용
---
[참고](https://www.youtube.com/watch?v=kvVGj5V65io)