https://github.com/tomosatop/docker-lammps
Lammps を手軽に使いたかったので、サービスを作りました
https://github.com/tomosatop/docker-lammps
cuda lammps wsl-ubuntu
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Lammps を手軽に使いたかったので、サービスを作りました
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/tomosatop/docker-lammps
- Owner: tomosatoP
- License: mit
- Created: 2023-11-12T05:49:49.000Z (over 2 years ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2023-11-12T06:02:51.000Z (over 2 years ago)
- Last Synced: 2024-01-26T23:37:39.477Z (over 2 years ago)
- Topics: cuda, lammps, wsl-ubuntu
- Language: Dockerfile
- Homepage:
- Size: 11.7 KB
- Stars: 0
- Watchers: 2
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE
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README
# Lammps: WSL-Ubuntu GPU, docker compose
Lammps を手軽に使いたかったので、サービスを作りました
* WSL + Ubuntu-22.04
* Intel Core i5-10400F (Comet Lake 6 cores, 12 threads)
* NVIDIA GeForce RTX 3060 (Ampere 3584 cores, VRAM 12GB)
## 環境構築
* [cgroup v2 (保留)](guide/cgroupv2.md)
* [Ubuntu-22.04 on WSL 環境構築](guide/wsl-ubuntu.md)
* [docker (rootless mode) 手動インストール](guide/docker_rootless-mode.md)
* [NVIDIA Container Toolkit インストール](guide/nvidia-container-toolkit.md)
## Lammps
### インストール
~~~sh
toko@host:~/docker-lammps$ git clone git clone -b release --depth 1 https://github.com/lammps/lammps.git lammps
toko@host:~/docker-lammps$ mkdir data
toko@host:~/docker-lammps$ cp -r lammps/examples data/exmples
# サービス用のコンテナを作成
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose build
~~~
### サービス lammps を一度限りのコマンドとして実行
~~~sh
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose run lammps
# Dockerfile の CMD の内容を置き換え
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose run lammps bash build_check.sh
~~~
### サービスを停止
~~~sh
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose stop
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose down
~~~
### 更新
~~~sh
toko@host:~/docker-lammps/lammps$ git pull
toko@host:~/docker-lammps$ docker compose build
~~~
---
## [参考] GPU アクセレーションの使い方
~~~sh
# no acceleration
lmp -in $INPUT_FILE
# GPU + OpenMPI + OpenMP
mpirun --allow-run-as-root -np 6 lmp -sf hybrid gpu omp -pk omp 2 -in $INPUT_FILE
# GPU + OpenMPI + OpenMP(not package) + OPT
mpirun --allow-run-as-root -x OMP_NUM_THREADS=1 -np 6 lmp -sf hybrid gpu opt -in $INPUT_FILE
# GPU + OpenMPI + OpenMP(not package)
mpirun --allow-run-as-root -x OMP_NUM_THREADS=1 -np 6 lmp -sf gpu -in $INPUT_FILE
~~~
---