https://github.com/vescrity/gaussian_scan_gen
根据指定格式生成批量任务文件。
https://github.com/vescrity/gaussian_scan_gen
automation chemistry cpp gaussian
Last synced: 3 months ago
JSON representation
根据指定格式生成批量任务文件。
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/vescrity/gaussian_scan_gen
- Owner: Vescrity
- Created: 2023-12-04T08:34:20.000Z (over 1 year ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2023-12-09T08:27:53.000Z (over 1 year ago)
- Last Synced: 2025-01-11T20:14:29.071Z (4 months ago)
- Topics: automation, chemistry, cpp, gaussian
- Language: C++
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README
# scan_gen
根据指定格式生成批量任务文件。
## 目的
为用于生成 `Gaussian` 批量任务设计。
## 功能说明
根据文件中指定的格式，对形如 `[$n]` 的字符串按一定规则替换。
具体请见 使用演示 。
## 实例演示
### 输入文件
```
%nproc=14
%mem=6GB
# PM6 opt(modredundant,calcall,loose) scf(tight,xqc)
title
0 1
7 0 0.465576 -1.362699 -0.000532
7 0 -1.370741 0.162891 0.000697
6 0 -0.527613 1.289222 -0.000120
6 0 0.806041 1.141185 -0.000368
6 0 -0.794467 -1.105832 -0.000229
6 0 1.446456 -0.235698 0.000539
1 0 -1.501903 -1.931707 -0.000865
1 0 -1.023092 2.252291 -0.000685
1 0 2.101229 -0.368137 -0.874027
1 0 [$1] [$2] 0.97
1 0 1.449384 2.014953 -0.001203
1 0 -2.371133 0.266017 0.000000
1 F
2 F
3 F
4 F
5 F
6 F
7 F
8 F
9 F
10 F
11 F
12 F
--Link1--
```
### 操作
```
Enter input filepath: scan_org.gjf
Found max(n)=2.
Please enter the `Start` `Step` `End`, `End` should be a bit 'larger'.
[$1]:-2.4 0.4 2.41
[$2]:-2.4 0.4 2.41
Enter output filepath: out.gjf
```
### 输出文件
## 使用说明
### 编译构建
以 `GNU/Linux` 环境为例。
```bash
./build.sh
```
`Windows` 执行 `build.bat`。功能未经测试。
编译所得程序位于 `build` 文件夹中。
### 输入文件编写
#### 简单的例子
在与程序同目录下，创建 `a.txt` 文件
```
[$1] [$2]
---
```
执行程序：
```bash
./scan_gen
```
```
Enter input filepath: a.txt
Found max(n)=2.
Please enter the `Start` `Step` `End`, `End` should be a bit 'larger'.
[$1]:1 1 3.1
[$2]:13 -1 10.9
Enter output filepath: b.txt
```
查看输出文件 `b.txt` ，内容为：
```
1.000000 13.000000
---
2.000000 13.000000
---
3.000000 13.000000
---
1.000000 12.000000
---
2.000000 12.000000
---
3.000000 12.000000
---
1.000000 11.000000
---
2.000000 11.000000
---
3.000000 11.000000
---
```
---
#### 略复杂的例子
在与程序同目录下，创建 `input.txt` 文件
```
01- [$1] [$2] [$3] -01
02- [$1] [$1] [$1] -02
aa [$3] bb [$1] cc
----
```
执行程序：
```bash
./scan_gen
```
```
Enter input filepath: input.txt
Found max(n)=3.
Please enter the `Start` `Step` `End`, `End` should be a bit 'larger'.
[$1]:1 2 3.1
[$2]:2 0.2 2.5
[$3]:1 0.1 1.11
Enter output filepath: out.txt
```
查看输出文件 `out.txt` ，内容为：
```
01- 1.000000 2.000000 1.000000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.000000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.000000 1.000000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.000000 bb 3.000000 cc
----
01- 1.000000 2.200000 1.000000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.000000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.200000 1.000000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.000000 bb 3.000000 cc
----
01- 1.000000 2.400000 1.000000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.000000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.400000 1.000000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.000000 bb 3.000000 cc
----
01- 1.000000 2.000000 1.100000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.100000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.000000 1.100000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.100000 bb 3.000000 cc
----
01- 1.000000 2.200000 1.100000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.100000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.200000 1.100000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.100000 bb 3.000000 cc
----
01- 1.000000 2.400000 1.100000 -01
02- 1.000000 1.000000 1.000000 -02
aa 1.100000 bb 1.000000 cc
----
01- 3.000000 2.400000 1.100000 -01
02- 3.000000 3.000000 3.000000 -02
aa 1.100000 bb 3.000000 cc
----
```