https://github.com/vmesel/phagedisplay

scripts for the phagedisplay experiment
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scripts for the phagedisplay experiment

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/vmesel/phagedisplay
• Owner: vmesel
• Created: 2017-08-20T14:39:08.000Z (over 7 years ago)
• Default Branch: master
• Last Pushed: 2017-10-28T12:30:12.000Z (about 7 years ago)
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• Language: Python
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README

        
# Pipeline para desenvolvimento de sequências para Phage Display

Para o desenvolvimento de um pipeline de sequências das sequencias a serem utilizadas no experimento de phage display, eu criei este repositório que contém o código de preenchimento e trimming de sequências.

O pipeline inteiro é:

```bash

sed "s/\*$//" ORIGINAL-FASTAFILE.FASTA > PRE_FASTAFILE.fasta

sed "s/|.*//" ORIGINAL-FASTAFILE.FASTA > PRE_FASTAFILE.fasta

pyfasta split -n 1 -k 52 -o 7 FASTAFILE.fasta

sed "s/\([0-9]\)_\(-\?[0-9]\)/\1\|\2/g" PRE_FASTAFILE.fasta > FASTAFILE.fasta

python phagedisplay/fasta_normalizer.py -n -f FASTAFILE_OUTPUT_FROM_PYFASTA_HERE.fasta -l 52 -o 7 -of FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta

python phagedisplay/fasta_normalizer.py -c -f FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta -w x -of FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.clean

python phagedisplay/fasta_normalizer.py -p -f FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.clean -of FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.pep

makeblastdb -in FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.pep -dbtype prot

blastp -task blastp -db FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.pep -query FASTAFILE-OUTPUTNAME_HERE.fasta.pep -outfmt 6 -qcov_hsp_perc 100 -out blast-peptide.blast

awk '{if ($3 == 100) print $0}' blast-peptide.blast > blastOUT-filtered100id.blast

```

## fasta_normalizer.py

Para utilizar o fasta_normalizer.py na linha de comando, você deve passar os seguintes parâmetros:

```

Você deve escolher uma ação que deve ser falada no inicio do comando

-n ou --fasta_normalizer - Para normalizar o fasta para o mesmo tamanho de sequencias

-p ou --peptide-fasta - Transformar um fasta de DNA para Peptídeos

-c ou --fasta-cleaner - Para realizar a limpeza do fasta (remoção das sequências com alfabeto estranho)

E preencher com os dados que são requeridos por ela

-f ou -file : Arquivo de input

-l ou -length : Tamanho desejado das sequencias

-o ou -overlap : Tamanho do overlap das sequencias

-of ou --output_file : Arquivo de output das sequencias

```