https://github.com/citiususc/zftool-web
Web tool for quantification of cellular proliferation in vivo of the zebrafish through image processing methods.
https://github.com/citiususc/zftool-web
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Web tool for quantification of cellular proliferation in vivo of the zebrafish through image processing methods.
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/citiususc/zftool-web
- Owner: citiususc
- License: mit
- Created: 2019-01-29T08:59:56.000Z (over 7 years ago)
- Default Branch: master
- Last Pushed: 2023-02-22T08:13:32.000Z (about 3 years ago)
- Last Synced: 2025-01-29T19:23:53.255Z (over 1 year ago)
- Language: JavaScript
- Size: 67.9 MB
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- Watchers: 4
- Forks: 0
- Open Issues: 5
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Metadata Files:
- Readme: README.md
- License: LICENSE.md
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# ZFTool-web
## Descripción
Herramienta web para la cuantificación de la proliferación celular en vivo del pez cebra a través de métodos de procesamiento de imágenes.
Esta aplicación tiene como objetivo el análisis de la efectividad de fármacos anti-cáncer a partir de imágenes de peces zebra. El software permite al usuario subir fotografías de peces zebra a los que se les han inoculado células cancerígenas teñidas con un componente de fluorescencia y fármacos experimentales. Con estas imágenes, y mediante técnicas de visón artifical, el programa realizará un análisis y elaborará un breve informe de efectividad del fármaco. Este estará compuesto por el umbral óptimo de fluorescencia, el índice de proliferación celular, gráficas de la evolución del área y de la intensidad de la zona fluorescente y de una imagen animada que mostrará esta evolución para las 0h y las 24-48-72h post inyección de la masa tumoral. A mayores para la sección 3D se generará el volumen de la masa tumoral a partir del conjunto de cortes 2D que el usuario ha cargado.
## Instalación
Los pasos para la instalación y el despliegue de la aplicación en un entorno Ubuntu serían los siguientes:
1. Instalación de Python2 y de los paquetes necesarios mediante el terminal:
```
$ sudo apt update
$ sudo apt upgrade
$ sudo apt install python2.7 python−pip
$ sudo pip2 install scikit−image
$ sudo pip2 install numpy scipy
$ sudo pip2 install mayavi
```
2. Instalación de Java8 (versión mínima a instalar):
```
$ sudo add−apt−repository ppa:webupd8team/java
$ sudo apt-get update
$sudo apt-get install oracle-java8-installer
```
3. Mover la librería nativa (/lib/libopencv_java249.so) a un directorio concreto. Podemos crear un directorio en la ruta /usr/share/tomcat7/lib.
4. Instalar Apache Tomcat7 con el comando `$sudo apt-get install tomcat7`. Editamos el archivo /etc/tomcat7/policy.d/03catalina.policy y añadimos los permisos que se pueden ver a continuación:
```
grant codeBase "file:/var/lib/tomcat7/webapps/zebrafish/-"{
permission java.security.AllPermission;
}
grant codeBase "file:/var/lib/tomcat7/webapps/zebrafish.war/-"{
permission java.security.AllPermission;
}
```
5. Creamos el script `setenv.sh` en el directorio /usr/share/tomcat7/bin para definir el tamaño mínimo y máximo del heap para la máquina virtual de Java y el directorio en el que se encuentran las librerías nativas de la aplicación.
```
export CATALINA_OPTS="$CATALINA_OPTS -Xms512m"
export CATALINA_OPTS="$CATALINA_OPTS -Xmx512m"
export CATALINA_OPTS="$CATALINA_OPTS -Djava.library.path=/usr/share/tomcat7/lib"
```
Luego le damos permisos de ejecución al script con el comando `$ sudo chmod +x setenv.sh`
6. Nos aseguramos que Tomcat se ejecute con Java8, editando en el archivo /etc/default/tomcat8 modificando la línea:
```
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle
```
7. Creamos el directorio para almacenar las imágenes enviadas al servidor por ejemplo /opt/ZebraFish y le damos permisos de escritura con los siguientes comandos desde el directorio /opt:
```
$ sudo mkdir ZebraFish
$ sudo chown tomcat7 ZebraFish
$ sudo chgrp tomcat7 ZebraFish
$ sudo chmod 755 ZebraFish/
```
8. En este directorio /opt/ZebraFish copiamos los archivos de Python (*0h_3D.py*,
*0h_reprocesar3D.py*, *48h_3D.py* y *48h_reprocesar3D.py*) que son necesarios para generar el volumen 3D de la masa tumoral y que se encuentran en el proyecto dentro de la carpeta ProcessFiles.
9. Configuramos el perfil de producción en el archivo del proyecto *pom.xml* para definir el directorio donde se almacenan las imágenes enviadas al servidor. Es necesario detener tomcat con el comando `$ sudo service tomcat7 stop`.
```
prod
http://localhost:8080
/opt/ZebraFish
```
10. Copiamos el fichero zebrafish.war en la carpeta webapps del servidor de aplicaciones Java Apache Tomcat (/var/lib/tomcat7/webapps). Reiniciamos tomcat con el comando `$ sudo service tomcat7 start`.
11. Una vez arrancado el servidor tenemos acceso a la aplicación **ZFTool** a través del nombre **/zebrafish** en la url del servidor. Si el servidor está corriendo con los parámetros por defecto el aceso a la aplicación sería a través de la url localhost:8080/zebrafish.
## Autores
María José Carreira Nouche, Nicolás Vila Blanco y Marcos Rodríguez López
## Citación
Si usas **ZFTool**, por favor, cita este artículo:
> P Cabezas-Sainz, J Guerra-Varela, MJ Carreira, J Mariscal, M Roel, JA Rubiolo, A Sciara, M Abal, L Botana, R Lopez e L Sanchez, “Improving zebrafish embryo xenotransplantation conditions by increasing incubation temperature and establishing a proliferation index with ZFTool”, *BMC Cancer*, *Biomed Central*, vol. 3, no. 8, 2018. [https://doi.org/10.1186/s12885-017-3919-8](https://doi.org/10.1186/s12885-017-3919-8)
## Licencia
Este proyecto está licenciado bajo los términos de la [licencia MIT](https://github.com/citiususc/zftool-web/blob/master/LICENSE.md).