https://github.com/g2bc/agua
Last synced: about 1 year ago
JSON representation
- Host: GitHub
- URL: https://github.com/g2bc/agua
- Owner: G2BC
- Created: 2023-11-30T12:34:09.000Z (over 2 years ago)
- Default Branch: main
- Last Pushed: 2024-01-12T19:08:59.000Z (over 2 years ago)
- Last Synced: 2025-02-11T12:34:12.084Z (over 1 year ago)
- Language: Jupyter Notebook
- Size: 15.5 MB
- Stars: 0
- Watchers: 2
- Forks: 0
- Open Issues: 0
-
Metadata Files:
- Readme: README.md
- Contributing: CONTRIBUTING.md
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README
# Trabalho de Conclusão de Curso - Implementações
## Table of Contents
- [About](#about)
- [Getting Started](#getting_started)
- [Usage](#usage)
Está branch versionará todas as implementações realizadas no desenvolvimento do TCC.
These instructions will get you a copy of the project up and running on your local machine for development and testing purposes. See [deployment](#deployment) for notes on how to deploy the project on a live system.
### Prerequisites
É necessário ter os seguintes programas instalados:
```programs
python3
ncbi-blast+
Clustal Omega
Scipy
virtualenv (Opcional)
```
#### Gerando arquivo requirements.txt (Caso necessário atualizar o já existente)
```
pip freeze > requirements.txt
```
### Installing
É recomendado que a instalação dos pacotes necessários seja realizada em um ambiente virtual.
Passos iniciais para criação do ambiente virtual com o virtualenv e instalação das bibs requeridas pelo projeto:
Obs.: A criação do ambiente virtual deve ser realizado dentro da pasta do projeto.
```bash
virtualenv `nome_do_ambiente`
source `nome_do_ambiente`/bin/activate
pip install -r requirements.txt
```
Instalação necessárias feitas em um sistema linux(Caso estaja em outro SO, verifique como realizar a instalação no seu caso):
```bash
- sudo apt install ncbi-blast+
- sudo apt install clustalo
- sudo apt install python3-scipy
```
Após isso é possível abrir e executar os notebooks disponíveis.
Add notes about how to use the system.