https://github.com/slowli/sequence-recognition

Java-based hidden sequence recognition framework
https://github.com/slowli/sequence-recognition

Last synced: about 1 month ago
JSON representation

Java-based hidden sequence recognition framework

• Host: GitHub
• URL: https://github.com/slowli/sequence-recognition
• Owner: slowli
• License: apache-2.0
• Created: 2014-12-26T15:06:39.000Z (about 10 years ago)
• Default Branch: master
• Last Pushed: 2015-05-30T07:47:38.000Z (over 9 years ago)
• Last Synced: 2024-10-14T10:53:59.428Z (3 months ago)
• Language: Java
• Size: 5.88 MB
• Stars: 0
• Watchers: 3
• Forks: 0
• Open Issues: 0
• Metadata Files:
  • Readme: README.md
  • License: LICENSE

Awesome Lists containing this project

README

        
sequence-recognition

====================

Библиотека sequence-recognition предназначена для работы с алгоритмами распознавания

скрытых последовательностей в области биоинформатики (определение фрагментов 

генов - экзонов и интронов; определение вторичной структуры белка). 

Формулировки задач распознавания и другие сведения можно получить из 

документации (директория **docs/**), а также на сайте проекта

    http://softandware.org.ua/bio-recognition/

Содержимое

--------------------

Дистрибутив библиотеки включает в себя следующие директории и файлы:

 * **bin/** --- построенная версия библиотеки.

 * **docs/** --- документация к библиотеке.

 * **lib/** --- используемые зависимости (библиотека BioJava 1.8).

 * **bio.seq/** --- исходные файлы библиотеки.

В дистрибутив (директория **bin/**) включены следующие JAR-архивы:

 * **bio.seq-<версия>-full.jar**  

     Архив с библиотекой, дополнением для обработки данных и включенными 

     зависимостями (BioJava Legacy). Может использоваться самостоятельно.

 * **bio.seq-<версия>.jar**  

     Библиотека БЕЗ дополнения для обработки данных. Может использоваться 

     самостоятельно.

 * **bio.seq-<версия>-javadoc.jar**  

     Архив с документацией.

Зависимости

--------------------

Требуется Java Runtime Environment версии не ниже 1.6; желательно иметь 

64-битную версию операционной системы и виртуальной машины Java и не менее 

4 Гб оперативной памяти. Для построения из исходников необходима библиотека 

[BioJava Legacy](http://biojava.org/) версии 1.8+.

Построение

--------------------

Для построения библиотеки из исходников можно использовать программу Apache Ant.

Конфигурация режимов построения находится в файле **build.xml**. Результаты

построения размещаются в папках **bin/** и **docs/**. 

Основные режимы построения:

 * **compile** --- компилирует java-файлы библиотеки.

 * **test** --- выполняет модульные тесты.

 * **jar** --- создает jar-файлы библиотеки.

 * **javadoc** --- создает документацию к библиотеке.

 * **build-aux** --- создает вспомогательные файлы (напр., образец файла конфигурации).

 * **build-all** --- вызывает все перечисленные выше режимы построения.

 * **build-notest** --- вызывает все перечисленные выше режимы построения, 

   кроме тестирования.

 * **clean-all** --- очищает выходную папку построения.

Для построения документации необходим набор инструментов Java Development Kit.

Для тестирования нужна библиотека JUnit 4.x.