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https://github.com/uibcdf/academia

Este repositorio debe ser el punto de partida y encuentro para cualquier investigador o estudiante que quiera comenzar a trabajar con/en la UIBCDF. Si has caído aquí por otro motivo y este material te es útil, eres más que bienvenido a usarlo e interaccionar con nosotros.
https://github.com/uibcdf/academia

academic-project cc-by-sa conda drug-design drug-discovery git github jupyter molecular-dynamics molecular-dynamics-simulation python spanish-language tutorials

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Este repositorio debe ser el punto de partida y encuentro para cualquier investigador o estudiante que quiera comenzar a trabajar con/en la UIBCDF. Si has caído aquí por otro motivo y este material te es útil, eres más que bienvenido a usarlo e interaccionar con nosotros.

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README 

        
[![License: CC BY-NC-SA 4.0](https://img.shields.io/badge/License-CC%20BY--NC--SA%204.0-lightgrey.svg)](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/)

[![Binder][binder_badge]][binder_academia]



# UIBCDF-Academia



**[Manifiesto](#Manifiesto)** |

**[Instrucciones de uso](#Instrucciones-de-uso)** |

**[Una recomendación final](#Una-recomendación-final)** |

**[Tabla de contenidos](#Tabla-de-contenidos)** |

**[Agradecimientos](#Agradecimientos)** |

**[Licencia](#Licencia)** 



## Manifiesto



El propósito de este repositorio es acumular material didáctico que cualquier estudiante o

investigador pueda usar para comenzar de manera autónoma a adquirir las habilidades necesarias

para el trabajo, en colaboración o como miembro, en la UIBCDF. En ningún caso se puede entender este 

repositorio como una guía completa de cada uno de los temas que se presentan. **Este repositorio es solamente un punto de partida**.



Si eres una persona ajena a la UIBCDF y estás aquí por algún otro motivo, eres bienvenido a hacer uso de esta documentación y contribuir en su desarrollo. Esperamos que, si lo necesitas, interactues en [el panel de problemas o questiones -*Issues Board*- del repositorio en GitHub][issues_board] sin ninguna reticencia.



Inicialmente el material se desarrollará en español para hacerlo más accesible dado el contexto de la UIBCDF y los potenciales usuarios. De esta manera facilitamos que cualquier estudiante, independientemente de sus conocimientos de inglés, se atreva a participar y contribuir de una manera activa.



El formato debe estar en la medida de lo posible basado en [ficheros Markdown][unidad:markdown] y [Jupyter notebooks][menu:jupyter]. Se requiere entonces, para la contribución al desarrollo de este repositorio, la instalación de ciertas herramientas en tu computadora, además de unos conocimientos mínimos para su uso:



- Mínimo conocimiento del sistema operativo de tu computadora (preferentemente [Linux][menu:linux]).

- Mínimo conocimiento de lo que es [Git y GitHub][menu:control_versiones].

- Mínimo conocimiento de [Python][menu:python].

- Instalación de un gestor de entornos de Python como [Conda][menu:conda].

- Instalación de [Jupyter lab o Jupyter notebook][menu:jupyter].

- Instalación de un mínimo de [librerías científicas de Python][menu:python].



Es por esto que, para que UIBCDF-Academia sea autoconsistente, [el primer][menu:academia] y [segundo][menu:laboratorio_computacional] bloque de contenidos están dedicados al [uso de UIBCDF-Academia][menu:academia] y a [la introducción del laboratorio computacional de investigación y sus herramientas][menu:laboratorio_computacional] -algunas de las mismas son necesarias para sacarle todo el provecho posible a este repositorio-. Una vez cubierta la exposición de los elementos generales que debemos conocer para 

trabajar, seguiremos con el material más específico de [introducción a los conceptos físicos, químicos y biológicos para el trabajo de investigación en biología computacional y el diseño

racional de moléculas con potencial farmacológico][menu:principal]. Si perteneces a la UIBCDF o vas a colaborar con nosotros, como penúltimo bloque encontrarás la

descripción de [nuestro flujo de trabajo][menu:flujo_trabajo] guíado por criterios de la Ciencia Abierta -*OpenScience*-.

El último bloque es un [glosario de las librerías científicas de utilidad en nuestros proyectos][menu:glosario]. En este caso, la función de estos notebooks no es pedagógica, sino documental. Allí puedes encontrar las referencias útiles para su instalación y uso, así como el enlace correspondiente al foro -en forma de cuestión abierta en el [*Issues Board* del repositorio en GitHub][issues_board]- para preguntas y comentarios técnicos.



Finalmente, es pertinente añadir que para hacer que el desarrollo de este material sea más flexible, su estructura no será indexada de manera numerada.



## Instrucciones de uso



[El primer bloque de contenido de UIBCDF-Academia][menu:academia] está dedicado a explicar [qué es UICDF-Academia][unidad:que_es], [cómo se usa][unidad:como_se_usa] y [cómo puedes contribuir a su desarrollo][unidad:como_contribuir]. Pero no es necesario que lleguemos allí para encontrar unas primeras pautas sobre como comenzar a usarlo. Brevemente, puedes hacer uso de este repositorio de tres maneras distintas descritas a continuación.



### Únicamente quiero leer el contenido de UIBCDF-Academia



Si únicamente quieres leer el contenido de las unidades de UIBCDF-Academia, no debes hacer nada más

que navegar de manera guiada por los ficheros de este repositorio mediante [su web

en GitHub][github_academia]. No necesitas conocimientos específicos sobre ningún aspecto técnico. Tu puerta de entrada a dichas

unidades será el enlace que puedes encontrar en la sección [Tabla de

contenidos](#Tabla-de-contenidos) de este documento.



### Quiero interactuar con las unidades de UIBCDF-Academia con la ayuda de Binder



Existen unidades de UIBCDF-Academia en dos formatos: en formato [Markdown][unidad:markdown] -como es el caso de este

documento- o en formato [Jupyter notebook][menu:jupyter] -un formato interactivo-. Si quieres ir más allá de

simplemente acceder a la visualización de las unidades para su lectura, puedes, sin necesidad de

instalar ni configurar nada, interaccionar con este repositorio mediante a un servidor remoto de [Jupyter lab][menu:jupyter] ofrecido por [Binder][binder]. Debes saber que cualquier cambio que realices allí, no tendrá ningún impacto sobre este repositorio principal. Así que esta puede ser la manera perfecta para comenzar a jugar con las unidades de UIBCDF-Academia. Échale un ojo a [la sección correspondiente de la unidad "Cómo se usa UIBCDF-Academia"][unidad:como_se_usa] o sigue al menos los tres siguientes pasos:



- Abre [este enlace que nos lleva al servidor de *mybinder* de este repositorio][binder_academia] o hacer

  click en la insignia [![Binder][binder_badge]][binder_academia]

en la parte superior de este documento. Y deja

  que se cargue.

- Haz click con el botón derecho sobre el archivo "README.md" -barra

de archivos a la izquierda de la pantalla- y selecciona en el menú desplegado "Open With > Markdown Preview".

- Verás la copia de este documento en tu recien estrenado servidor remoto de [Jupyter

  lab][menu:jupyter] en [Binder][binder]. Continua por allí su lectura, esa versión será a partir de ahora tu página

principal de UIBCDF-Academia.



### Quiero trabajar con mi propia copia local de UIBCDF-Academia



Eres atrevida o atrevido y quieres comenzar configurando tu propio entorno en el que interaccionar

con tu copia local de UIBCDF-Academia. Enhorabuena por ese ímpetu. Te sugerimos entonces que saltes al

contenido apropiado para ti en la [sección extendida titulada "Cómo se usa UIBCDF-Academia"][unidad:como_se_usa] del [primer bloque del contenido

de este repositorioi][menu:academia]. Allí encontrarás todo lo necesario para configurar tu entorno virtual, clonar

UIBCDF-Academia e interaccionar con tu propia copia local.



#### Además quiero contribuir a desarrollar UIBCDF-Academia



Eres bienvenida o bienvenido a contribuir al desarrollo de este repositorio. Puede que quieras

hacer correcciones, implementar nuevo contenido, o simplemente contribuir con sugerencias. [Existe

una sección en el primer bloque del contenido de UIBCDF-Academia donde puedes encontrar las

indicaciones para hacerlo][unidad:como_contribuir]. Por favor, te invitamos a tener una participación activa. Desde el

primer ["Pull Request"][unidad:como_contribuir] que realices, aparecerá tu nombre en [la lista de colaboradores a este

proyecto][colaboradores].



## Una recomendación final



La mejor actitud que debes tener para comenzar a ser un científico capaz de usar herramientas computacionales se resume perfectamente en la siguiente ilustración de [xkcd (Randall Munroe)][xkcd]:














Al margen de la broma, perder el miedo, tener curiosidad y saber que gracias a internet es muy facil ser autodidacta, son los mejores consejos que te pueden dar. Te invitamos a jugar con los notebooks: ejecútalos, modifícalos, reprograma el código de sus celdas, añade más celdas para probar cosas nuevas. Comparte este material con quien tu quieras y siéntete en confianza para contribuir con dudas, problemas, sugerencias o soluciones en [el panel de este repositorio en GitHub][issues_board]. Una vez alcanzado un nivel básico, es momento de estudiar los detalles con dedicación y profesionalidad. Pero eso ya es tarea tuya.



¡Ánimo!



## Tabla de contenidos



Independientemente de [cómo vayas a usar UIBCDF-Academia][unidad:como_se_usa], puedes acceder desde ahora mismo a la primera

tabla de contenidos de este repositorio. Recuerda, si lo estás haciendo desde [la web principal del

repositorio en GitHub][github_academia] únicamente podrás visualizar su contenido. Si lo estás haciendo desde [Binder][binder_academia] o desde [tu propia copia local][unidad:como_se_usa], podrás interaccionar con él.



[Ir a la tabla de contenidos][menu:principal]



# Agradecimientos



Gracias a todos aquellos que de alguna manera ayudan a que este material crezca y sea útil. En

especial a [aquellos que por su colaboración activa pueden ser considerados autores o colaboradores][colaboradores].



Gracias también a los autores de la documentación y tutoriales citados en este repositorio. Gracias a los colegas que desarrollan las librerías de código abierto y software libre que aquí se usan. Y gracias también a [xkcd (Randall Munroe)][xkcd] por hacer geniales ilustraciones sobre programación y ciencia, entre otras cosas, y permitir compartirlas libremente.



# Licencia



UIBCDF-Academia, cuya autoría corresonde a a los desarrolladores del repositorio uibcdf/Academia en GitHub, está registrado bajo licencia CC BY-NC-SA 4.0



[Una copia del código legal de la licencia CC Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0

International license's es incluida en este repositorio en inglés.](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode.txt) [El texto en español puede ser encontrado en este enlace.](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode.es). 



UIBCDF-Academia by the contributors of the uibcdf/Academia GitHub repository is licensed under CC BY-NC-SA 4.0



[A copy of the CC Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International license's legal code is included in this

repository](https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/legalcode.txt). 



[menu:principal]: academia/README.md

[menu:academia]: academia/Academia/README.md

[menu:laboratorio_computacional]: academia/Laboratorio_computacional/README.md

[menu:jupyter]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Jupyter/README.md

[menu:glosario]: academia/Glosario_librerias/README.md

[menu:flujo_trabajo]: academia/Flujo_trabajo/README.md

[menu:linux]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Linux/README.md

[menu:control_versiones]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Control_versiones_distribuida/README.md

[menu:python]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Python/README.md

[menu:conda]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Conda/README.md

[unidad:como_es]: academia/Academia/Que_es/Que_es.md

[unidad:como_se_usa]: academia/Academia/Como_se_usa/Como_se_usa.md

[unidad:como_contribuir]: academia/Academia/Como_contribuir/Como_contribuir.md

[unidad:markdown]: academia/Laboratorio_computacional/Herramientas/Lenguages_marcado/Markdown/Markdown.md

[issues_board]: https://github.com/uibcdf/Academia/issues

[github_academia]: https://github.com/uibcdf/Academia

[binder_academia]: https://mybinder.org/v2/gh/uibcdf/Academia/main?urlpath=lab

[binder_badge]: https://mybinder.org/badge_logo.svg

[binder]: https://mybinder.org/

[colaboradores]: https://github.com/uibcdf/Academia/graphs/contributors

[xkcd]: https://www.xkcd.com/